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- PDB-7qfx: Crystal structure of Old Yellow Enzyme AnOYE8 from Aspergillus niger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfx
タイトルCrystal structure of Old Yellow Enzyme AnOYE8 from Aspergillus niger
要素NADH-dependent flavin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Old Yellow Enzyme / Ene-reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH-dependent flavin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Robescu, M.S. / Loprete, G. / Vascon, F. / Gasparotto, M. / Filippini, F. / Bergantino, E. / Cendron, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: The Family Keeps on Growing: Four Novel Fungal OYEs Characterized.
著者: Robescu, M.S. / Loprete, G. / Gasparotto, M. / Vascon, F. / Filippini, F. / Cendron, L. / Bergantino, E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NADH-dependent flavin oxidoreductase
C: NADH-dependent flavin oxidoreductase
E: NADH-dependent flavin oxidoreductase
G: NADH-dependent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,96813
ポリマ－183,6404
非ポリマー2,3289
水1,53185
1
B: NADH-dependent flavin oxidoreductase
C: NADH-dependent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9256
ポリマ－91,8202
非ポリマー1,1054
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
2
E: NADH-dependent flavin oxidoreductase
G: NADH-dependent flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0437
ポリマ－91,8202
非ポリマー1,2235
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area27500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.533, 65.388, 181.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
NADH-dependent flavin oxidoreductase


分子量: 45910.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: M747DRAFT_320366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A370CG11
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18 % w/v PEG 5000 MME, 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.98 Å / Num. obs: 43316 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 52.61 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4327 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LNJ

5lnj


解像度: 2.8→39.95 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 --RANDOM
Rwork0.2415 ---
obs-43315 95.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.91 Å2 / Biso mean: 72.6487 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12554 0 152 85 12791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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