[日本語] English
万見
- PDB-7qgp: STK10 (LOK) bound to Macrocycle CKJB51 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qgp
タイトルSTK10 (LOK) bound to Macrocycle CKJB51
要素Serine/threonine-protein kinase 10
キーワードTRANSFERASE / Kinase / STK10 / LOK / Macrocycle
機能・相同性
機能・相同性情報


lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity ...lymphocyte aggregation / regulation of lymphocyte migration / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / specific granule membrane / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / nuclear body / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Serine/threonine-protein kinase 10, catalytic domain / Polo kinase kinase / : / Polo kinase kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DJ8 / Serine/threonine-protein kinase 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Berger, B.-T. / Schroeder, M. / Kraemer, A. / Schwalm, M.P. / Kurz, C.G. / Amrhein, J.A. / Hanke, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Commission875510European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: STK10 bound to CKJB51
著者: Schroeder, M. / Berger, B.T. / Kraemer, A. / Kurz, C.G. / Amrhein, J.A. / Hanke, T. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8314
ポリマ－34,2411
非ポリマー5903
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.312, 61.839, 56.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 10 / Lymphocyte-oriented kinase


分子量: 34240.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK10, LOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O94804, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DJ8 / 1-[(4-chloranyl-2-methyl-phenyl)methyl]-3-(7,10-dioxa-13,17,18,21-tetrazatetracyclo[12.5.2.1^{2,6}.0^{17,20}]docosa-1(20),2(22),3,5,14(21),15,18-heptaen-5-yl)urea


分子量: 492.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25ClN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 13% PEG 1k, 10% PEG 8k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000041 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000041 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.18 Å / Num. obs: 24697 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9440.237635716000.9670.1380.2753.699.6
9.11-40.153.70.0318922410.9980.0180.03619.998.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EIM

6eim


解像度: 1.9→40.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.69 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.1605 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 1245 5 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
obs0.2013 23452 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.2 Å2 / Biso mean: 37.378 Å2 / Biso min: 22.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å2-1.44 Å2
2---1.08 Å2-0 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 40 164 2390
Biso mean--33.73 42.29 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.6343099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2431.5874843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0795286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.53823.46998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50915359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.58159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02442
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 94 -
Rwork0.237 1743 -
all-1837 -
obs--99.35 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.3533 Å / Origin y: -4.451 Å / Origin z: 12.5459 Å
111213212223313233
T0.0581 Å20.0028 Å20.0189 Å2-0.0129 Å20.0021 Å2--0.0152 Å2
L1.7463 °20.9128 °2-0.4711 °2-2.2712 °2-0.0592 °2--2.5498 °2
S0.1353 Å °-0.0481 Å °0.1399 Å °-0.1544 Å °-0.1169 Å °-0.0047 Å °-0.2656 Å °0.0915 Å °-0.0184 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る