PDB-7qem: bacterial IMPDH chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qem

タイトル

bacterial IMPDH chimera

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nucleotide synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

C-rich single-stranded DNA binding / IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / GTP biosynthetic process / response to UV / single-stranded DNA binding / protein homotetramerization / protein-containing complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.09 Å

データ登録者

Labesse, G. / Gelin, M. / Gedeon, A. / Haouz, A. / Munier-Lehmann, H.

資金援助

フランス, 4件

組織	認可番号	国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)		フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)	ANR-10-INBS-0005	フランス
Pasteur Institute		フランス
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM)		フランス

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Insight into the role of the Bateman domain at the molecular and physiological levels through engineered IMP dehydrogenases.
著者: Gedeon, A. / Ayoub, N. / Brule, S. / Raynal, B. / Karimova, G. / Gelin, M. / Mechaly, A. / Haouz, A. / Labesse, G. / Munier-Lehmann, H.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / pdbx_audit_support / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Author supporting evidence / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qem.cif.gz	740.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qem.ent.gz	513.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qbjC 7qdxC 4dqwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

218 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
435 kDa, 8 ポリマー
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2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
435 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.320, 143.320, 119.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4
Space group name Hall	P4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 83 or resid 85...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 83 or resid 85...
d_3	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 83 or resid 85...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	2 - 83	22 - 103
d_1	2	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	85 - 300	105 - 320
d_1	3	CYS	CYS	TYR	TYR	A	A	304 - 376	324 - 396
d_1	4	ARG	ARG	SER	SER	A	A	379 - 383	399 - 403
d_1	5	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	420 - 463	440 - 483
d_2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	2 - 83	22 - 103
d_2	2	ARG	ARG	PRO	PRO	B	B	85 - 142	105 - 162
d_2	3	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	146 - 300	166 - 320
d_2	4	CYS	CYS	GLY	GLY	B	B	304 - 463	324 - 483
d_3	1	LEU	LEU	VAL	VAL	D	D	2 - 83	22 - 103
d_3	2	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	85 - 142	105 - 162
d_3	3	ASP	ASP	TYR	TYR	D	D	146 - 376	166 - 396
d_3	4	ARG	ARG	SER	SER	D	D	379 - 383	399 - 403
d_3	5	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	420 - 463	440 - 483

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.524650293548, 0.851312564853, 0.00299773319751), (0.850950267001, -0.524523978409, 0.0275361428795), (0.0250142473639, -0.0118959235801, -0.999616313608)	24.4570622933, -97.4963122077, -15.0493517233
2	given	(-0.209964249497, -0.977627753107, 0.0126091351136), (-0.976854497626, 0.209224190749, -0.044503128803), (0.0408693577277, -0.0216613563863, -0.998929667814)	16.3944128445, 12.1221066452, -77.5845132227

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / IMPD / IMPDH 分子量: 54030.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: guaB, guaR, b2508, JW5401, guaB, PA3770 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADG7, UniProt: Q9HXM5, IMP dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP 分子量: 348.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1%w/v Tryptone, 0.05 M HEPES 7 pH, 12%w/v PEG 3350, 0.001% w/V NaN3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.07→47.77 Å / Num. obs: 44463 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.415 / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.432 / Χ²: 1.2 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 3.07→3.15 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 2.788 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2450 / CC_1/2: 0.314 / R_pim(I) all: 0.832 / R_rim(I) all: 2.914 / Χ²: 1.03 / % possible all: 73.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DQW

4dqw

解像度: 3.09→47.77 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 560.92 / 位相誤差: 32.7564
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	2003	4.52 %
R_work	0.1991	42276	-
obs	0.2029	44279	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.09→47.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12036	0	83	17	12136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0108	12264
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.296	16556
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0632	1975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0121	2136
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.1562	1786

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.53141267729
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.38719222764

