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- PDB-7qfv: Crystal structure of KLK6 in complex with compound 17a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfv
タイトルCrystal structure of KLK6 in complex with compound 17a
要素
  • KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)
  • Kallikrein-6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / serine proteases
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / tissue regeneration / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / tissue regeneration / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / collagen catabolic process / myelination / secretory granule / central nervous system development / response to wounding / nuclear membrane / serine-type endopeptidase activity / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / Kallikrein-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Jagtap, P.K.A. / Zhang, L. / De Vita, E. / Tate, E.W. / Hennig, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: A KLK6 Activity-Based Probe Reveals a Role for KLK6 Activity in Pancreatic Cancer Cell Invasion.
著者: Zhang, L. / Lovell, S. / De Vita, E. / Jagtap, P.K.A. / Lucy, D. / Goya Grocin, A. / Kjaer, S. / Borg, A. / Hennig, J. / Miller, A.K. / Tate, E.W.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02024年1月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-6
B: Kallikrein-6
C: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)
D: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8144
ポリマ－50,8144
非ポリマー00
水6,557364
1
A: Kallikrein-6
C: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 25.4 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4072
ポリマ－25,4072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kallikrein-6
D: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)


  • 登録者が定義した集合体
  • 25.4 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4072
ポリマ－25,4072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.430, 40.080, 65.210
Angle α, β, γ (deg.)82.080, 84.950, 70.870
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme


分子量: 24417.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / プラスミド: pXLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Expi293F
参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: Polypeptide(D) KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Ser(Z)-Dht-Arg-DPP)


分子量: 989.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→64.52 Å / Num. obs: 49476 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.442 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.872 / Net I/σ(I): 7.75 / Num. measured all: 170314 / Scaling rejects: 115
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.56-1.63.3681.2131.0610095385829970.3431.43777.7
1.6-1.643.5920.9061.5812622371835140.5211.06694.5
1.64-1.693.5770.716212652371535370.6620.84395.2
1.69-1.743.5360.5362.612031355634020.7750.63295.7
1.74-1.83.5140.43.3411392338932420.8630.47295.7
1.8-1.863.4460.3064.211059334732090.9030.36395.9
1.86-1.933.2070.2535.269758324430430.9240.30593.8
1.93-2.013.0560.1756.39058310829640.9520.21395.4
2.01-2.13.2010.1537.578920293827870.9620.18494.9
2.1-2.23.6310.1199.319986283127500.9810.13997.1
2.2-2.323.5040.11210.389139271426080.9790.13396.1
2.32-2.463.6170.09211.428969254024800.9870.10897.6
2.46-2.633.5730.08512.338404240323520.9870.197.9
2.63-2.843.4560.08213.067604224922000.9870.09697.8
2.84-3.113.4460.07114.56936205320130.9890.08498.1
3.11-3.483.1930.06515.545764184018050.9880.07998.1
3.48-4.023.0410.06216.154795165715770.990.07695.2
4.02-4.923.6880.06118.995012137313590.9910.07199
4.92-6.963.7850.06419.013997106010560.9920.07499.6
6.96-64.523.6510.05919.4721215895810.9910.06998.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VFE

3vfe


解像度: 1.56→64.52 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 2470 5 %
Rwork0.1761 46943 -
obs0.1778 49413 95.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.55 Å2 / Biso mean: 22.8981 Å2 / Biso min: 9.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.56→64.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 118 364 3842
Biso mean--35.05 32.27 -
残基数----444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.56-1.590.34541270.30532411253888
1.59-1.620.32921370.27762589272695
1.62-1.660.45531370.32332610274795
1.66-1.70.34171340.30462542267695
1.7-1.740.31361380.26052628276696
1.74-1.790.28231360.22082579271596
1.79-1.840.24451380.1992633277196
1.84-1.90.23011370.19772602273995
1.9-1.970.27451340.21872527266194
1.97-2.050.21171370.18942616275396
2.05-2.140.21151370.16142607274495
2.14-2.250.19671370.16722633277096
2.25-2.390.21941410.16632670281197
2.39-2.580.19721380.16832632277098
2.58-2.840.21571400.16542661280198
2.84-3.250.17461420.1612695283798
3.25-4.090.17691370.13632608274596
4.09-64.520.15761430.14942700284399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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