PDB-7qhz: Crystal structure of KLK6 in complex with compound DKFZ917

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qhz

タイトル

Crystal structure of KLK6 in complex with compound DKFZ917

要素

Kallikrein-6

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / serine proteases

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / tissue regeneration / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Jagtap, P.K.A. / Baumann, A. / Lohbeck, J. / Isak, D. / Miller, A. / Hennig, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2022
タイトル: Scalable synthesis and structural characterization of reversible KLK6 inhibitors.
著者: Baumann, A. / Isak, D. / Lohbeck, J. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J. / Miller, A.K.

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qhz.cif.gz	109.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qhz.ent.gz	81 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qhz_validation.pdf.gz	763.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qhz_full_validation.pdf.gz	765.9 KB	表示
XML形式データ	7qhz_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	7qhz_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qi0C 3vfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kallikrein-6

ヘテロ分子

24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.500, 48.230, 108.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme 分子量: 24417.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / プラスミド: pXLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F 参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-CI5 / (5~{R})-3-(4-carbamimidoylphenyl)-~{N}-[(1~{S})-1-naphthalen-1-ylpropyl]-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 416.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→36.03 Å / Num. obs: 66510 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.753 % / B_iso Wilson estimate: 15.57 Å² / CC_1/2: 0.929 / R_merge(I) obs: 0.215 / R_rim(I) all: 0.263 / Χ²: 0.918 / Net I/σ(I): 6.44 / Num. measured all: 183083 / Scaling rejects: 3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	1.686	0.928	0.71	5567	5372	3302	0.342	1.241	61.5
1.54-1.58	1.871	0.778	0.92	7253	5198	3877	0.429	1.025	74.6
1.58-1.63	2.033	0.718	1.16	8216	5073	4042	0.506	0.929	79.7
1.63-1.68	2.167	0.622	1.44	9079	4917	4189	0.57	0.798	85.2
1.68-1.73	2.313	0.576	1.69	10247	4789	4431	0.636	0.727	92.5
1.73-1.79	2.683	0.54	2.19	12356	4661	4606	0.682	0.673	98.8
1.79-1.86	3.033	0.474	2.94	13502	4464	4451	0.766	0.577	99.7
1.86-1.93	3.072	0.405	3.81	13126	4291	4273	0.825	0.49	99.6
1.93-2.02	3.112	0.362	4.72	12722	4104	4088	0.823	0.438	99.6
2.02-2.12	3.153	0.319	5.91	12409	3957	3935	0.851	0.385	99.4
2.12-2.23	3.164	0.286	6.94	11674	3709	3690	0.881	0.345	99.5
2.23-2.37	3.148	0.269	8.17	11044	3519	3508	0.881	0.325	99.7
2.37-2.53	3.145	0.25	8.94	10496	3359	3337	0.885	0.302	99.3
2.53-2.74	3.117	0.224	10.59	9573	3091	3071	0.905	0.27	99.4
2.74-3	3.123	0.212	11.96	8790	2835	2815	0.887	0.257	99.3
3-3.35	3.155	0.185	15.67	8060	2569	2555	0.886	0.225	99.5
3.35-3.87	3.089	0.154	19.9	6920	2267	2240	0.877	0.188	98.8
3.87-4.74	2.92	0.137	21.42	5475	1923	1875	0.902	0.168	97.5
4.74-6.7	3.01	0.127	20.71	4389	1478	1458	0.922	0.155	98.6
6.7-36.03	2.849	0.094	22.4	2185	811	767	0.937	0.116	94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VFE

3vfe

解像度: 1.5→36.03 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	3350	5.04 %
R_work	0.1822	63149	-
obs	0.1841	66499	91.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.63 Å² / B_iso mean: 21.0381 Å² / B_iso min: 8.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→36.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1689	0	37	281	2007
B_iso mean	-	-	19.34	32.16	-
残基数	-	-	-	-	222

