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- PDB-7qdk: A trimeric de novo coiled-coil assembly: CC-TypeN-LaLd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdk
タイトルA trimeric de novo coiled-coil assembly: CC-TypeN-LaLd
要素CC-TypeN-LaLd
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha-helical / LL core
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Kumar, P. / Paterson, N.G. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00661X/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: De novo design of discrete, stable 3 10 -helix peptide assemblies.
著者: Kumar, P. / Paterson, N.G. / Clayden, J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-TypeN-LaLd
B: CC-TypeN-LaLd
C: CC-TypeN-LaLd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2778
ポリマ－9,9983
非ポリマー2795
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area6810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.220, 22.220, 128.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 30
2010B1 - 30
1020A1 - 30
2020C1 - 30
1030B1 - 30
2030C1 - 30

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CC-TypeN-LaLd


分子量: 3332.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.12 M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol),0.1 M (Imidazole; MES monohydrate (acid)), 37.5 % v/v (25% v/v ...詳細: 0.12 M (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol; 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol),0.1 M (Imidazole; MES monohydrate (acid)), 37.5 % v/v (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) at pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→21.39 Å / Num. obs: 13714 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 683 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.41→19.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.42 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1765 660 4.8 %RANDOM
Rwork0.1388 ---
obs0.1404 12996 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.45 Å2 / Biso mean: 20.276 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å2-0.17 Å2-0 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→19.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数686 0 17 91 794
Biso mean--36.36 34.1 -
残基数----96
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.013725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2971.623972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.41.5751719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.796590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.42225.425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92115131
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02134
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.37931478
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A7450.18
12B7450.18
21A7650.19
22C7650.19
31B7940.19
32C7940.19
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.447 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 60 -
Rwork0.183 929 -
all-989 -
obs--98.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4911-0.4202-4.12020.32750.76578.1670.098-0.0728-0.0058-0.0649-0.0561-0.0399-0.18650.2055-0.04180.0660.0034-0.00120.03020.00680.0135-2.05933.63999.5226
20.04380.04570.26870.5631.42019.0444-0.01010.04240.0117-0.0083-0.0290.02080.036-0.01870.03910.0345-0.0027-0.00290.05670.01160.0038-2.87512.98079.2204
30.54820.1775-1.14530.7829-2.11768.1654-0.00370.0554-0.09440.01140.018-0.0244-0.02580.0328-0.01420.0357-0.002-0.00430.0437-0.01590.04795.74299.585110.9844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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