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- PDB-7qe4: B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qe4
タイトルB-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc
要素Sarol-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / GalNAc / b-trefoil / pore forming lectin
機能・相同性Ricin B-like lectins / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Salpingoeca rosetta (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Notova, S. / Varrot, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission814029European Union
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3.
著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Sarol-1
BBB: Sarol-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,71213
ポリマ－77,8612
非ポリマー1,85111
水17,601977
1
AAA: Sarol-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8516
ポリマ－38,9301
非ポリマー9205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Sarol-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8617
ポリマ－38,9301
非ポリマー9316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.158, 59.254, 209.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 5 - 326 / Label seq-ID: 26 - 347

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 Sarol-1


分子量: 38930.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UID9

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糖 , 2種, 8分子

#2: 糖
ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 980分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 977 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: rock
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM AA Morpheus I, 25 % PEG SMEAR MEDIUM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.980107 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980107 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.19 Å / Num. obs: 79471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Num. unique obs: 79471 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9-45.197.10.0390.9970.0210.045
1.7-1.738.30.6160.890.3390.705

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless1.12.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QE3

7qe3


解像度: 1.7→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.06 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 3914 4.931 %
Rwork0.1688 75465 -
all0.171 --
obs-79379 99.963 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.143 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.285 Å20 Å20 Å2
2---0.214 Å20 Å2
3----1.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→44.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 0 123 977 6107
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.6627386
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3691.58111435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0325682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24721.418275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9815851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0541535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.24414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.22491
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.22482
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0980.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1220.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2260.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1840.278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1831.8292662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1771.8292661
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7662.743348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7662.7413349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8232.0232742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8232.0232743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8262.9584032
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8252.9584033
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.50522.7485796
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.20421.6915553
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1280.059737
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.127920.05008
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.127920.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.7440.282910.2395560X-RAY DIFFRACTION99.9658
1.744-1.7920.2692710.2135362X-RAY DIFFRACTION100
1.792-1.8440.2232430.1945235X-RAY DIFFRACTION99.9818
1.844-1.9010.2172760.1775042X-RAY DIFFRACTION99.9624
1.901-1.9630.2182960.1694912X-RAY DIFFRACTION99.9808
1.963-2.0320.1932430.1624761X-RAY DIFFRACTION100
2.032-2.1090.1952330.1594618X-RAY DIFFRACTION100
2.109-2.1950.2142440.1634441X-RAY DIFFRACTION99.9573
2.195-2.2920.2052170.1594284X-RAY DIFFRACTION100
2.292-2.4040.2132050.1624050X-RAY DIFFRACTION99.9765
2.404-2.5340.2052180.1633879X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.6880.222040.1723698X-RAY DIFFRACTION99.9488
2.688-2.8730.1721840.1553469X-RAY DIFFRACTION100
2.873-3.1040.2071580.1663252X-RAY DIFFRACTION99.9707
3.104-3.40.1961670.1623006X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.8010.1791150.1632748X-RAY DIFFRACTION99.8953
3.801-4.3890.1831010.152470X-RAY DIFFRACTION99.9611
4.389-5.3740.1911140.1492072X-RAY DIFFRACTION99.9543
5.374-7.5980.227880.2051639X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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