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.3325	85	0.3306	1577	1662	55
1.52-1.54	0.3836	110	0.3075	2010	2120	70
1.54-1.57	0.3329	112	0.2986	2137	2249	74
1.57-1.59	0.3163	124	0.2939	2164	2288	76
1.59-1.62	0.2866	121	0.2855	2276	2397	81
1.62-1.65	0.2694	127	0.2753	2429	2556	82
1.65-1.68	0.2925	129	0.2722	2484	2613	88
1.68-1.72	0.2936	137	0.2643	2660	2797	91
1.72-1.75	0.2858	150	0.2534	2770	2920	98
1.75-1.79	0.2779	146	0.2451	2824	2970	99
1.79-1.84	0.2374	156	0.2256	2868	3024	100
1.84-1.89	0.2439	152	0.2019	2834	2986	100
1.89-1.94	0.2338	147	0.1834	2872	3019	100
1.94-2.01	0.2157	152	0.1832	2865	3017	100
2.01-2.08	0.234	149	0.1772	2860	3009	100
2.08-2.16	0.1935	149	0.1782	2819	2968	99
2.16-2.26	0.1869	150	0.1551	2873	3023	99
2.26-2.38	0.2187	147	0.1686	2830	2977	100
2.38-2.53	0.2456	156	0.1674	2884	3040	99
2.53-2.72	0.181	148	0.1646	2813	2961	99
2.72-3	0.2518	146	0.1629	2862	3008	99
3-3.43	0.1918	156	0.1566	2865	3021	99
3.43-4.32	0.181	152	0.1414	2792	2944	98
4.32-36.03	0.1829	149	0.163	2781	2930	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1867	0.6183	-0.4064	2.4226	-0.521	1.3479	0.057	0.0176	-0.0064	0.1071	0.0109	0.0886	-0.1037	-0.0988	-0.0584	0.1127	0.01	0.0152	0.125	-0.0158	0.1282	-2.7867	0.6861	-5.021
2	3.4113	1.5864	-0.2168	2.8672	-0.0978	2.5744	0.0681	0.0176	0.1993	-0.0001	-0.0453	0.0764	-0.1076	-0.0462	-0.0154	0.121	0.0126	0.0144	0.0954	0.0062	0.124	3.0374	5.6013	-14.0567
3	0.7263	0.0601	-0.329	1.1149	0.3817	1.2847	0.0002	0.0356	0.0701	-0.0531	-0.0109	0.0564	-0.1255	-0.0461	-0.0013	0.1422	0.0067	-0.0035	0.1173	0.0071	0.1331	-0.6605	4.4226	-16.6973
4	1.3051	0.0034	0.1185	1.9027	0.372	3.7915	-0.0663	-0.0876	0.2008	0.1038	0.0421	-0.0806	-0.4158	0.1142	0.0081	0.1625	-0.0163	-0.0029	0.1119	-0.0078	0.1861	6.9531	9.8562	-9.2933
5	2.5021	-0.3756	-0.2435	0.5684	-0.3193	1.7423	0.0191	-0.0747	0.0175	-0.0106	-0.0145	-0.0401	0.0574	-0.0172	0.0012	0.0853	-0.0066	-0.0032	0.0677	0.0048	0.0902	2.3258	-8.0008	-5.659
6	1.8834	0.558	-0.817	4.9887	-2.1521	3.309	-0.1807	-0.2802	-0.1674	0.1596	-0.0496	-0.2309	0.5455	0.4026	0.23	0.2755	0.0401	0.0341	0.1749	0.0036	0.1562	8.9334	-19.8601	-18.7215
7	0.7412	0.126	-0.4099	0.8874	-0.4758	1.0746	-0.0102	-0.0584	-0.0067	0.0153	0.0327	0.0085	0.0956	0.0064	-0.0328	0.1254	-0	-0.0065	0.1421	0	0.1305	3.2702	-10.2746	-9.0729
8	6.2887	-0.8364	1.0377	3.1746	0.2725	2.8876	-0.0457	0.03	-0.5558	-0.3456	0.118	0.1996	0.7039	-0.3463	-0.048	0.2717	-0.0651	-0.0237	0.1577	0.0048	0.2154	-3.9558	-19.0513	-11.9239
9	2.2288	0.3967	-0.9453	5.0088	-1.8589	3.009	0.0976	-0.026	0.1069	-0.0643	-0.1679	-0.5088	-0.1216	0.3353	0.0819	0.1189	-0.0219	0.0045	0.1578	-0.0033	0.1543	13.5945	-1.0967	-18.8591

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 38 )	A	16 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 54 )	A	39 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 103 )	A	55 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 104 through 123 )	A	104 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 124 through 164 )	A	124 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 165 through 179 )	A	165 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 217 )	A	180 - 217
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 218 through 227 )	A	218 - 227
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 228 through 246 )	A	228 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)