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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qe4 | ||||||
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タイトル | B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc | ||||||
![]() | Sarol-1 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / GalNAc / b-trefoil / pore forming lectin | ||||||
機能・相同性 | : / Ricin B-like lectins / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Notova, S. / Varrot, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3. 著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7qe3SC ![]() 7r55C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 5 - 326 / Label seq-ID: 26 - 347
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB
#1: タンパク質 | 分子量: 38930.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 8分子 ![](data/chem/img/A2G.gif)
![](data/chem/img/NGA.gif)
![](data/chem/img/NGA.gif)
#2: 糖 | ChemComp-A2G / #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 980分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: rock |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM AA Morpheus I, 25 % PEG SMEAR MEDIUM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月13日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980107 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→45.19 Å / Num. obs: 79471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 14.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | Num. unique obs: 79471 / Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7QE3 解像度: 1.7→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.06 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.28 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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