PDB-7ql7: Crystal structure of YTHDF1 YTH domain in complex with the ebsulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ql7

タイトル

Crystal structure of YTHDF1 YTH domain in complex with the ebsulfur derivative compound 9

要素

YTH domain-containing family protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / mRNA binding and stability

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of antigen processing and presentation /

regulation of axon guidance /

organelle assembly / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation /

immune system process / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation /

stress granule assembly / regulation of mRNA stability ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Quattrone, A. / Provenzani, A. / Lolli, G.

資金援助

イタリア, 3件

組織	認可番号	国
Italian Association for Cancer Research	MFAG 2017 - ID 19882	イタリア
Italian Association for Cancer Research	AIRC IG2018 - ID 21548	イタリア
Italian Association for Cancer Research	AIRC IG2018 - ID 22075	イタリア

引用

ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2022
タイトル: Small-Molecule Ebselen Binds to YTHDF Proteins Interfering with the Recognition of N 6 -Methyladenosine-Modified RNAs.
著者: Micaelli, M. / Dalle Vedove, A. / Cerofolini, L. / Vigna, J. / Sighel, D. / Zaccara, S. / Bonomo, I. / Poulentzas, G. / Rosatti, E.F. / Cazzanelli, G. / Alunno, L. / Belli, R. / Peroni, D. / ...

履歴

登録	2021年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ql7.cif.gz	171.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ql7.ent.gz	136.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ql7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7ql7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ql/7ql7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pcuC 7qknC 4rciS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YTH domain-containing family protein 1

B: YTH domain-containing family protein 1

ヘテロ分子

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing family protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing family protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.854, 119.854, 78.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 364 through 558)
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 364 - 558 / Label seq-ID: 5 - 199

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 364 through 558)	A	A
2	chain B	B	B

#1: タンパク質	YTH domain-containing family protein 1 / DF1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1 分子量: 23148.166 Da / 分子数: 2 / 断片: YTH domain (residues 361-559) 変異: First residue G derives from the expression tag: E544A/E545V/E546V 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9
#2: 化合物	ChemComp-E3J / ~{N}-(2-morpholin-4-ylethyl)-2-sulfanyl-benzamide 分子量: 266.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₈N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 6% PEG3350, 0.2 M KSCN

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→65.55 Å / Num. obs: 25950 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 26 / Num. measured all: 630167 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.3-2.39	21.8	1.857	58080	2670	0.696	0.405	1.901	2	100
8.61-65.55	18	0.029	10512	585	1	0.007	0.029	86.9	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.11.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RCI

4rci

解像度: 2.3→44.231 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	1275	4.92 %
R_work	0.1914	24620	-
obs	0.1935	25895	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.85 Å² / B_iso mean: 74.3636 Å² / B_iso min: 40.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→44.231 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3015	0	46	31	3092
B_iso mean	-	-	88.6	60	-
残基数	-	-	-	-	367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	4200
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	536
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.666	1895

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1774	X-RAY DIFFRACTION	12.476	TORSIONAL
1	2	B	1774	X-RAY DIFFRACTION	12.476	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.3001-2.3921	0.299	156	0.2618	2656
2.3921-2.501	0.2958	149	0.2491	2669
2.501-2.6329	0.3066	112	0.2373	2724
2.6329-2.7978	0.2908	144	0.2378	2690
2.7978-3.0138	0.2517	142	0.2425	2713
3.0138-3.317	0.2785	140	0.2279	2719
3.317-3.7967	0.2588	146	0.2053	2737
3.7967-4.7825	0.2098	131	0.161	2796
4.7825-44.231	0.1969	155	0.1643	2916

