PDB-7qni: CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT L259V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qni

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF E.coli ALCOHOL DEHYDROGENASE - FucO MUTANT L259V

要素

Lactaldehyde reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FucO / NADH / Dehydrogenase / aldehyde reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

lactaldehyde reductase / R-lactaldehyde reductase activity / S-lactaldehyde reductase activity / fucose catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Structures of lactaldehyde reductase, FucO, link enzyme activity to hydrogen bond networks and conformational dynamics.
著者: Zavarise, A. / Sridhar, S. / Kiema, T.R. / Wierenga, R.K. / Widersten, M.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qni.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qni.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qni_validation.pdf.gz	872 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qni_full_validation.pdf.gz	874.3 KB	表示
XML形式データ	7qni_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	7qni_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qnfC 7qnjC 7r0pC 7r3dC 7r5tC 1rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

AAA: Lactaldehyde reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.4 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.412, 108.360, 123.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-501- HOH
2	1	AAA-562- HOH
3	1	AAA-636- HOH

#1: タンパク質	Lactaldehyde reductase / Propanediol oxidoreductase 分子量: 41521.277 Da / 分子数: 1 / 変異: L259V, S315G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) 遺伝子: fucO, Z4116, ECs3659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P0A9S2, lactaldehyde reductase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.04 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1M Sodium citrate, pH 5.6; 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月28日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→54.24 Å / Num. obs: 39368 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.23 % / B_iso Wilson estimate: 28.434 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2151 / CC_1/2: 0.759 / R_pim(I) all: 0.494 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RRM

1rrm

解像度: 1.73→54.239 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 3.269 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	1927	4.899 %
R_work	0.1831	37407	-
all	0.185	-	-
obs	-	39334	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.871 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.881 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→54.239 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2884	0	13	153	3050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.281	1.636	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.294	1.577	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.586	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.796	22.536	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.842	15	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.894	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	615
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.151	0.2	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.835	3.5	1553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.832	3.499	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.79	5.245	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.79	5.246	1942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.361	3.844	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.336	3.841	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.801	5.638	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.8	5.64	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.073	42.721	3281
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.059	42.662	3265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.775	0.346	133	0.337	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.9653
1.775-1.824	0.3	132	0.299	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.824-1.876	0.303	137	0.281	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.8897
1.876-1.934	0.279	135	0.255	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.934-1.998	0.259	123	0.225	2435	X-RAY DIFFRACTION	99.8829
1.998-2.068	0.224	144	0.21	2352	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.068-2.146	0.244	112	0.206	2287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.233	0.238	118	0.197	2183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.233-2.333	0.208	106	0.171	2145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.333-2.446	0.201	118	0.171	1999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.446-2.579	0.214	112	0.168	1915	X-RAY DIFFRACTION	99.9507
2.579-2.735	0.248	93	0.175	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.8958
2.735-2.924	0.249	87	0.179	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.924-3.158	0.214	82	0.189	1606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.158-3.459	0.205	77	0.181	1493	X-RAY DIFFRACTION	100
3.459-3.867	0.161	66	0.158	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.867-4.464	0.168	48	0.148	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.464-5.466	0.188	54	0.154	1039	X-RAY DIFFRACTION	100
5.466-7.723	0.185	30	0.185	822	X-RAY DIFFRACTION	99.8828
7.723-54.23	0.224	20	0.17	479	X-RAY DIFFRACTION	98.6166

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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