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- PDB-7qii: Complex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qii
タイトルComplex of the Yersinia enterocolitica Type III secretion proteins YscX and YscY
要素
  • Chaperone protein YscY
  • Yop proteins translocation protein X
キーワードCHAPERONE / Type III Secretion System / T3SS / SctX / SctY
機能・相同性Type III secretion system YscX / Type III secretion system chaperone, YscY / Type III secretion system YscX (type_III_YscX) / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / extracellular region / cytoplasm / Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein X
機能・相同性情報
生物種Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Gilzer, D. / Schreiner, M. / Niemann, H.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Direct interaction of a chaperone-bound type III secretion substrate with the export gate.
著者: Gilzer, D. / Schreiner, M. / Niemann, H.H.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein YscY
B: Yop proteins translocation protein X


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9432
ポリマ－24,9432
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex confirmed via co-expression, pull-down, and gelfiltration. Individual expression of either YscX or YscY not possible.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.268, 179.268, 41.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein YscY / Yop proteins translocation protein Y


分子量: 14186.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: YscY with N-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yscY / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N2
#2: タンパク質 Yop proteins translocation protein X


分子量: 10757.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminally truncated YscX
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)
遺伝子: yscX / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C2N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein Concentration: 5 mg/mL; Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 % (w/v) sucrose, 2.5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M Sodium succinate pH 6-6.5, 4.2-4.4 M NaCl, 4 % ...詳細: Protein Concentration: 5 mg/mL; Protein Buffer: 10 mM Tris pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 % (w/v) sucrose, 2.5 mM TCEP; Reservoir Solution: 0.1 M Sodium succinate pH 6-6.5, 4.2-4.4 M NaCl, 4 % acetonitrile; Drop Ratio: 0.5 - 1 uL Reservoir + 1 uL Protein
PH範囲: 6 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. obs: 5368 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 111.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 14.55
反射 シェル解像度: 3.29→3.49 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 839 / CC1/2: 0.773 / Rrim(I) all: 1.255 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292118683

解像度: 3.29→44.82 Å / SU ML: 0.4909 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 535 9.99 %
Rwork0.2237 4822 -
obs0.2296 5357 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 119.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 0 1 1520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76652122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0879234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0125275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6619588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.620.31451290.27631166X-RAY DIFFRACTION99.08
3.63-4.150.38151320.25261187X-RAY DIFFRACTION100
4.15-5.220.28121320.23531190X-RAY DIFFRACTION100
5.23-44.820.24831420.19851279X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.22139703866-0.5044496154522.381190905638.471409293340.978725393721.507835657640.581762559624-0.806380543798-1.19721591390.789076649223-0.6199060001660.8380389194210.402700949604-0.4523687839330.4600896146430.9419375102520.424707279807-0.08828893216811.11764815866-0.2341879379870.45589778375122.4496640283-4.58607721201-3.07012004223
24.73459885708-1.40817622397-4.684784543337.23394203746-0.3064621574765.70569515830.426922131852-0.3602932077172.165618704120.119981648562-0.334410900584-0.826782998309-0.1850561123081.522306905-0.2079868728450.7470471273360.34478437010.001272558661211.19902046485-0.09505712621161.0817680281322.8124859461-5.96472051876-18.4535494497
36.076828925640.951172024793-1.562056459228.119776610362.007994085558.144541122941.11294227911-0.5881039921651.551428905180.5247061642170.842053405612-0.724494120982-0.974977638799-0.633228327798-1.913409245370.992701134219-0.1006262224250.3588298870481.530610328590.07111412156611.3808080505134.3434404638-2.0607908971-24.5393510277
46.20535010982.484876344584.796227477555.684250116323.255377557324.289271087920.4550163699313.052664884082.39656103677-1.63891330310.762919577082-0.727172983975-0.560114753091.644737270241.14963861150.5253255567170.3113900689590.3724979425911.405274936730.1113994669811.5204537742135.9791659656-9.54416210204-29.1083326669
56.26865527496-0.4528996017762.130084402868.61733874219-3.555147446018.18132369855-1.515526022951.174127470882.617961230840.07011195207460.97125702502-3.31596171363-0.545893488248-0.6650735110630.422526665050.7139535776450.3194243088780.03563326777241.587637365150.03208263168551.7531576421239.3697836115-12.4814937479-34.3809406628
66.06860419362-0.68393748184-3.73112298077.76641629778-2.010777467453.26713808929-0.7641643535471.29760756083-1.064101883490.971359197328-0.1045695224820.1145533836031.18945553806-0.6889289321620.5418063207410.827984995607-0.02701582299210.1095019857771.14400877729-0.1878065840261.2239924113624.0858265185-16.664674046-23.9271561943
79.958151329472.028998204723.018636759960.610630535551.152436554552.56321666607-0.066986314098-1.998909105762.375857799841.92644214715-0.3015729885190.400173853850.013168015977-1.56027923773-0.2618374917221.273050177040.1328827825210.06513166634691.02512836763-0.1271987725260.78242730583912.8182985148-4.84099067615-7.00430792092
86.054951318613.19033593795.486295130383.875604636294.316199438395.425936763270.629753496541-1.38469068901-0.232331966031.42257006298-0.7439027253240.3274809572471.61838873331-0.991416230960.1800011566931.077837877060.59951346213-0.01085482080691.095672229490.2634570277111.290758495333.18917100087-4.65123710642-15.0893164136
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 10 through 16 )AA10 - 161 - 7
22chain 'A' and (resid 17 through 64 )AA17 - 648 - 55
33chain 'A' and (resid 65 through 81 )AA65 - 8156 - 72
44chain 'A' and (resid 82 through 98 )AA82 - 9873 - 89
55chain 'A' and (resid 99 through 119 )AA99 - 11990 - 110
66chain 'B' and (resid 47 through 71 )BB47 - 711 - 25
77chain 'B' and (resid 72 through 92 )BB72 - 9226 - 46
88chain 'B' and (resid 93 through 122 )BB93 - 12247 - 76

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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