PDB-7qe3: Se-M variant of B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qe3

タイトル

Se-M variant of B-trefoil lectin from Salpingoeca rosetta in complex with GalNAc

要素

Sarol-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / GalNAc / b-trefoil / pore forming lectin

機能・相同性

Ricin B-like lectins / (2S)-hexane-1,2,6-triol / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Notova, S. / Varrot, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The choanoflagellate pore-forming lectin SaroL-1 punches holes in cancer cells by targeting the tumor-related glycosphingolipid Gb3.
著者: Notova, S. / Bonnardel, F. / Rosato, F. / Siukstaite, L. / Schwaiger, J. / Lim, J.H. / Bovin, N. / Varrot, A. / Ogawa, Y. / Romer, W. / Lisacek, F. / Imberty, A.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qe3.cif.gz	161.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qe3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qe3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qe3_validation.pdf.gz	833.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qe3_full_validation.pdf.gz	843.5 KB	表示
XML形式データ	7qe3_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	7qe3_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qe/7qe3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qe4C 7r55C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sarol-1

BBB: Sarol-1

ヘテロ分子

79.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Sarol-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
39.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Sarol-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.990, 58.579, 166.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.682, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AAABBB

#1: タンパク質

Sarol-1

分子量: 39211.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Salpingoeca rosetta (真核生物) / 株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_08235 / プラスミド: pET28aTev / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UID9

#2: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 458分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-1JW / (2S)-hexane-1,2,6-triol / (-)-1,2,6-Hexanetriol / 6999990 分子量: 134.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.03 % / 解説: plate
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MOPSO, Bis-Tris pH 6.5, 100 mM AA (Arg, Thr, Lys, His), 45 % precipitant mix 6 Morpheus II-2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月3日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→39.775 Å / Num. obs: 44177 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 3794 / CC_1/2: 0.852 / R_pim(I) all: 0.383 / R_rim(I) all: 0.634 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	1.12.2	データスケーリング
XDS		データ削減
SHELX		モデル構築
SHELX		位相決定
CRANK2		位相決定
BUCCANEER	1.6.10	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→39.775 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / WR_factor R_free: 0.224 / WR_factor R_work: 0.179 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.134 / Average fsc free: 0.9146 / Average fsc work: 0.9327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.189 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2312	2095	4.749 %
R_work	0.1824	42022	-
all	0.185	-	-
obs	-	44117	99.403 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.486 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	0 Å²	1.775 Å²
2-	-	-1.792 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.708 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4983	0	71	450	5504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5225
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.92	1.659	7102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.372	1.578	11051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.891	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.464	21.885	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.667	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.772	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	749
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	4258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.596	3.128	2615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.595	3.127	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.201	4.674	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.201	4.675	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.538	3.535	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.537	3.536	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.803	5.123	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.802	5.124	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.53	35.42	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.525	35.261	5201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.334	162	0.263	3111	0.266	3307	0.852	0.873	98.9719	0.248
2.257-2.319	0.318	140	0.243	2953	0.247	3123	0.849	0.884	99.0394	0.229
2.319-2.386	0.249	127	0.21	2968	0.211	3118	0.904	0.912	99.2623	0.196
2.386-2.459	0.28	134	0.21	2826	0.214	2986	0.89	0.913	99.1293	0.197
2.459-2.539	0.262	130	0.186	2729	0.189	2882	0.898	0.923	99.2019	0.174
2.539-2.628	0.232	133	0.17	2677	0.173	2828	0.911	0.933	99.3635	0.157
2.628-2.727	0.251	118	0.167	2550	0.171	2685	0.907	0.935	99.3669	0.157
2.727-2.837	0.25	124	0.161	2502	0.165	2640	0.915	0.945	99.4697	0.152
2.837-2.963	0.231	139	0.162	2334	0.166	2482	0.929	0.946	99.6374	0.155
2.963-3.107	0.234	81	0.168	2291	0.171	2384	0.922	0.948	99.4966	0.162
3.107-3.273	0.252	105	0.183	2194	0.186	2307	0.918	0.947	99.6532	0.177
3.273-3.471	0.23	108	0.196	2076	0.198	2194	0.938	0.942	99.5442	0.192
3.471-3.708	0.218	130	0.178	1892	0.181	2027	0.948	0.961	99.7533	0.178
3.708-4.002	0.218	88	0.167	1785	0.169	1878	0.953	0.962	99.7338	0.168
4.002-4.38	0.149	92	0.134	1664	0.135	1759	0.972	0.973	99.8294	0.139
4.38-4.89	0.15	66	0.126	1545	0.127	1613	0.973	0.978	99.876	0.133
4.89-5.632	0.214	88	0.177	1339	0.179	1429	0.958	0.965	99.86	0.183
5.632-6.863	0.257	47	0.226	1129	0.227	1179	0.933	0.948	99.7455	0.23
6.863-9.565	0.233	40	0.243	933	0.242	973	0.928	0.946	100	0.252
9.565-39.775	0.322	43	0.279	524	0.282	578	0.91	0.927	98.0969	0.296

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関連情報:EMDBヘッダ

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