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9779	3.4536	-0.5477	6.0028	2.9533	6.7098	0.4214	-0.2576	-0.864	-0.3702	-0.6719	0.1677	1.7359	-0.4635	0.4296	0.6282	-0.0537	-0.0526	0.5692	0.001	0.5798	3.2308	-55.2731	1.7495
2	5.9042	2.0833	-0.6935	6.2745	-0.0503	3.1812	-0.0922	0.5142	0.3024	-0.5484	0.1106	0.0585	-0.1553	0.7267	-0.0407	0.4848	-0.0016	-0.0283	0.5163	0.0926	0.4614	19.7317	-41.2737	-0.2962
3	4.3462	0.9766	-0.2477	5.2221	-1.6856	3.7736	0.21	0.0108	-0.0493	0.7965	0.0736	0.0575	-0.5923	-0.133	-0.1857	0.5409	-0.0046	-0.0298	0.4555	-0.0195	0.4935	7.5178	-41.5368	10.0474
4	7.2212	-0.7979	0.5309	5.1178	-0.5388	3.9637	-0.2788	0.003	0.7855	-0.1118	0.1498	0.2246	-0.7992	0.2398	0.1102	0.5217	-0.0914	-0.0834	0.4487	0.0208	0.5072	14.3973	-32.9458	5.119
5	4.1135	0.044	0.6395	6.3783	0.1453	2.4941	-0.0597	0.0547	0.0076	0.0286	-0.1298	-0.806	-0.1864	0.5319	0.1566	0.4245	-0.0544	-0.0002	0.5486	0.0628	0.4694	26.3637	-42.1701	6.3424
6	8.7094	-1.8401	-5.7008	2.2732	3.3976	6.2919	0.1414	-0.4196	-0.0267	-0.1409	-0.2444	0.3687	-0.2941	0.0567	0.0007	0.5364	-0.0479	-0.0427	0.5986	-0.0032	0.5774	-1.5022	-48.1011	18.7718
7	6.1023	-0.5707	1.9301	7.6363	1.9931	1.9634	0.3982	-1.1875	-0.576	0.7188	-0.4981	0.3739	-0.3156	-0.5563	0.1281	0.6851	-0.0393	0.1291	0.6208	0.0835	0.5026	2.963	-51.4907	41.8421
8	3.3703	0.6693	1.1312	8.885	1.1657	2.1	0.353	-0.8944	0.1881	1.587	-0.4216	0.3497	-0.5133	-0.0127	-0.0655	1.1377	-0.1613	0.2029	0.8415	-0.1652	0.7446	1.3432	-30.2515	47.2114
9	4.5917	4.7365	5.6006	6.4247	6.5272	7.1894	0.6241	-0.2532	0.411	-1.5687	0.1114	-1.1328	-1.7444	0.8438	-0.3422	1.0036	-0.2245	0.2173	0.537	-0.0775	0.7271	8.1099	-29.6245	30.3656
10	2.1742	0.5275	-1.7583	8.4649	-2.3527	7.2425	-0.2167	-0.0242	-0.4871	-0.7433	0.0239	0.1845	-0.6126	0.9106	0.1823	0.5741	-0.1777	0.015	0.5394	0.0131	0.4386	10.2757	-41.532	31.7417
11	7.9666	1.4362	1.2983	2.0927	2.4196	8.2971	0.7816	-1.1583	0.5324	-0.3793	-0.2164	-0.6966	-1.0897	1.241	-0.5735	1.1317	-0.4939	0.1475	0.9635	-0.0395	0.932	19.151	-26.3586	34.0663
12	5.6205	-0.9727	-4.2333	2.6168	2.2999	6.6195	0.4011	-1.0614	0.3528	0.7825	-0.4692	-0.1204	-0.5442	0.6241	-0.0754	1.0446	-0.1895	0.0995	0.7996	-0.0741	0.6988	9.3259	-28.3317	39.1695
13	6.4196	0.1485	-1.2066	4.7687	1.1396	5.6224	0.3974	-0.2056	0.7081	0.0149	-0.3346	-0.4151	-0.9351	0.7333	-0.1156	0.7812	-0.1187	0.0084	0.5299	0.0103	0.591	11.8988	-34.4919	34.0658
14	6.4505	1.4289	-0.7381	4.4451	0.4659	3.6744	0.4683	0.1721	1.0661	-0.3722	-0.3094	0.6824	-1.2774	-0.1435	-0.0899	0.9688	0.0204	0.1517	0.4933	-0.0757	0.85	-0.9898	-26.0371	34.1285
15	4.9213	-2.62	-2.6703	5.3411	2.4136	5.1936	-0.2872	0.0226	0.0934	0.3124	0.0294	-0.0836	0.3379	0.1971	0.2564	0.5197	0.0182	-0.0114	0.497	0.0329	0.5233	9.941	-53.2372	24.1312

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 363 through 374 )	A	363 - 374
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 375 through 398 )	A	375 - 398
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 399 through 414 )	A	399 - 414
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 415 through 475 )	A	415 - 475
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 476 through 531 )	A	476 - 531
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 532 through 558 )	A	532 - 558
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 364 through 374 )	B	364 - 374
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 375 through 389 )	B	375 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 390 through 398 )	B	390 - 398
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 399 through 414 )	B	399 - 414
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 415 through 428 )	B	415 - 428
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 429 through 440 )	B	429 - 440
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 441 through 475 )	B	441 - 475
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 476 through 531 )	B	476 - 531
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 532 through 558 )	B	532 - 558

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)