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- PDB-7qdi: Structure of octameric left-handed 310-helix bundle: D-310HD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdi
タイトルStructure of octameric left-handed 310-helix bundle: D-310HD
要素D-310HD
キーワードDE NOVO PROTEIN / octamer / 310-helix / LL core
機能・相同性BORIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-PG6 / TRIETHYLENE GLYCOL / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kumar, P. / Paterson, N.G. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R00661X/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: De novo design of discrete, stable 3 10 -helix peptide assemblies.
著者: Kumar, P. / Paterson, N.G. / Clayden, J. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-310HD
B: D-310HD
C: D-310HD
D: D-310HD
E: D-310HD
F: D-310HD
G: D-310HD
H: D-310HD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,05940
ポリマ－27,0488
非ポリマー3,01132
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.238, 44.976, 194.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18B
28C
19B
29D
110B
210E
111B
211F
112B
212G
113B
213H
114C
214D
115C
215E
116C
216F
117C
217G
118C
218H
119D
219E
120D
220F
121D
221G
122D
222H
123E
223F
124E
224G
125E
225H
126F
226G
127F
227H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A2 - 30
2010B2 - 30
1020A1 - 29
2020C1 - 29
1030A2 - 29
2030D2 - 29
1040A1 - 29
2040E1 - 29
1050A2 - 29
2050F2 - 29
1060A1 - 29
2060G1 - 29
1070A2 - 29
2070H2 - 29
1080B2 - 29
2080C2 - 29
1090B2 - 29
2090D2 - 29
10100B2 - 29
20100E2 - 29
10110B2 - 29
20110F2 - 29
10120B2 - 29
20120G2 - 29
10130B2 - 29
20130H2 - 29
10140C2 - 29
20140D2 - 29
10150C1 - 30
20150E1 - 30
10160C2 - 29
20160F2 - 29
10170C1 - 30
20170G1 - 30
10180C2 - 29
20180H2 - 29
10190D2 - 29
20190E2 - 29
10200D2 - 30
20200F2 - 30
10210D2 - 29
20210G2 - 29
10220D2 - 30
20220H2 - 30
10230E2 - 29
20230F2 - 29
10240E1 - 30
20240G1 - 30
10250E2 - 29
20250H2 - 29
10260F2 - 29
20260G2 - 29
10270F2 - 30
20270H2 - 30

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27

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要素

-
Polypeptide(D) , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: Polypeptide(D)
D-310HD


分子量: 3380.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A 310-helix comprising mostly D-amino acids / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 9種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#8: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#9: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M (Sodium malonate dibasic monohydrate, Imidazole, Boric acid), 25% w/v PEG 1500 at pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9204 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→29.59 Å / Num. obs: 12818 / % possible obs: 97.13 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 42.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1138 / Rpim(I) all: 0.03584 / Rrim(I) all: 0.1196 / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル解像度: 2.34→2.425 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 1.062 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 1056 / CC1/2: 0.824 / CC star: 0.951 / Rpim(I) all: 0.3265 / % possible all: 83.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.34→29.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 15.647 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 594 4.7 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.191 12063 97.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.58 Å2 / Biso mean: 49.263 Å2 / Biso min: 26.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→29.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1808 0 194 68 2070
Biso mean--73.33 62.55 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0141970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0162355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.7312699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1491.6215278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3515230
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02254
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A7010.14
12B7010.14
21A6950.12
22C6950.12
31A6760.14
32D6760.14
41A7050.11
42E7050.11
51A6660.14
52F6660.14
61A7050.1
62G7050.1
71A6660.17
72H6660.17
81B6730.14
82C6730.14
91B7110.09
92D7110.09
101B6770.15
102E6770.15
111B7040.12
112F7040.12
121B6810.14
122G6810.14
131B6960.15
132H6960.15
141C6730.14
142D6730.14
151C7280.1
152E7280.1
161C6670.14
162F6670.14
171C7300.13
172G7300.13
181C6640.16
182H6640.16
191D6750.13
192E6750.13
201D7320.11
202F7320.11
211D6780.12
212G6780.12
221D7170.16
222H7170.16
231E6750.13
232F6750.13
241E7310.12
242G7310.12
251E6750.17
252H6750.17
261F6750.14
262G6750.14
271F7130.15
272H7130.15
LS精密化 シェル解像度: 2.342→2.402 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 35 -
Rwork0.282 700 -
all-735 -
obs--78.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2685-0.87771.99592.3968-4.11949.8005-0.02350.04590.0301-0.17090.0105-0.01490.0836-0.21760.0130.03380.00420.01220.0354-0.02180.0535-7.68232.6738126.8147
21.352-0.10262.70571.2983-1.258310.64650.08270.11810.0091-0.1021-0.07520.04450.2556-0.0333-0.00750.01760.00920.01540.0437-0.01360.066-1.88623.1377124.5217
31.54060.66552.88881.80172.704310.70830.06140.16840.01610.0385-0.031-0.0150.3750.0481-0.03040.0206-0.00340.00830.03370.01150.0495.21213.8207127.1794
41.20970.06390.11272.18593.099210.3226-0.17890.10930.0542-0.1148-0.02710.09740.06250.25090.2060.0403-0.0038-0.01070.03680.03590.07555.10249.7506124.4779
52.064-1.3817-2.45912.48463.14077.0703-0.019-0.0174-0.0332-0.10760.0039-0.0323-0.12430.27010.01510.0109-0.0056-0.00440.03520.03050.07284.819317.5605127.1308
62.4759-0.5602-3.99631.87391.040210.31510.09060.13870.0559-0.101-0.0534-0.0597-0.2831-0.003-0.03720.03250.0022-0.03880.0216-0.00020.0838-1.02217.1649124.3065
72.28751.1957-3.54461.8967-2.97438.68360.11640.12340.0597-0.02760.03720.0575-0.23550.0024-0.15360.02550.0033-0.01420.0256-0.0180.0611-8.266416.4892126.4795
81.3830.6158-0.85042.0861-1.88698.2699-0.02270.11860.0428-0.09660.0632-0.009-0.0607-0.2284-0.04040.008-0.00060.00510.0287-0.03210.0898-7.676911.0366123.8372
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 30
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8H2 - 30

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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