PDB-7qel: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qel

タイトル

Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH011247

要素

N-glycosylase/DNA lyase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / glycosylase

機能・相同性

機能・相同性情報

Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / DNA N-glycosylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Davies, J.R. / Scaletti, E.R. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH011247
著者: Davies, J.R. / Scaletti, E.R. / Stenmark, P.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qel.cif.gz	198.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qel.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qel_validation.pdf.gz	587.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qel_full_validation.pdf.gz	590.8 KB	表示
XML形式データ	7qel_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7qel_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g40S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-glycosylase/DNA lyase

BBB: N-glycosylase/DNA lyase

CCC: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
36.1 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: N-glycosylase/DNA lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.350, 81.397, 168.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-glycosylase/DNA lyase 分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物	ChemComp-AUS / (2~{R})-~{N}-(4,5,6,7-tetrahydro-1,2-benzoxazol-3-yl)spiro[2.3]hexane-2-carboxamide 分子量: 246.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₈N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.09M Halogens 0.1M Buffer System 1 pH 6.5 30.0%v/v GOL_P4K (Morpheus Screen, Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40.732 Å / Num. obs: 39517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4392 / CC_1/2: 0.637

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6G40

6g40

解像度: 2.5→40.732 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 12.954 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.331 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2946	1906	4.831 %
R_work	0.2518	37546	-
all	0.254	-	-
obs	-	39452	99.954 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.654 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.223 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.569 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7148	0	55	121	7324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	7425
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6752
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.645	10154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	1.584	15432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.66	5	923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.463	21.037	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.78	15	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.836	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	937
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.159	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	6116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.066	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.063	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.152	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.072	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.2	6.3	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.2	6.299	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.189	9.441	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.189	9.442	4630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.761	6.185	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.76	6.186	3713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.452	9.278	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.452	9.279	5511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.947	71.734	8075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.941	71.738	8070

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.371	148	0.329	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.9652
2.565-2.635	0.343	117	0.313	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.711	0.384	127	0.321	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.795	0.349	149	0.307	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.886	0.353	148	0.298	2399	X-RAY DIFFRACTION	100
2.886-2.988	0.366	136	0.29	2333	X-RAY DIFFRACTION	99.9595
2.988-3.1	0.317	118	0.287	2298	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.227	0.345	120	0.282	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.37	0.323	111	0.28	2117	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.534	0.287	81	0.255	2062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.534-3.725	0.245	84	0.232	1951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.725-3.95	0.264	105	0.231	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.222	0.263	88	0.225	1728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.222-4.56	0.234	75	0.22	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.56-4.993	0.237	88	0.217	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
4.993-5.58	0.271	77	0.24	1361	X-RAY DIFFRACTION	99.9305
5.58-6.439	0.285	52	0.251	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
6.439-7.875	0.349	33	0.234	1060	X-RAY DIFFRACTION	100
7.875-11.088	0.262	24	0.196	845	X-RAY DIFFRACTION	100
11.088-40.732	0.349	25	0.273	495	X-RAY DIFFRACTION	97.1963

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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