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- PDB-7qft: Crystal structure of KLK6 in complex with compound 16a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qft
タイトルCrystal structure of KLK6 in complex with compound 16a
要素
  • KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)
  • Kallikrein-6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / serine proteases
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue regeneration / cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / collagen catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...tissue regeneration / cornified envelope / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of neuron projection development / regulation of cell differentiation / protein autoprocessing / collagen catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / intercellular bridge / myelination / secretory granule / protein maturation / central nervous system development / response to wounding / nuclear membrane / serine-type endopeptidase activity / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Jagtap, P.K.A. / Zhang, L. / De Vita, E. / Tate, E.W. / Hennig, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: A KLK6 Activity-Based Probe Reveals a Role for KLK6 Activity in Pancreatic Cancer Cell Invasion.
著者: Zhang, L. / Lovell, S. / De Vita, E. / Jagtap, P.K.A. / Lucy, D. / Goya Grocin, A. / Kjaer, S. / Borg, A. / Hennig, J. / Miller, A.K. / Tate, E.W.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 2.02024年1月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-6
B: Kallikrein-6
C: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)
D: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7664
ポリマ－50,7664
非ポリマー00
水7,927440
1
A: Kallikrein-6
D: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3832
ポリマ－25,3832
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kallikrein-6
C: KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3832
ポリマ－25,3832
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.370, 39.970, 65.070
Angle α, β, γ (deg.)81.900, 84.950, 70.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 16 through 25 or resid 27...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 16 through 25 or resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUTHRTHRAA16 - 251 - 10
d_12HISHISSERSERAA27 - 8312 - 66
d_13VALVALALAALAAA85 - 24468 - 222
d_14DPNDPNA1H2EA1H2EDD1 - 42 - 5
d_21LEULEUTHRTHRBB16 - 251 - 10
d_22HISHISSERSERBB27 - 8312 - 66
d_23VALVALALAALABB85 - 24468 - 222
d_24ACAACAA1H2EA1H2ECC1 - 51 - 5

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme


分子量: 24417.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / プラスミド: pXLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293F
参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド KLK6 Activity-Based Probe (Ahx-DPhe-Cha-Dht-Arg-DPP)


分子量: 965.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→64.36 Å / Num. obs: 57658 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.407 % / Biso Wilson estimate: 16.13 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.903 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 196458 / Scaling rejects: 132
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.47-1.513.1731.2141.311333448135720.361.45179.7
1.51-1.553.4470.8841.9214302440341490.5621.04694.2
1.55-1.63.4660.6442.5114159432140850.6890.76294.5
1.6-1.653.4730.4723.3313415406538630.790.55895
1.65-1.73.450.3683.9413144401838100.860.43594.8
1.7-1.763.3620.2824.8312593392137460.9180.33495.5
1.76-1.833.1010.2185.7211194376736100.9350.26495.8
1.83-1.93.1790.1717.0410893360134270.9610.20795.2
1.9-1.993.4110.1289.3111311347533160.9760.15395.4
1.99-2.083.570.10411.1511270328531570.9830.12296.1
2.08-2.23.6140.08912.6911043315130560.9880.10597
2.2-2.333.50.08413.7110090298028830.9890.09996.7
2.33-2.493.5370.07514.589662281027320.990.08997.2
2.49-2.693.4510.06915.538715260425250.990.08297
2.69-2.953.3810.06316.777895239423350.9920.07597.5
2.95-3.33.1070.05417.866437215220720.9920.06696.3
3.3-3.813.2180.05119.975902193518340.9930.06294.8
3.81-4.663.7310.0522.975839159215650.9950.05998.3
4.66-6.593.8140.0523.234771126412510.9870.05899
6.59-64.363.7160.04523.624906766700.9950.05399.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VFE

3vfe


解像度: 1.47→64.36 Å / SU ML: 0.2053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.3781
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2042 2881 5 %
Rwork0.1719 54762 -
obs0.1735 57643 94.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→64.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3365 0 109 440 3914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743582
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2374875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7667613
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.20597819608 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.47-1.50.51191010.43161942X-RAY DIFFRACTION71.94
1.5-1.520.38331380.30282608X-RAY DIFFRACTION93.34
1.52-1.550.28931360.26752593X-RAY DIFFRACTION94.33
1.55-1.580.27451360.24312572X-RAY DIFFRACTION94.42
1.58-1.610.24491390.2352649X-RAY DIFFRACTION95.15
1.61-1.650.24981360.23272585X-RAY DIFFRACTION94.54
1.65-1.690.29411400.22082656X-RAY DIFFRACTION95.23
1.69-1.730.25661380.21022618X-RAY DIFFRACTION95.13
1.73-1.780.21791370.18852607X-RAY DIFFRACTION95.61
1.78-1.830.22121400.17612672X-RAY DIFFRACTION95.91
1.83-1.890.20191380.17992607X-RAY DIFFRACTION95.05
1.89-1.960.21231370.17012602X-RAY DIFFRACTION94.97
1.96-2.030.22111410.16452677X-RAY DIFFRACTION96.54
2.03-2.130.21271400.16442662X-RAY DIFFRACTION96.12
2.13-2.240.2221390.16182656X-RAY DIFFRACTION96.81
2.24-2.380.20231420.16272695X-RAY DIFFRACTION97.12
2.38-2.560.23861400.16622654X-RAY DIFFRACTION97.12
2.56-2.820.17841400.16782683X-RAY DIFFRACTION97.28
2.82-3.230.16861410.16112675X-RAY DIFFRACTION97
3.23-4.070.15761380.13592626X-RAY DIFFRACTION95.47
4.07-64.360.16621440.15262723X-RAY DIFFRACTION98.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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