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万見
- PDB-7qfn: Human Topoisomerase II Beta ATPase ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qfn
タイトルHuman Topoisomerase II Beta ATPase ADP
要素DNA topoisomerase 2-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA Topoisomerase II Beta / Human / ATPase Domain / TOP2B
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding ...positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding / forebrain development / B cell differentiation / axonogenesis / neuron migration / cellular response to hydrogen peroxide / cellular senescence / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / : / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A ...DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / : / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA topoisomerase 2-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.621 Å
データ登録者Ling, E.M. / Basle, A. / Cowell, I.G. / Blower, T.R. / Austin, C.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: A comprehensive structural analysis of the ATPase domain of human DNA topoisomerase II beta bound to AMPPNP, ADP, and the bisdioxopiperazine, ICRF193.
著者: Ling, E.M. / Basle, A. / Cowell, I.G. / van den Berg, B. / Blower, T.R. / Austin, C.A.
履歴
登録2021年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年3月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_PDB_caveat / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.dist / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.R_factor_all / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free / _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work / _refine_ls_shell.wR_factor_R_work / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value
解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5825
ポリマ－45,9381
非ポリマー6444
水23413
1
A: DNA topoisomerase 2-beta
ヘテロ分子

A: DNA topoisomerase 2-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,16310
ポリマ－91,8762
非ポリマー1,2878
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.021, 103.021, 66.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-beta / DNA topoisomerase II / beta isozyme


分子量: 45937.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02880, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulphate, 0.1 M bis tris (pH 5.5), 25 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→89.22 Å / Num. obs: 12596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.62→2.74 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1513 / CC1/2: 0.78 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
DIALSデータ削減
xia2データ削減
MolProbityモデル構築
pointlessデータスケーリング
Cootモデル構築
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292119290

解像度: 2.621→89.219 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.236 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 32.249 / SU ML: 0.3 / Average fsc free: 0.9473 / Average fsc work: 0.9677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.673 / ESU R Free: 0.34 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 540 4.292 %
Rwork0.1993 12043 -
all0.202 --
obs-12583 99.929 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 60.189 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.796 Å20.898 Å20 Å2
2--1.796 Å2-0 Å2
3----5.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.621→89.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 38 13 2937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0122981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.6464024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6411.576419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2565357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.812511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25110549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.09910134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2060.22689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0940.21642
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0320.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1480.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3984.5741437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3964.5751436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2426.8461791
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.2436.8471792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2155.051544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1795.0441536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5767.3622233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5577.3532222
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.42455.3093335
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.42355.3023336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.621-2.6890.306460.3018650.3029130.9240.9399.78090.278
2.689-2.7620.354460.2798430.2838910.9190.94399.77550.263
2.762-2.8420.319130.2558620.2568760.9360.95699.88580.232
2.842-2.930.358390.2438170.2488570.8960.96199.88330.222
2.93-3.0260.368380.2337710.2388090.9340.9641000.21
3.026-3.1320.273460.2367490.2397950.9470.9641000.206
3.132-3.250.326250.2257290.2297540.9340.9661000.194
3.25-3.3820.307310.2127030.2167340.9280.971000.189
3.382-3.5320.211330.1856950.1867280.9660.9791000.165
3.532-3.7050.226230.176540.1726770.9680.9831000.153
3.705-3.9050.252240.1586190.1626430.9610.9851000.141
3.905-4.1410.222280.1555900.1586180.9710.9851000.137
4.141-4.4260.235210.145560.1435770.9720.9881000.13
4.426-4.780.182260.1525250.1545510.9810.9861000.142
4.78-5.2350.172210.1614730.1614940.980.9861000.153
5.235-5.850.278280.1834330.194630.9660.97999.5680.168
5.85-6.750.235190.2123920.2134110.9860.9731000.198
6.75-8.2550.313150.1943320.1983470.9510.9751000.189
8.255-11.6250.288100.2032700.2062800.9710.9741000.202
11.625-89.2190.25780.351650.3461740.980.93799.42530.353
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1147 Å / Origin y: 28.7573 Å / Origin z: 15.0194 Å
111213212223313233
T0.026 Å20.0169 Å20.0095 Å2-0.0611 Å20.0195 Å2--0.0424 Å2
L1.2156 °20.6744 °20.3695 °2-1.5242 °20.1786 °2--1.3959 °2
S0.0017 Å °0.0277 Å °0.1795 Å °-0.0513 Å °-0.0172 Å °0.1169 Å °-0.1433 Å °0.0543 Å °0.0155 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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