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- PDB-7pcu: Crystal structure of YTHDF1 YTH domain in complex with ebselen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pcu
タイトルCrystal structure of YTHDF1 YTH domain in complex with ebselen
要素YTH domain-containing family protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / mRNA binding and stability
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of axon guidance / organelle assembly / regulation of antigen processing and presentation / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / immune system process / regulation of mRNA stability / stress granule assembly ...regulation of axon guidance / organelle assembly / regulation of antigen processing and presentation / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of long-term synaptic potentiation / mRNA destabilization / positive regulation of translational initiation / immune system process / regulation of mRNA stability / stress granule assembly / positive regulation of translation / learning / P-body / memory / cytoplasmic stress granule / ribosome binding / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YTH domain containing protein / YTH domain / YT521-B-like domain / YTH domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-2-selanylbenzamide / YTH domain-containing family protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Dalle Vedove, A. / Cazzanelli, G. / Quattrone, A. / Provenzani, A. / Lolli, G.
資金援助 イタリア, 2件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG 2017 - ID. 19882 イタリア
Italian Association for Cancer ResearchIG2018 - ID. 21548 イタリア
引用ジャーナル: Acs Pharmacol Transl Sci / 年: 2022
タイトル: Small-Molecule Ebselen Binds to YTHDF Proteins Interfering with the Recognition of N 6 -Methyladenosine-Modified RNAs.
著者: Micaelli, M. / Dalle Vedove, A. / Cerofolini, L. / Vigna, J. / Sighel, D. / Zaccara, S. / Bonomo, I. / Poulentzas, G. / Rosatti, E.F. / Cazzanelli, G. / Alunno, L. / Belli, R. / Peroni, D. / ...著者: Micaelli, M. / Dalle Vedove, A. / Cerofolini, L. / Vigna, J. / Sighel, D. / Zaccara, S. / Bonomo, I. / Poulentzas, G. / Rosatti, E.F. / Cazzanelli, G. / Alunno, L. / Belli, R. / Peroni, D. / Dassi, E. / Murakami, S. / Jaffrey, S.R. / Fragai, M. / Mancini, I. / Lolli, G. / Quattrone, A. / Provenzani, A.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YTH domain-containing family protein 1
B: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8494
ポリマ－46,2962
非ポリマー5522
水32418
1
A: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4242
ポリマ－23,1481
非ポリマー2761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YTH domain-containing family protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4242
ポリマ－23,1481
非ポリマー2761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.260, 120.260, 78.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 364 through 558)
21(chain B and (resid 364 through 458 or resid 471 through 558))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYS(chain A and resid 364 through 558)AA364 - 5585 - 199
21SERSERTYRTYR(chain B and (resid 364 through 458 or resid 471 through 558))BB364 - 4585 - 99
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 364 through 458 or resid 471 through 558))BB471 - 558112 - 199

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要素

#1: タンパク質 YTH domain-containing family protein 1 / DF1 / Dermatomyositis associated with cancer putative autoantigen 1 / DACA-1


分子量: 23148.166 Da / 分子数: 2 / 断片: YTH domain (residues 361-559)
変異: First residue G derives from the expression tag: E544A/E545V/E546V
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDF1, C20orf21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BYJ9
#2: 化合物 ChemComp-9JT / N-phenyl-2-selanylbenzamide / ~{N}-phenyl-2-selanyl-benzamide / Ebselen, bound form / 2-(フェニルアミニオカルボニル)フェニルセレニド


分子量: 276.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11NOSe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 6% PEG3350, 0.2 M KSCN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.8 Å / Num. obs: 17368 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.208 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 423712 / Scaling rejects: 201
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.7825.91.7165871622640.7850.3411.752.2100
8.79-47.818.20.078101405580.9990.0180.0831.999.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RCI

4rci


解像度: 2.65→47.797 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 884 5.1 %
Rwork0.2024 16437 -
obs0.205 17321 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.33 Å2 / Biso mean: 79.6504 Å2 / Biso min: 36.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→47.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 32 18 3083
Biso mean--102.19 61.24 -
残基数----369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9074220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4181886
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1756X-RAY DIFFRACTION14.936TORSIONAL
12B1756X-RAY DIFFRACTION14.936TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.6501-2.81610.34411480.27692691
2.8161-3.03350.30661390.25812686
3.0335-3.33870.28541500.22172701
3.3387-3.82160.26551370.20442702
3.8216-4.81410.24031550.1822762
4.8141-47.7970.22671550.19132895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.70520.81321.1993.92422.11524.6286-0.23690.9903-0.4065-0.7025-0.0009-0.34120.30240.1336-0.01030.56530.03720.02020.5970.03240.40613.4654-49.007-3.8191
25.78531.21650.55.4454-0.46563.0069-0.12320.03160.52870.0362-0.0106-0.1927-0.43760.29510.11290.5429-0.0778-0.06480.52490.03460.407719.207-38.75915.9975
37.0973-0.602-3.25214.83491.52688.3342-0.2197-0.34190.24520.16680.09490.9188-0.1892-0.91850.03240.48310.0175-0.03630.6583-0.00770.6245-1.3741-48.239318.2668
43.9798-1.015-0.92023.95423.86533.84670.5405-1.3296-0.05991.9904-1.06661.52640.7935-0.46790.34561.0173-0.14240.23840.82780.04750.61482.8394-51.768541.4555
52.6962-0.92632.23524.7494-0.74231.84820.202-1.52040.70021.37580.66470.0245-1.2038-0.49-0.57461.4091-0.3390.42841.2702-0.30490.80981.9556-30.92447.1632
64.6631.37840.50375.5027-0.10922.7190.4118-0.36160.549-0.4929-0.095-0.4997-0.91030.8444-0.26360.9146-0.29980.21980.7478-0.11190.535913.2838-34.61331.674
72.17970.6263-0.62394.76860.57790.15130.8356-0.05730.4843-0.0515-0.1185-0.3389-1.19831.16950.10371.1013-0.26020.28350.7997-0.10270.70668.073-30.015636.461
81.6296-1.21120.54872.8743-1.31010.56780.3252-0.10950.6032-0.35730.2419-0.6670.34931.2114-0.36460.7616-0.38250.09961.2578-0.18150.90522.1896-36.784834.6892
95.58481.77250.34025.392.09244.4250.3769-0.00441.2021-0.6108-0.37330.9761-1.6929-0.1132-0.00621.17280.0110.23960.6366-0.07540.93-0.1054-26.214333.8231
105.8785-0.5467-3.48635.32331.31796.53950.0215-0.1611-0.7251-0.044-0.4035-0.2470.01850.49390.42740.55980.00780.0160.51820.07890.659110.0778-53.535623.481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 363 through 389 )A363 - 389
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 390 through 531 )A390 - 531
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 532 through 558 )A532 - 558
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 364 through 374 )B364 - 374
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 375 through 389 )B375 - 389
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 390 through 426 )B390 - 426
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 427 through 452 )B427 - 452
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 453 through 475 )B453 - 475
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 476 through 531 )B476 - 531
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 532 through 558 )B532 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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