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- PDB-7qkb: Crystal structure of human Cathepsin L in complex with covalently... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qkb
タイトルCrystal structure of human Cathepsin L in complex with covalently bound GC376
要素Cathepsin L
キーワードHYDROLASE / cathepsin / cystein protease / drug development / drug target / peptide-like inhibitor / lysosome / protein degradation / SARS-CoV-2 / COVID-19 / spike protein maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus ...enkephalin processing / cathepsin L / CD4-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / macrophage apoptotic process / chromaffin granule / elastin catabolic process / antigen processing and presentation of peptide antigen / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / endolysosome lumen / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / zymogen activation / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / antigen processing and presentation / protein autoprocessing / Collagen degradation / collagen catabolic process / fibronectin binding / serpin family protein binding / collagen binding / Attachment and Entry / Degradation of the extracellular matrix / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / multivesicular body / endocytic vesicle lumen / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / : / histone binding / adaptive immune response / Attachment and Entry / lysosome / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-UED / Procathepsin L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Rahmani Mashhour, A. / Hauser, M. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. ...Reinke, P.Y.A. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Rahmani Mashhour, A. / Hauser, M. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Lach, M. / Boehler, H. / Beck, T. / Cox, R. / Chapman, H.N. / Hinrichs, W. / Turk, D. / Guenther, S. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, スロベニア, 6件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationFISCOV ドイツ
Helmholtz AssociationSFragX ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research16GW0277 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research031B0405 ドイツ
Slovenian Research AgencyP1-0048 スロベニア
Slovenian Research AgencyIO-0048 スロベニア
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Calpeptin is a potent cathepsin inhibitor and drug candidate for SARS-CoV-2 infections.
著者: Reinke, P.Y.A. / de Souza, E.E. / Gunther, S. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Herrmann, A. / Rahmani Mashhour, A. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / ...著者: Reinke, P.Y.A. / de Souza, E.E. / Gunther, S. / Falke, S. / Lieske, J. / Ewert, W. / Loboda, J. / Herrmann, A. / Rahmani Mashhour, A. / Karnicar, K. / Usenik, A. / Lindic, N. / Sekirnik, A. / Botosso, V.F. / Santelli, G.M.M. / Kapronezai, J. / de Araujo, M.V. / Silva-Pereira, T.T. / Filho, A.F.S. / Tavares, M.S. / Florez-Alvarez, L. / de Oliveira, D.B.L. / Durigon, E.L. / Giaretta, P.R. / Heinemann, M.B. / Hauser, M. / Seychell, B. / Bohler, H. / Rut, W. / Drag, M. / Beck, T. / Cox, R. / Chapman, H.N. / Betzel, C. / Brehm, W. / Hinrichs, W. / Ebert, G. / Latham, S.L. / Guimaraes, A.M.S. / Turk, D. / Wrenger, C. / Meents, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, ...著者: Adams, P.D. / Afonine, P.V. / Bunkoczi, G. / Chen, V.B. / Davis, I.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Hung, L.W. / Kapral, G.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / McCoy, A.J. / Moriarty, N.W. / Oeffner, R. / Read, R.J. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Terwilliger, T.C. / Zwart, P.H.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.country
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cathepsin L
B: Cathepsin L
C: Cathepsin L
D: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,91624
ポリマ－96,6474
非ポリマー3,26920
水4,900272
1
A: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9887
ポリマ－24,1621
非ポリマー8266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0597
ポリマ－24,1621
非ポリマー8976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9976
ポリマ－24,1621
非ポリマー8355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cathepsin L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8724
ポリマ－24,1621
非ポリマー7113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.290, 62.450, 67.820
Angle α, β, γ (deg.)105.306, 93.523, 115.929
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cathepsin L


分子量: 24161.676 Da / 分子数: 4 / 変異: T110A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTSL, CTSL1 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P07711

-
非ポリマー , 8種, 292分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-UED / N~2~-[(benzyloxy)carbonyl]-N-{(2S)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-L-leucinamide / GC373 bound form, GC376 bound form


