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- PDB-7qgt: Crystal structure of human cystathionine beta-synthase (delta516-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qgt
タイトルCrystal structure of human cystathionine beta-synthase (delta516-525) in complex with AOAA.
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードLYASE / METHIONINE CYCLE / METABOLIC PATHWAY / SERINE METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / cystathionine beta-synthase / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / carbon monoxide binding ...Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / cystathionine beta-synthase / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / carbon monoxide binding / homocysteine metabolic process / hydrogen sulfide biosynthetic process / L-serine metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / L-cysteine catabolic process / cerebellum morphogenesis / cysteine biosynthetic process / response to folic acid / endochondral ossification / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / nitric oxide binding / DNA protection / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of JNK cascade / nitrite reductase (NO-forming) activity / superoxide metabolic process / blood vessel remodeling / maternal process involved in female pregnancy / blood vessel diameter maintenance / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily ...Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 4'-DEOXY-4'-ACETYLYAMINO-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.691 Å
データ登録者Hutchin, A. / Kopec, J. / Majtan, T. / Zuhra, K. / Szabo, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2022
タイトル: H 2 S biogenesis by cystathionine beta-synthase: mechanism of inhibition by aminooxyacetic acid and unexpected role of serine.
著者: Petrosino, M. / Zuhra, K. / Kopec, J. / Hutchin, A. / Szabo, C. / Majtan, T.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0686
ポリマ－124,2662
非ポリマー1,8024
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area39400 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)125.553, 134.573, 169.291
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase / Beta-thionase / Serine sulfhydrase


分子量: 62132.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P35520, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-IK2 / 4'-DEOXY-4'-ACETYLYAMINO-PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 140 mM Na FORMATE, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976284 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.691→100.846 Å / Num. obs: 22433 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.691→2.922 Å / Num. unique obs: 1123 / CC1/2: 0.668

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROC1.0.5データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4coo

4coo


解像度: 2.691→55.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.463
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2418 1090 -RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.21 22428 55.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8322 Å20 Å20 Å2
2--16.1909 Å20 Å2
3----8.3587 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.691→55.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7754 0 122 167 8043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0068039HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8710899HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2863SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1419HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8039HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1050SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6388SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 2.691→2.84 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3808 14 -
Rwork0.2849 --
obs--7.78 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2251-0.25740.63030.144-0.56081.95540.03640.0028-0.11410.0028-0.00940.0443-0.11410.0443-0.027-0.24430.0592-0.02530.1819-0.0329-0.24246.079530.058244.8464
21.1351-0.2895-0.26240.2612-0.01312.41520.1952-0.1010.1165-0.101-0.0002-0.16990.1165-0.1699-0.195-0.29740.0204-0.08060.1101-0.0522-0.201839.396221.318434.5941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A41 - 540
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1000 - 1001
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B41 - 540
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1000 - 1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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