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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qcw | ||||||
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タイトル | Apo-structure of serine hydroxymethyltransferase (PbzB) involved in benzobactin biosynthesis in P. chlororaphis subsp. piscium DSM 21509 | ||||||
要素 | Serine hydroxymethyltransferaseセリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / natural product biosynthesis / benzobactin / serine hydroxymethyltransferase (セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ) / benzoxazolinate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / methyltransferase activity / pyridoxal phosphate binding / メチル化 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium (シュードモナス・クロロラフィス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Czech, L. / Bange, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022 タイトル: Genome Mining Enabled by Biosynthetic Characterization Uncovers a Class of Benzoxazolinate-Containing Natural Products in Diverse Bacteria. 著者: Shi, Y.M. / Crames, J.J. / Czech, L. / Bozhuyuk, K.A.J. / Shi, Y.N. / Hirschmann, M. / Lamberth, S. / Claus, P. / Paczia, N. / Ruckert, C. / Kalinowski, J. / Bange, G. / Bode, H.B. #1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022 タイトル: Genome Mining Enabled by Biosynthetic Characterization Uncovers a Class of Benzoxazolinate-Containing Natural Products in Diverse Bacteria. 著者: Shi, Y.M. / Crames, J.J. / Czech, L. / Bozhuyuk, K.A.J. / Shi, Y.N. / Hirschmann, M. / Lamberth, S. / Claus, P. / Paczia, N. / Ruckert, C. / Kalinowski, J. / Bange, G. / Bode, H.B. #2: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022 タイトル: Genome mining enabled by biosynthetic characterization of benzoxazolinate unravels a widespread class of benzoxazolinate-containing natural products 著者: Czech, L. / Bange, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qcw.cif.gz | 161.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qcw.ent.gz | 126.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qcw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qcw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5vmbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49457.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium (シュードモナス・クロロラフィス) 遺伝子: glyA, C4K37_3196 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A3G7DQ80, セリンヒドロキシメチルトランスフェラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M potassium chloride; 0.1 M HEPES pH7.5; 15% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976254 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.81→49.21 Å / Num. obs: 20309 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 68.66 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.67 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.91 Å / 冗長度: 5 % / Num. unique obs: 1992 / CC1/2: 0.764 / % possible all: 98.47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VMB 解像度: 2.81→49.21 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→49.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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