PDB-7qi0: Crystal structure of KLK6 in complex with compound DKFZ918

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qi0

タイトル

Crystal structure of KLK6 in complex with compound DKFZ918

要素

Kallikrein-6

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / serine proteases

機能・相同性

機能・相同性情報

tissue regeneration / cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / collagen catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Jagtap, P.K.A. / Baumann, A. / Lohbeck, J. / Isak, D. / Miller, A. / Hennig, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2022
タイトル: Scalable synthesis and structural characterization of reversible KLK6 inhibitors.
著者: Baumann, A. / Isak, D. / Lohbeck, J. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J. / Miller, A.K.

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qi0.cif.gz	188.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qi0.ent.gz	148 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/7qi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qhzC 3vfeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kallikrein-6

B: Kallikrein-6

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kallikrein-6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kallikrein-6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.410, 46.860, 68.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme 分子量: 24417.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / プラスミド: pXLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F 参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-C9I / (5~{R})-3-(6-carbamimidoylpyridin-3-yl)-~{N}-[(1~{S})-1-naphthalen-1-ylpropyl]-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 417.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.873 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→37.46 Å / Num. obs: 32018 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.498 % / B_iso Wilson estimate: 35.33 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 0.876 / Net I/σ(I): 9.07 / Num. measured all: 208040

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.88-1.93	5.243	1.254	0.87	10952	2342	2089	0.426	1.391	89.2
1.93-1.98	5.959	1.045	1.23	13766	2312	2310	0.625	1.148	99.9
1.98-2.04	6.499	0.919	1.57	14694	2262	2261	0.656	1	100
2.04-2.1	6.712	0.698	2.28	14706	2191	2191	0.804	0.757	100
2.1-2.17	6.687	0.571	2.86	14157	2118	2117	0.859	0.62	100
2.17-2.25	6.768	0.473	3.59	13895	2053	2053	0.893	0.512	100
2.25-2.33	6.827	0.394	4.33	13558	1987	1986	0.927	0.427	99.9
2.33-2.43	6.873	0.347	5.01	13079	1903	1903	0.941	0.376	100
2.43-2.54	6.791	0.288	5.96	12359	1822	1820	0.959	0.312	99.9
2.54-2.66	6.771	0.241	7.36	11937	1763	1763	0.969	0.261	100
2.66-2.8	6.756	0.19	9.01	11209	1659	1659	0.982	0.205	100
2.8-2.97	6.655	0.155	10.87	10675	1605	1604	0.985	0.168	99.9
2.97-3.18	6.601	0.123	13.59	9736	1478	1475	0.992	0.133	99.8
3.18-3.43	6.703	0.091	17.98	9351	1396	1395	0.994	0.098	99.9
3.43-3.76	6.705	0.07	23.29	8549	1278	1275	0.997	0.076	99.8
3.76-4.2	6.576	0.058	26.29	7622	1162	1159	0.997	0.063	99.7
4.2-4.86	6.296	0.052	28.22	6554	1042	1041	0.998	0.056	99.9
4.86-5.95	5.846	0.052	27.25	5086	870	870	0.997	0.057	100
5.95-8.41	6.333	0.049	29.05	4319	687	682	0.998	0.053	99.3
8.41-37.46	5.03	0.036	30.66	1836	401	365	0.998	0.041	91

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VFE

3vfe

解像度: 1.88→37.46 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	1599	5 %
R_work	0.1904	-	-
obs	0.1925	32008	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.97 Å² / B_iso mean: 50.2576 Å² / B_iso min: 22.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→37.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3271	0	62	158	3491
B_iso mean	-	-	43.42	47.57	-
残基数	-	-	-	-	439

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9682	-0.2842	0.7666	4.9092	1.0322	3.8555	0.1332	0.1712	-0.1717	0.6385	0.2655	-0.7233	0.6973	0.6965	-0.2145	0.3915	0.1624	-0.1335	0.3427	-0.0743	0.3362	13.7849	-4.4481	7.0348
2	5.6707	0.4109	1.0268	6.0066	1.2625	3.6083	-0.1322	0.344	0.6122	0.3543	0.2717	-0.5465	-0.1191	0.6116	-0.1022	0.2578	0.0148	-0.0595	0.3312	-0.009	0.3234	12.7001	8.3988	7.1457
3	4.7722	0.3943	-0.6796	4.1066	-0.981	4.6323	0.0908	-0.9865	-0.1719	0.0402	-0.0363	-0.6106	-0.4095	0.7885	0.0276	0.2917	-0.1044	0.0122	0.4623	0.0408	0.3171	48.0742	14.0106	27.5643
4	5.3809	0.0576	-0.9345	2.7754	0.2135	4.5292	0.0663	-1.3155	0.4813	0.3077	-0.0096	-0.1211	-0.7426	0.3563	-0.1354	0.412	-0.0805	0	0.5463	-0.082	0.2894	39.7302	18.24	33.6222
5	6.5651	0.2974	-0.7977	3.4996	0.2344	1.8877	0.2423	-1.0701	0.6572	0.0587	0.0738	-0.5065	-1.102	0.9779	-0.163	0.636	-0.275	0.065	0.7344	-0.1487	0.4156	48.6471	21.9806	29.9373
6	6.1255	1.0698	-1.1533	2.3676	0.2156	3.6977	0.0395	-0.2513	0.2205	-0.1756	0.0808	-0.0035	-0.4033	0.1704	-0.0385	0.3049	-0	0.0168	0.208	0.0244	0.2482	38.2208	15.0943	24.1342
7	7.4127	0.5975	-0.049	2.682	-0.2704	4.5159	-0.3924	0.5572	-1.4316	-0.3681	0.1533	-0.3703	0.8188	0.6182	0.276	0.4114	-0.0545	0.1449	0.3297	-0.0128	0.5797	44.3647	2.3662	15.8785
8	0.1103	0.4613	-0.5944	4.4603	-0.5103	7.2792	0.4199	-2.057	-1.1039	1.1191	-0.0547	-1.0787	0.2253	1.3158	0.7856	0.4451	0.0928	-0.1321	1.4287	0.293	0.7018	54.1516	7.4082	36.9555
9	2.9945	1.6627	-1.095	2.6944	-0.5415	1.4838	-1.0915	-0.2644	-3.0223	-0.2957	0.4784	-0.593	0.8065	1.2421	0.4114	0.485	0.0425	0.2695	0.0254	0.2964	1.1871	39.5075	-5.2414	24.3115
10	3.1203	-3.6743	1.5649	6.2044	-1.2279	1.1061	0.0873	-1.1165	-1.2252	0.1323	-0.4021	-0.4454	0.5985	0.8088	0.2077	0.4177	0.1309	0.0476	0.7989	0.397	0.7432	48.7994	-1.0824	30.4089
11	4.1785	1.6545	-1.0716	4.6952	0.6196	3.8413	-0.2207	-0.2282	-0.8179	-0.4003	0.0087	-0.2193	0.168	0.3622	0.1092	0.2486	0.0036	0.078	0.2633	0.1185	0.3623	38.7582	5.4381	22.4167

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 16 through 140 )	A	16 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 141 through 246 )	A	141 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 16 through 54 )	B	16 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 55 through 67 )	B	55 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 69 through 90 )	B	69 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 123 )	B	91 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 140 )	B	124 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 141 through 155 )	B	141 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 156 through 184 )	B	156 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 185 through 199 )	B	185 - 199
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 200 through 246 )	B	200 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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