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- PDB-7qgs: Crystal structure of p300 CH1 domain in complex with CITIF (a CIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qgs
タイトルCrystal structure of p300 CH1 domain in complex with CITIF (a CITED2-HIF-1alpha hybrid)
要素
  • Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha
  • Histone acetyltransferase
キーワードPROTEIN BINDING / hypoxia / transcription factor / intrinsically disordered protein
機能・相同性
機能・相同性情報


embryonic process involved in female pregnancy / cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / left/right pattern formation / pulmonary artery morphogenesis / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / embryonic heart tube left/right pattern formation / neural fold elevation formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation ...embryonic process involved in female pregnancy / cranial nerve morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of other transcription factors / left/right pattern formation / pulmonary artery morphogenesis / epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development / embryonic heart tube left/right pattern formation / neural fold elevation formation / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / iris morphogenesis / nodal signaling pathway / hypoxia-inducible factor-1alpha signaling pathway / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / elastin metabolic process / sex determination / regulation of transforming growth factor beta2 production / positive regulation of male gonad development / endocardial cushion development / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / granulocyte differentiation / lens morphogenesis in camera-type eye / positive regulation of hormone biosynthetic process / left/right axis specification / retina vasculature development in camera-type eye / intestinal epithelial cell maturation / Cellular response to hypoxia / negative regulation of growth / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell-cell adhesion / mesenchymal cell apoptotic process / positive regulation of mitophagy / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / negative regulation of bone mineralization / intracellular oxygen homeostasis / collagen metabolic process / trophectodermal cell differentiation / B-1 B cell homeostasis / response to fluid shear stress / vascular endothelial growth factor production / peripheral nervous system development / dopaminergic neuron differentiation / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / cardiac neural crest cell development involved in heart development / transcription regulator activator activity / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate metabolic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / bone morphogenesis / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of thymocyte apoptotic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / motile cilium / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of signaling receptor activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / determination of left/right symmetry / response to iron ion / response to muscle activity / regulation of glycolytic process / neural crest cell migration / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / embryonic hemopoiesis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / regulation of aerobic respiration / histone acetyltransferase binding / ventricular septum morphogenesis / muscle cell cellular homeostasis / bone mineralization / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of epithelial cell migration / LBD domain binding / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / heart looping / E-box binding / intracellular glucose homeostasis / skeletal muscle cell differentiation / SMAD binding / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / outflow tract morphogenesis / uterus development / decidualization / cellular response to interleukin-1 / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / neuroblast proliferation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process
類似検索 - 分子機能
CITED / CITED / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Zinc finger, TAZ-type ...CITED / CITED / Hypoxia-inducible factor-1 alpha / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / PAS fold-3 / PAS fold / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Hypoxia-inducible factor 1-alpha / histone acetyltransferase / Cbp/p300-interacting transactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hegedus, Z. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/N013573/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/KO39292/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilBB/L01386X/1 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionMSCA-IF-2016-749012 英国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeNKFIH PD 135324 英国
Royal Society191087 英国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Understanding p300-transcription factor interactions using sequence variation and hybridization.
著者: Hobor, F. / Hegedus, Z. / Ibarra, A.A. / Petrovicz, V.L. / Bartlett, G.J. / Sessions, R.B. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha
A: Histone acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4915
ポリマ－17,2952
非ポリマー1963
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.505, 48.599, 39.825
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.867, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cbp/p300-interacting transactivator 2,Hypoxia-inducible factor 1-alpha / MSG-related protein 1 / MRG-1 / P35srj / HIF-1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / ...MSG-related protein 1 / MRG-1 / P35srj / HIF-1-alpha / HIF1-alpha / ARNT-interacting protein / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP1 / Class E basic helix-loop-helix protein 78 / bHLHe78 / Member of PAS protein 1 / PAS domain-containing protein 8


分子量: 6402.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99967, UniProt: Q16665
#2: タンパク質 Histone acetyltransferase


分子量: 10892.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EP300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6C1, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, PEG 6K 35%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.28367 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28367 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→38.66 Å / Num. obs: 7708 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 48.17 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.744 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 355 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.325 / Rrim(I) all: 0.814 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LVS

7lvs


解像度: 2→38.66 Å / SU ML: 0.0979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 36.1924
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 398 5.18 %
Rwork0.2208 7279 -
obs0.2221 7677 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1166 0 3 41 1210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01591181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54511591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0706180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.264159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.290.30011270.30472381X-RAY DIFFRACTION98.39
2.29-2.880.33981300.29962426X-RAY DIFFRACTION99.65
2.88-38.660.21611410.19222472X-RAY DIFFRACTION99.77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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