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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qmj | ||||||||||||
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タイトル | Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 11) | ||||||||||||
![]() | Endothiapepsin | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Endopeptidase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Wang, M. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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![]() | ![]() タイトル: Probing ligand binding of endothiapepsin by `temperature-resolved' macromolecular crystallography. 著者: Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Engilberge, S. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Leonarski, F. / Wojdyla, J.A. / Beale, J.H. / Buntschu, D. / Pauluhn, A. / Sharpe, M.E. / Metz, A. / Olieric, V. / Wang, M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 974.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 974.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qltC ![]() 7qluC ![]() 7qlvC ![]() 7qlwC ![]() 7qlxC ![]() 7qlyC ![]() 7qlzC ![]() 7qm0C ![]() 7qm1C ![]() 7qm3C ![]() 7qm4C ![]() 7qm5C ![]() 7qm6C ![]() 7qm7C ![]() 7qm8C ![]() 7qm9C ![]() 7qmaC ![]() 7qmbC ![]() 7qmcC ![]() 7qmdC ![]() 7qmeC ![]() 7qmfC ![]() 7qmgC ![]() 7qmhC ![]() 7qmiC ![]() 7qmkC ![]() 7qmlC ![]() 7qmmC ![]() 7qmnC ![]() 7qmoC ![]() 7qmpC ![]() 7qmqC ![]() 7qmrC ![]() 7qmsC ![]() 7qmtC ![]() 7qmuC ![]() 7qmvC ![]() 7qmwC ![]() 7qmxC ![]() 7qmyC ![]() 7qmzC ![]() 7qn0C ![]() 7qn1C ![]() 7qn2C ![]() 7qn3C ![]() 7qn4C ![]() 6rsvS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PG5 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, and 26 - 30% (v/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 271 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→37.28 Å / Num. obs: 31676 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 6.81 % / Biso Wilson estimate: 22.52 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.12 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique obs: 3146 / CC1/2: 0.91 / Rrim(I) all: 0.48 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6RSV 解像度: 1.79→37.28 Å / SU ML: 0.2357 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.5606 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→37.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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