PDB-7qe9: Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qe9

タイトル

Human cationic trypsin (TRY1) complexed with serine protease inhibitor Kazal type 1 N34S (SPINK1 N34S)

要素

Serine protease inhibitor Kazal-type 1
Trypsin-1

キーワード

HYDROLASE / TRY1 / SPINK1 / serine protease / protease-inhibitor complex / catalytic triad

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Uptake of dietary cobalamins into enterocytes / regulation of acrosome reaction / positive regulation of pancreatic juice secretion / regulation of store-operated calcium entry / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of calcium ion import / cellular response to peptide hormone stimulus / sperm capacitation / endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Nagel, F. / Palm, G.J. / Delcea, M. / Lammers, M.

資金援助

European Union, 2件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural and Biophysical Insights into SPINK1 Bound to Human Cationic Trypsin.
著者: Nagel, F. / Palm, G.J. / Geist, N. / McDonnell, T.C.R. / Susemihl, A. / Girbardt, B. / Mayerle, J. / Lerch, M.M. / Lammers, M. / Delcea, M.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qe9.cif.gz	394.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qe9.ent.gz	316.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qe9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qe9_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qe9_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	7qe9_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	7qe9_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qe8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Trypsin-1

B: Trypsin-1

D: Serine protease inhibitor Kazal-type 1

C: Serine protease inhibitor Kazal-type 1

ヘテロ分子

62.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trypsin-1

C: Serine protease inhibitor Kazal-type 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Trypsin-1

D: Serine protease inhibitor Kazal-type 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.555, 76.555, 189.719
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Trypsin-1 / Beta-trypsin / Cationic trypsinogen / Serine protease 1 / Trypsin I 分子量: 24121.201 Da / 分子数: 2 / 変異: S200A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS1, TRP1, TRY1, TRYP1 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07477, trypsin
#2: タンパク質	Serine protease inhibitor Kazal-type 1 / Pancreatic secretory trypsin inhibitor / Tumor-associated trypsin inhibitor / TATI 分子量: 6714.578 Da / 分子数: 2 / 変異: N34S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPINK1, PSTI / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00995
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1 uL protein solution (20 mg/mL in 20 mM Hepes pH 7.4, 150 mM NaCl) + 1 uL well solution (15% PEG 4000, 0.3 M AS), cryo: 15% PEG 4000, 0.3 M AS, 8% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日 / 詳細: DCM Si(111)
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 38593 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.179 / R_sym value: 0.174 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 19.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 6081 / CC_1/2: 0.411 / R_rim(I) all: 3.256 / R_sym value: 3.172 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	VERSION Feb 5, 2021	データ削減
XDS	VERSION Feb 5, 2021	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TRN_A, 1CGI_I

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 12.904 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2336	1899	4.93 %
R_work	0.1927	36619	-
all	0.195	-	-
obs	-	38518	99.974 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.032 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.174 Å²	0.087 Å²	-0 Å²
2-	-	0.174 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4241	0	20	231	4492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.641	5943
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.354	1.582	9307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.786	5	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.453	23.932	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.006	15	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.506	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.889	3.252	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.889	3.252	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.727	4.875	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.727	4.875	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.548	3.532	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.52	3.522	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.804	5.192	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.759	5.178	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.422	39.64	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.402	39.354	4829

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.154	0.417	134	0.328	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.9643
2.154-2.213	0.345	115	0.303	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.213-2.277	0.241	153	0.282	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.277-2.347	0.329	135	0.255	2442	X-RAY DIFFRACTION	99.9612
2.347-2.424	0.284	143	0.224	2337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.424-2.509	0.239	117	0.21	2336	X-RAY DIFFRACTION	99.9593
2.509-2.603	0.236	100	0.199	2231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.603-2.709	0.27	114	0.192	2153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.709-2.83	0.253	111	0.203	2086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.967	0.263	92	0.191	1970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.127	0.247	102	0.194	1877	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.316	0.22	72	0.215	1838	X-RAY DIFFRACTION	100
3.316-3.544	0.255	92	0.202	1662	X-RAY DIFFRACTION	99.943
3.544-3.826	0.229	87	0.167	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.826-4.189	0.211	68	0.147	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.189-4.679	0.173	85	0.134	1320	X-RAY DIFFRACTION	100
4.679-5.395	0.161	68	0.14	1186	X-RAY DIFFRACTION	100
5.395-6.589	0.288	53	0.182	1022	X-RAY DIFFRACTION	100
6.589-9.238	0.172	36	0.188	822	X-RAY DIFFRACTION	100
9.238-50	0.269	22	0.277	508	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5755	0.689	0.2405	1.6262	0.4415	2.382	0.0208	0.1695	-0.1351	-0.0453	-0.0307	0.0195	0.1955	-0.001	0.0099	0.0968	0.016	-0.0065	0.1017	-0.0113	0.0095	-15.429	11.7948	5.6317
2	2.9102	0.6882	-0.2009	1.7735	0.057	2.9438	0.0697	0.0013	-0.0648	0.1472	-0.0496	-0.3111	-0.2233	0.4866	-0.0201	0.1491	-0.0539	-0.0062	0.2197	0.0108	0.0589	13.5869	29.0061	24.0259
3	2.391	-0.0513	1.784	5.311	-2.4773	7.3711	0.104	0.2835	0.5466	-0.1958	-0.1438	-0.2415	-0.5267	0.5662	0.0398	0.3363	-0.0762	0.0959	0.3009	0.034	0.2851	17.559	44.6134	8.1575
4	6.1401	-0.3086	2.9408	0.6301	0.1716	3.0075	0.0468	0.3657	0.518	-0.1596	-0.0088	-0.0492	-0.2851	0.0164	-0.038	0.2017	-0.0001	0.0117	0.1588	0.0068	0.1466	-36.4115	13.7209	-6.2302

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	24 - 247
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	24 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	D	26 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	C	20 - 79

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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