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- PDB-7qct: PDZ2 of LNX2 with SARS-CoV-2_E PBM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qct
タイトルPDZ2 of LNX2 with SARS-CoV-2_E PBM complex
要素
  • Envelope small membrane protein
  • Ligand of Numb protein X 2
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / PDZ2 of LNX2 with SARS-CoV-2_E PBM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly / Regulation of gap junction activity / neural precursor cell proliferation / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Maturation of protein E / PDZ domain binding ...viral budding from Golgi membrane / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / cytoplasmic capsid assembly / Regulation of gap junction activity / neural precursor cell proliferation / host cell Golgi membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Maturation of protein E / PDZ domain binding / neuron differentiation / ubiquitin-protein transferase activity / : / monoatomic ion channel activity / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Attachment and Entry / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / PDZドメイン ...Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein / Ligand of Numb protein X 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.197 Å
データ登録者Zhu, Y. / Alvarez, F. / Haouz, A. / Mechaly, A. / Caillet-Saguy, C.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Pasteur InstituteURGENCE COVID-19 fundraising campaign フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR Recherche Action Covid19 FRM PDZCov2 フランス
Pasteur InstituteDON MICHELIN COVID PFR-5 Cov-2-Cvnet フランス
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Interactions of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Protein E With Cell Junctions and Polarity PSD-95/Dlg/ZO-1-Containing Proteins.
著者: Zhu, Y. / Alvarez, F. / Wolff, N. / Mechaly, A. / Brule, S. / Neitthoffer, B. / Etienne-Manneville, S. / Haouz, A. / Boeda, B. / Caillet-Saguy, C.
履歴
登録2021年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ligand of Numb protein X 2
B: Ligand of Numb protein X 2
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0764
ポリマ－23,0764
非ポリマー00
水41423
1
A: Ligand of Numb protein X 2
C: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5382
ポリマ－11,5382
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
2
B: Ligand of Numb protein X 2
D: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5382
ポリマ－11,5382
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.23, 183.23, 183.23
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Ligand of Numb protein X 2 / Numb-binding protein 2 / PDZ domain-containing RING finger protein 1


分子量: 10210.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LNX2, PDZRN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N448
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 1327.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
参照: UniProt: P0DTC4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.5 M NaCl, 0.1 M sodium acetate PH 4.5, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.197→48.97 Å / Num. obs: 9009 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 78.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2679 / Net I/σ(I): 20.81
反射 シェル解像度: 3.197→3.312 Å / Rmerge(I) obs: 3.061 / Num. unique obs: 861 / CC1/2: 0.459 / % possible all: 97.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EIY

5eiy


解像度: 3.197→48.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.508 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.527 / SU Rfree Blow DPI: 0.311 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.311
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 451 -RANDOM
Rwork0.2281 ---
obs0.2286 8993 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 130.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.197→48.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1460 0 0 23 1483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081474HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.971984HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d540SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes258HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1474HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion190SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1236SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.19
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.25 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4842 21 -
Rwork0.385 --
obs0.39 409 95.92 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.94661.1871-1.80279.77991.040410.67060.01690.26220.71890.2622-0.1148-0.31640.7189-0.31640.0979-0.344-0.04370.032-0.39210.0073-0.446735.081-14.82783.6521
221.8357-13.323-4.45328.5013.781712.68562.3235-3.9046-0.6353-3.9046-2.033-0.9356-0.6353-0.9356-0.2905-0.03280.3716-0.0659-0.31060.0621-0.813425.21338.228673.2596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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