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- PDB-7qcr: MLLT4/Afadin PDZ domain in complex with the C-terminal peptide fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qcr
タイトルMLLT4/Afadin PDZ domain in complex with the C-terminal peptide from protein E of SARS-CoV-2
要素
  • Afadin
  • Envelope small membrane protein
キーワードCELL ADHESION / MLLT4-Afadin PDZ domain in complex with the C-terminal peptide from protein E of SARS-CoV-2
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / pore complex assembly / establishment of endothelial intestinal barrier / positive regulation of cell-cell adhesion ...disruption of cellular anatomical structure in another organism / symbiont-mediated perturbation of host cell endomembrane system / viral budding from Golgi membrane / establishment of protein localization to plasma membrane / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / Tight junction interactions / SARS-CoV-2 targets PDZ proteins in cell-cell junction / pore complex assembly / establishment of endothelial intestinal barrier / positive regulation of cell-cell adhesion / Regulation of gap junction activity / bicellular tight junction assembly / cell-cell contact zone / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Adherens junctions interactions / tight junction / pore complex / host cell Golgi membrane / Maturation of protein E / cell adhesion molecule binding / negative regulation of cell migration / adherens junction / small GTPase binding / actin filament binding / cell-cell junction / cell junction / cell-cell signaling / regulation of protein localization / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / cell adhesion / nuclear speck / cadherin binding / positive regulation of gene expression / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Afadin, cargo binding domain / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain ...: / Afadin, cargo binding domain / Envelope small membrane protein, SARS-CoV-2-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Forkhead associated domain / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein / Afadin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zhu, Y. / Alvarez, F. / Haouz, A. / Mechaly, A. / Caillet-Saguy, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Pasteur InstituteURGENCE COVID-19 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)Recherche Action Covid19 FRM PDZCov2 program フランス
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Interactions of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Protein E With Cell Junctions and Polarity PSD-95/Dlg/ZO-1-Containing Proteins.
著者: Zhu, Y. / Alvarez, F. / Wolff, N. / Mechaly, A. / Brule, S. / Neitthoffer, B. / Etienne-Manneville, S. / Haouz, A. / Boeda, B. / Caillet-Saguy, C.
履歴
登録2021年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Afadin
B: Afadin
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8785
ポリマ－22,7824
非ポリマー961
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area9480 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)76.16, 43.49, 56.07
Angle α, β, γ (deg.)90, 96.88, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.99015638853, -0.118219000272, 0.0749305960776), (-0.119214906114, -0.992828180042, 0.00894489094523), (0.0733357512682, -0.0177896848906, -0.9971486322)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99015638853, -0.118219000272, 0.0749305960776), (-0.119214906114, -0.992828180042, 0.00894489094523), (0.0733357512682, -0.0177896848906, -0.9971486322)
ベクター: -1.70488894179, -25.4245093636, 28.6620310547)

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要素

#1: タンパク質 Afadin / ALL1-fused gene from chromosome 6 protein / Protein AF-6 / Afadin adherens junction formation factor


分子量: 10063.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFDN, AF6, MLLT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55196
#2: タンパク質・ペプチド Envelope small membrane protein / E / sM protein


分子量: 1327.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1 M Na3 Citrate, 0.1 M TRIS at pH 7, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→37.81 Å / Num. obs: 8373 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 44.58 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.2185 / Net I/σ(I): 6.59
反射 シェル解像度: 2.281→2.362 Å / Rmerge(I) obs: 1.454 / Num. unique obs: 746 / CC1/2: 0.506

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AXA

3axa


解像度: 2.28→37.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.377 / SU Rfree Blow DPI: 0.236 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 419 -RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2223 8373 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.7889 Å20 Å2-1.6374 Å2
2--4.0927 Å20 Å2
3---5.6962 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→37.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 5 74 1404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081335HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.081794HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d484SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes223HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1335HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion184SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1089SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.25
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.33 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3242 21 -
Rwork0.2256 --
obs0.2304 419 81.84 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77970.24140.41023.4927-1.20053.95070.0319-0.283-0.0519-0.283-0.0517-0.0332-0.0519-0.03320.01980.29190.01580.08720.26080.00750.2901-15.6208-21.164619.913
20.86470.6015-1.00431.1104-2.67414.47840.0803-0.0409-0.0292-0.0409-0.0787-0.0445-0.0292-0.0445-0.00160.6213-0.00840.05640.3739-0.05120.3413-13.1498-2.24797.6983
30.470.2622-0.984901.24430.5091-0.23630.09110.04520.0911-0.03230.09270.04520.09270.26860.94450.03830.19650.4126-0.03510.4158-8.4065-2.179814.5633
40.1121-0.26170.44410.6927-0.32071.0319-0.0955-0.36840.1474-0.36840.12960.11840.14740.1184-0.03410.4383-0.0504-0.03980.53590.00440.5289-11.79-23.181214.0719
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|91 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|91 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|100 - C|104 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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