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.09-3.17	0.3857	139	0.294	2921	X-RAY DIFFRACTION	91.6
3.17-3.25	0.3356	141	0.2792	2996	X-RAY DIFFRACTION	95.47
3.25-3.35	0.3107	138	0.2728	3018	X-RAY DIFFRACTION	95.63
3.35-3.46	0.3721	143	0.2576	3003	X-RAY DIFFRACTION	95.45
3.46-3.58	0.3466	142	0.2403	3019	X-RAY DIFFRACTION	95.51
3.58-3.72	0.2557	141	0.2328	3020	X-RAY DIFFRACTION	95.54
3.72-3.89	0.2586	144	0.2083	3005	X-RAY DIFFRACTION	95.43
3.89-4.1	0.2155	140	0.1965	3028	X-RAY DIFFRACTION	95.58
4.1-4.35	0.2208	145	0.1839	3016	X-RAY DIFFRACTION	95.41
4.35-4.69	0.2146	145	0.1693	3021	X-RAY DIFFRACTION	95.42
4.69-5.16	0.1846	144	0.1728	3032	X-RAY DIFFRACTION	95.47
5.16-5.91	0.2386	144	0.1954	3031	X-RAY DIFFRACTION	95.46
5.91-7.44	0.2133	141	0.1862	3066	X-RAY DIFFRACTION	95.6
7.44-47.77	0.2136	152	0.17	3104	X-RAY DIFFRACTION	95.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.58031967325	-0.808846185201	0.303268585628	1.5239134643	-0.963032847312	0.913979713677	0.0205129924077	0.208099864818	0.0426491535008	-0.186870893361	-0.0604302793089	0.0115290435721	0.119935526366	0.0630226629222	0.0493989402382	0.476982876962	0.0161414877055	-0.0417356394142	0.390801807044	-0.0839894969621	0.890321800784	55.3325647658	-39.0395858288	-17.5701891002
2	4.95541291014	2.36813749285	1.9359619293	5.32984481735	1.52481642637	2.04895936233	-0.274686026973	0.634509058045	0.493343181936	-0.48420448623	0.102583587607	-0.162411834618	-1.01311973343	0.750496940486	0.220013111728	0.685765877078	0.146581951385	0.104586321678	0.796548021303	0.0411403928242	0.950162110415	42.0029789453	-12.3326040301	-44.1713616493
3	5.57106635348	3.03243350996	-0.236868708782	3.90512999767	-1.03191704809	9.07317581648	-0.0519956367663	0.135608691108	0.585072951535	0.039852411469	-0.00163870189634	0.204783925262	-0.771007195608	0.0440460894447	0.0551992191076	0.651190287081	0.0350161321526	-0.126304924865	0.504261983959	-0.0592068528102	0.945532683478	37.3272619023	-14.6108976726	-30.4176057935
4	3.49658357509	-2.38838762595	-0.627043860571	3.62351349576	-1.57556536475	2.01235998935	-0.0615952910311	-0.0304329167353	1.12745232259	-0.101814456572	-0.026529240615	-0.390214801962	-0.47618387604	0.15814084996	0.122395078616	0.55392361482	0.0131450450924	-0.0504504073941	0.352242193592	-0.0623445574706	1.04399822703	62.4081945328	-31.1307118971	-11.6259479323
5	6.214548008	1.64111752106	2.06320413177	3.78325862576	-0.97812905719	2.24216197555	0.0986980996636	-0.141497436192	-0.182033188279	-0.243447830066	-0.0942746344235	-0.204990673973	0.0428481540114	0.278632846	0.0686734200397	0.356718414788	0.0348529846888	-0.0206608858109	0.428340747676	0.0688161007116	0.777548766473	66.8657857619	-45.4244594388	-5.84380367738
6	3.17218179516	1.34499456501	-0.329028823716	5.44269425286	-2.74358879386	2.66488401815	-0.0991106208029	0.536015597614	-0.231493717902	-0.582280048243	-0.00567071021484	-0.00586666166766	0.435820753582	-0.0566853958691	0.0520216021126	0.39694103215	0.0163069226545	-0.0372495510481	0.493609495293	-0.151004154387	0.950593130371	55.1859321158	-51.9061444605	-19.1026488073
7	2.73392119898	-1.30308107829	0.255229200501	2.84880455305	-0.222676068441	1.52683395245	-0.230757359746	-0.310437358439	-0.301995991981	0.42578659586	0.123037509764	-0.231345821783	0.14829692515	0.379243638258	0.101450790739	0.49225689355	0.0681089168333	-0.0188603004127	0.554680015041	0.0521396803308	0.634145705408	18.7068649652	-27.1966635566	2.73056074353
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 105 )	A	A	2 - 105	1 - 104
2	2	chain 'A' and (resid 106 through 127 )	A	A	106 - 127	105 - 126
3	3	chain 'A' and (resid 128 through 202 )	A	A	128 - 202	127 - 198
4	4	chain 'A' and (resid 203 through 266 )	A	A	203 - 266	199 - 262
5	5	chain 'A' and (resid 267 through 342 )	A	A	267 - 342	263 - 338
6	6	chain 'A' and (resid 343 through 463 )	A	A	343 - 463	339 - 425
7	7	chain 'B' and (resid -1 through 97 )	B	B	-1 - 97	1 - 99
8	8	chain 'B' and (resid 98 through 127 )	B	B	98 - 127	100 - 129
9	9	chain 'B' and (resid 128 through 166 )	B	B	128 - 166	130 - 168
10	10	chain 'B' and (resid 167 through 211 )	B	B	167 - 211	169 - 213
11	11	chain 'B' and (resid 212 through 464 )	B	B	212 - 464	214 - 428
12	12	chain 'C' and (resid 1 through 115 )	C	C	1 - 115	1 - 101
13	13	chain 'C' and (resid 116 through 217 )	C	C	116 - 217	102 - 137
14	14	chain 'C' and (resid 218 through 266 )	C	C	218 - 266	138 - 186
15	15	chain 'C' and (resid 267 through 326 )	C	C	267 - 326	187 - 243
16	16	chain 'C' and (resid 327 through 464 )	C	C	327 - 464	244 - 344
17	17	chain 'D' and (resid 1 through 105 )	D	D	1 - 105	1 - 105
18	18	chain 'D' and (resid 106 through 202 )	D	D	106 - 202	106 - 202
19	19	chain 'D' and (resid 203 through 342 )	D	D	203 - 342	203 - 339
20	20	chain 'D' and (resid 343 through 464 )	D	D	343 - 464	340 - 426

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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