+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qi0 | ||||||
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Title | Crystal structure of KLK6 in complex with compound DKFZ918 | ||||||
Components | Kallikrein-6 | ||||||
Keywords | PEPTIDE BINDING PROTEIN / serine proteases | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / tissue regeneration / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases ...positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / tissue regeneration / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases / collagen catabolic process / myelination / secretory granule / central nervous system development / response to wounding / nuclear membrane / serine-type endopeptidase activity / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Jagtap, P.K.A. / Baumann, A. / Lohbeck, J. / Isak, D. / Miller, A. / Hennig, J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Rsc Adv / Year: 2022 Title: Scalable synthesis and structural characterization of reversible KLK6 inhibitors. Authors: Baumann, A. / Isak, D. / Lohbeck, J. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J. / Miller, A.K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qi0.cif.gz | 187.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qi0.ent.gz | 148 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qi0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7qi0_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7qi0_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 7qi0_validation.xml.gz | 21 KB | Display | |
Data in CIF | 7qi0_validation.cif.gz | 28.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7qhzC 3vfeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24417.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KLK6, PRSS18, PRSS9 / Plasmid: pXLG / Production host: Homo sapiens (human) / Strain (production host): Expi293F References: UniProt: Q92876, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine endopeptidases #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.873 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→37.46 Å / Num. obs: 32018 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.498 % / Biso Wilson estimate: 35.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.876 / Net I/σ(I): 9.07 / Num. measured all: 208040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VFE Resolution: 1.88→37.46 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 115.97 Å2 / Biso mean: 50.2576 Å2 / Biso min: 22.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.88→37.46 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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