分子量: 405.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after ...詳細: Mature cathepsin L at a concentration of 7 mg/ml was equilibrated against 27% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0. Crystals, which grew at 293 K to final size after approximately 3 days, were transferred to a compound soaking solution containing 22% w/v PEG 8000, 1 mM TCEP and 0.1 M sodium acetate at pH 4.0 as well as 5% v/v DMSO and 10% v/v PEG 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.25 Å / Num. obs: 67386 / % possible obs: 90.98 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 41.87 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1346 / Rpim(I) all: 0.05975 / Rrim(I) all: 0.1476 / Net I/σ(I): 9.62
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9518 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 6082 / CC1/2: 0.73 / CC star: 0.919 / Rpim(I) all: 0.5693 / Rrim(I) all: 1.115 / % possible all: 81.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18-3855_9999精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OF9

3of9


解像度: 1.8→44.25 Å / SU ML: 0.2157 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.6485
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 1980 2.94 %
Rwork0.1691 65406 -
obs0.1701 67386 90.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6691 0 222 272 7185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00637169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6529651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487943
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.38732685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.38621080.31253891X-RAY DIFFRACTION75.03
1.84-1.890.32621420.27724212X-RAY DIFFRACTION82.12
1.89-1.950.31621350.25424671X-RAY DIFFRACTION90.61
1.95-2.010.2431520.21814814X-RAY DIFFRACTION93.72
2.01-2.080.22871490.20134830X-RAY DIFFRACTION93.24
2.08-2.170.22791350.19284799X-RAY DIFFRACTION92.99
2.17-2.260.231470.18664805X-RAY DIFFRACTION92.79
2.26-2.380.23311380.18314730X-RAY DIFFRACTION91.94
2.38-2.530.19891510.18194669X-RAY DIFFRACTION90.74
2.53-2.730.26511230.18754465X-RAY DIFFRACTION86.03
2.73-30.23191500.18664934X-RAY DIFFRACTION96.36
3-3.440.22071470.17234965X-RAY DIFFRACTION95.82
3.44-4.330.15831550.14384835X-RAY DIFFRACTION94.04
4.33-44.250.18271480.15064786X-RAY DIFFRACTION92.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.188402246520.6374696839142.414494904232.70215388322-0.01929970041952.25710340411-0.297234668534-0.1447468984980.4964259405-0.04006548056660.121302860027-0.0561906110112-0.0974466610470.05996968322260.2084501035520.492248385172-0.006871310969280.0830985703150.469901773147-0.1406446707730.36338937336226.1540622553-8.96494194695-5.50209626145
24.700448464165.82035905742-5.396212270947.71622637793-5.748790083377.64463433804-0.130102500778-0.148417696182-0.130383100694-0.05363426821470.0783083589737-0.2508088354490.286343407320.5073142138120.0890963147980.433350045813-0.04651465539870.05454194126840.47751487473-0.1115505631530.42422321335426.4474364715-16.357904278-12.057068821
33.588940540161.385788814540.8956100097054.124605474060.2887055150885.386981678230.0705167999658-0.05320354540940.0146466235135-0.181663959240.04352653225630.1535814659420.0771036246212-0.352868155051-0.09741979638840.433825465544-0.04995981509310.05499924098860.374985690456-0.06505013510660.37358601916516.7378624663-21.9525704589-15.6966461545
41.149899130520.03125908042952.958548805193.00090375705-0.05150704772319.922715297030.09384578210760.17278294645-0.3533703102480.1842849846660.299080572984-0.3020994286260.337020336360.242237763106-0.4521147311460.4016889793730.03170722037650.09150470395740.456992413999-0.08267815412020.54894611586533.2629592354-21.2720742138-3.98075728447
51.521369791270.5575800480960.3311528788381.795584661571.361725060733.641332630830.0108802595913-0.227317227886-0.16685629310.2325938026530.0453730530845-0.09359389148410.1690108088-0.151149701483-0.05795955319920.373655903871-0.02331453406160.01775398208610.408660556557-0.008679365005420.36105257091724.3528055548-11.80280873255.787334387
66.070752644530.305603439323-0.221931577028.13816329366-0.7522249326326.515018715610.04820487271950.00670022298490.2790847983820.18221394551-0.108432274898-0.0520166233011-0.2293607298060.1947282311770.02589720031910.2528893135023.23862186148E-5-0.0007793850200940.332809756839-0.01799942808690.29427029474956.72735386045.671992717217.7220724577
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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2525chain 'D' and (resid 129 through 220 )DM129 - 220133 - 226

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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