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- PDB-7qdp: Crystal structure of FLT3 T343I in complex with the canonical lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdp
タイトルCrystal structure of FLT3 T343I in complex with the canonical ligand FL
要素
  • Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
  • Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Activation complex / Complex / Receptor Tyrosine Kinase / RTK-III
機能・相同性
機能・相同性情報


FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants ...FLT3 mutants bind TKIs / KW2449-resistant FLT3 mutants / semaxanib-resistant FLT3 mutants / crenolanib-resistant FLT3 mutants / gilteritinib-resistant FLT3 mutants / lestaurtinib-resistant FLT3 mutants / midostaurin-resistant FLT3 mutants / pexidartinib-resistant FLT3 mutants / ponatinib-resistant FLT3 mutants / quizartinib-resistant FLT3 mutants / sorafenib-resistant FLT3 mutants / sunitinib-resistant FLT3 mutants / tandutinib-resistant FLT3 mutants / linifanib-resistant FLT3 mutants / tamatinib-resistant FLT3 mutants / leukocyte homeostasis / lymphocyte proliferation / pro-B cell differentiation / common myeloid progenitor cell proliferation / dendritic cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / STAT5 Activation / nuclear glucocorticoid receptor binding / myeloid progenitor cell differentiation / FLT3 signaling through SRC family kinases / cellular response to glucocorticoid stimulus / embryonic hemopoiesis / cytokine receptor activity / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / growth factor binding / cellular response to cytokine stimulus / hemopoiesis / PI3K Cascade / animal organ regeneration / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / FLT3 signaling by CBL mutants / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / response to organonitrogen compound / Negative regulation of FLT3 / FLT3 Signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / B cell differentiation / cytokine activity / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / : / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / regulation of apoptotic process / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / endosome membrane / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flt3 ligand / flt3 ligand / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Flt3 ligand / flt3 ligand / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Four-helical cytokine-like, core / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.691 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FLT3 T343I in complex with the canonical ligand FL
著者: Pannecoucke, E. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
B: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
C: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
D: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
E: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
F: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
G: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
H: Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,22514
ポリマ－332,3298
非ポリマー1,8966
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area110410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.428, 113.377, 123.225
Angle α, β, γ (deg.)105.37, 109.47, 108.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Fms-related tyrosine kinase 3 ligand / Flt3 ligand / Flt3L / SL cytokine


分子量: 17762.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3LG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49771
#2: タンパク質
Receptor-type tyrosine-protein kinase FLT3 / FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem ...FL cytokine receptor / Fetal liver kinase-2 / FLK-2 / Fms-like tyrosine kinase 3 / FLT-3 / Stem cell tyrosine kinase 1 / STK-1


分子量: 65319.879 Da / 分子数: 4 / Mutation: T343I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3, CD135, FLK2, STK1 / プラスミド: pcDNA4/TO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Human embryonic kidney 293 / Variant (発現宿主): MGAT-/- TR+ / 参照: UniProt: P36888, receptor protein-tyrosine kinase
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 15 % PEG 3350 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.691→48.58 Å / Num. obs: 45955 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 1.84 % / Biso Wilson estimate: 144.26 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 4.71
反射 シェル解像度: 3.691→3.822 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 7248 / CC1/2: 0.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QS7

3qs7


解像度: 3.691→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.535
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2765 2298 -RANDOM
Rwork0.2571 ---
obs0.258 45945 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 237.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8593 Å215.3228 Å224.2865 Å2
2---19.4159 Å215.3597 Å2
3---22.2752 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.691→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13362 0 123 0 13485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00713825HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9919007HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4019SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2393HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13825HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2068SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8497SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.93
LS精密化 シェル解像度: 3.691→3.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 46 -
Rwork0.2333 --
obs--69.95 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1247-2.12892.47046.72961.04717.89620.3873-0.3255-0.1556-0.3255-0.1848-0.0124-0.1556-0.0124-0.2024-0.3002-0.21110.136-0.0168-0.0979-0.35968.6283-5.448742.4022
23.65491.4214-1.23116.45050.06955.7528-0.1278-0.0427-0.3452-0.04270.1791-0.1974-0.3452-0.1974-0.05130.002-0.09150.0558-0.0329-0.0993-0.4718-10.574124.262158.2821
310.88411.2088-0.62698.11250.87595.3213-0.00020.7477-0.55210.74770.01850.0121-0.55210.0121-0.0183-0.1472-0.05980.14660.0955-0.0105-0.2368-32.12864.777562.0021
45.90130.22030.52737.4631-0.116412.83490.0749-0.0291-0.5778-0.0291-0.41030.3075-0.57780.30750.33530.0567-0.01360.0472-0.31580.0345-0.3581-14.68297.88129.2389
53.7140.27950.80852.1312-3.220111.45190.141.08-0.47441.08-0.4242-0.1272-0.4744-0.12720.28420.1123-0.21470.01310.09420.03230.005235.0617-16.735289.8543
614.59-2.36973.76753.2978-0.61543.7692-0.07380.6270.44970.627-0.0250.38750.44970.38750.09880.0754-0.13210.16090.1468-0.0982-0.293220.839920.585198.5097
72.7871.50270.9525.682.84323.53750.1281-0.25570.8976-0.2557-0.0617-0.18480.8976-0.1848-0.06640.1233-0.09890.11490.220.24-0.0484-59.376-42.521246.9908
811.4664.2518-4.11197.5184-0.572810.3381-0.22250.01450.77840.01450.106-0.56510.7784-0.56510.1164-0.24240.08080.14910.0356-0.1385-0.448-39.2894-27.0228.0357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-10 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B0 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E164 - 531
6X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E535
7X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F74 - 526
8X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F535 - 539
9X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G164 - 531
10X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H156 - 502
11X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H535 - 537

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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