[日本語] English
万見
- PDB-7qie: Crystal Structure of Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase (P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qie
タイトルCrystal Structure of Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase (PI5P4K2C) bound to an allosteric inhibitor
要素Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ALLOSTERIC BINDING (アロステリック効果) / LIPID KINASE (キナーゼ) / NON-ATP-COMPETITIVE INHIBITOR / phosphatidylinositol 5-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / intracellular organelle / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / intracellular organelle / positive regulation of autophagosome assembly / PI5P Regulates TP53 Acetylation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / オートファゴソーム / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / リン酸化 / 小胞体 / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DVF / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Howard, T.D. / Ogg, D.T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateARUK-2015DDI-CAM 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Development of Selective Phosphatidylinositol 5-Phosphate 4-Kinase gamma Inhibitors with a Non-ATP-competitive, Allosteric Binding Mode.
著者: Boffey, H.K. / Rooney, T.P.C. / Willems, H.M.G. / Edwards, S. / Green, C. / Howard, T. / Ogg, D. / Romero, T. / Scott, D.E. / Winpenny, D. / Duce, J. / Skidmore, J. / Clarke, J.H. / Andrews, S.P.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
C: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
D: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,5018
ポリマ－168,0724
非ポリマー1,4304
水3,585199
1
A: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
B: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7514
ポリマ－84,0362
非ポリマー7152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area28230 Å2
手法PISA
2
C: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
D: Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7514
ポリマ－84,0362
非ポリマー7152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.414, 114.794, 146.853
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEAA45 - 42029 - 362
21PHEPHEBB45 - 42029 - 362
12ILEILEAA45 - 41929 - 361
22ILEILECC45 - 41929 - 361
13PHEPHEAA45 - 42029 - 362
23PHEPHEDD45 - 42029 - 362
14ILEILEBB45 - 41929 - 361
24ILEILECC45 - 41929 - 361
15PHEPHEBB45 - 42029 - 362
25PHEPHEDD45 - 42029 - 362
16ILEILECC45 - 41929 - 361
26ILEILEDD45 - 41929 - 361

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 gamma / Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type II gamma / PI(5)P 4-kinase type II gamma / PIP4KII-gamma


分子量: 42017.918 Da / 分子数: 4 / 変異: 300-341deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIP4K2C, PIP5K2C / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold
参照: UniProt: Q8TBX8, 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase
#2: 化合物
ChemComp-DVF / 5-methyl-2-(2-propan-2-ylphenyl)-~{N}-(pyridin-2-ylmethyl)pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 357.452 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% w/v Peg3350, 0.3 M Ammonium Tartrate, 100mM PCPT pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→146.17 Å / Num. obs: 36705 / % possible obs: 72.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.8387 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.39→2.46 Å / Num. unique obs: 83 / CC1/2: 0.359

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GK9

2gk9


解像度: 2.39→146.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 27.896 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2657 1799 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.2137 34407 56.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.12 Å2 / Biso mean: 57.761 Å2 / Biso min: 14.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å21.85 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---1.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→146.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9748 0 108 199 10055
Biso mean--45.48 43.19 -
残基数----1191
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01310088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0159556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.6413615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2371.59722019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.86651177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16422.58562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.175151804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9951561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022337
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89560.1
12B89560.1
21A92280.09
22C92280.09
31A90410.1
32D90410.1
41B89460.1
42C89460.1
51B89250.11
52D89250.11
61C90620.1
62D90620.1
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 8 -
Rwork0.424 83 -
obs--19.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7864-0.50050.96352.7065-1.81332.815-0.2597-0.0720.06490.2880.0429-0.2877-0.1363-0.26350.21680.19650.0952-0.04160.3074-0.03370.033412.4762-20.018270.3627
21.6932-1.99941.30713.2799-1.70741.63980.20450.0266-0.0324-0.2653-0.02980.10570.19170.0345-0.17470.08810.0037-0.02540.18540.04260.0513-9.248715.817535.4592
30.8972-0.41940.99653.5741-1.80833.2852-0.30780.0370.14881.1080.0722-0.1599-0.48820.07670.23550.53640.0684-0.11820.0283-0.01330.045829.8534-12.98447.4763
41.7683-1.47911.54732.1849-1.75353.06080.09210.1805-0.19480.1328-0.03410.2057-0.15230.0209-0.05790.1764-0.0324-0.00720.0898-0.02550.03564.63048.265-36.5566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A45 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B45 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C45 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D41 - 501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る