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- PDB-7qcj: Structure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(2,4-dihy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qcj
タイトルStructure of SARS-CoV-2 Papain-like Protease bound to N-(2,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone
要素Papain-like protease nsp3
キーワードHYDROLASE / Cystein-Protease / Inhibitor / SARS-CoV-2 / Thiosemicarbazone / Deubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone / PHOSPHATE ION / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Ewert, W. / Gunther, S. / Reinke, P. / Falke, S. / Lieske, J. / Miglioli, F. / Carcelli, M. / Srinivasan, V. / Betzel, C. / Han, H. ...Ewert, W. / Gunther, S. / Reinke, P. / Falke, S. / Lieske, J. / Miglioli, F. / Carcelli, M. / Srinivasan, V. / Betzel, C. / Han, H. / Lorenzen, K. / Guenther, C. / Niebling, S. / Garcia-Alai, M. / Hinrichs, W. / Rogolino, D. / Meents, A.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
Helmholtz AssociationFISCOV ドイツ
Helmholtz AssociationSFragX ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research16GW0277 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research031B0405D ドイツ
引用ジャーナル: Front Chem / 年: 2022
タイトル: Hydrazones and Thiosemicarbazones Targeting Protein-Protein-Interactions of SARS-CoV-2 Papain-like Protease.
著者: Ewert, W. / Gunther, S. / Miglioli, F. / Falke, S. / Reinke, P.Y.A. / Niebling, S. / Gunther, C. / Han, H. / Srinivasan, V. / Brognaro, H. / Lieske, J. / Lorenzen, K. / Garcia-Alai, M.M. / ...著者: Ewert, W. / Gunther, S. / Miglioli, F. / Falke, S. / Reinke, P.Y.A. / Niebling, S. / Gunther, C. / Han, H. / Srinivasan, V. / Brognaro, H. / Lieske, J. / Lorenzen, K. / Garcia-Alai, M.M. / Betzel, C. / Carcelli, M. / Hinrichs, W. / Rogolino, D. / Meents, A.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年5月11日Group: Database references / Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Papain-like protease nsp3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,88716
ポリマ－35,6881
非ポリマー1,19915
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area15450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)83.487, 83.487, 134.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Papain-like protease nsp3 / Non-structural protein 3 / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like proteinase / PL-PRO


分子量: 35687.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DTC1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

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非ポリマー , 6種, 256分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-A4O / N-(2,4-dihydroxybenzylidene)-thiosemicarbazone / 1-[(E)-[2,4-bis(oxidanyl)phenyl]methylideneamino]thiourea / 1-(2,4-ジヒドロキシベンジリデン)チオセミカルバジド


分子量: 211.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 10% glycerol, 0.8 M sodium dihydrogenphosphate, 1.2 M potassium hydrogenphosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→49.24 Å / Num. obs: 47768 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 34.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.95
反射 シェル解像度: 1.84→1.906 Å / Num. unique obs: 4711 / CC1/2: 0.667

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18-3855_9999精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7nfv

7nfv


解像度: 1.84→49.24 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 22.0613
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 2425 5.08 %
Rwork0.176 45343 -
obs0.1772 47768 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 65 241 2805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01842664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2813616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104466
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.095380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.880.29671170.30432648X-RAY DIFFRACTION99.53
1.88-1.920.2991330.29522636X-RAY DIFFRACTION99.96
1.92-1.960.29161430.27732608X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.010.27391540.25022655X-RAY DIFFRACTION99.96
2.01-2.070.25871370.2222615X-RAY DIFFRACTION99.96
2.07-2.130.25711540.21062642X-RAY DIFFRACTION99.96
2.13-2.190.20641250.20022662X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.270.23981500.19482610X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.360.21011390.19752657X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.470.21811720.18572632X-RAY DIFFRACTION99.93
2.47-2.60.2321270.19172663X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.770.20671300.19652677X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.980.23861310.18162699X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.280.19071560.18172663X-RAY DIFFRACTION99.96
3.28-3.750.20791530.15282703X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.730.14271650.13242695X-RAY DIFFRACTION100
4.73-49.240.16391390.16242878X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.760060947480.0955872614585-1.023627064135.15108793532-0.5978423722934.025602055580.123811330973-0.2431198294070.5258235720460.1239222299390.06190550182670.477268691979-0.484408722677-0.320783677783-0.1735652583460.3289673601070.04201068740220.03035992327950.313588245473-0.02187279744340.33588721633639.614182931136.7244182674-5.12342847443
21.413501586880.3414267940971.053118628521.355852143680.790994148665.59610859948-0.0324489368718-0.0585623415690.111425526587-0.0621067220996-0.004248625016060.0722141080614-0.184278460097-0.1109406147550.03767512295450.1735586606650.01477306758820.009547661509450.178824413030.01142841563120.21257704946751.809207630429.0121984305-25.1317885971
34.19609824241-0.1285531546810.2926850671483.51313388741-0.4985530230843.13429974147-0.1222008594010.5973944290040.0487773236618-0.337216526907-0.130666452682-0.6587296251920.08663592028220.9150067304350.2465286750370.3194140098790.02268555356410.06925292778280.4914891734470.03350824773710.33781692599771.824448058624.0552869627-40.2364213325
45.31917694034-0.3066554667671.295003401561.43484896432-0.487217924622.717498562490.03383893693520.650896793522-0.309015737886-0.357108064399-0.00630790785411-0.07970660686530.282260048060.402941445062-0.01391527163230.3257608153250.02149348320.01984157328940.300343732823-0.04058879066250.21032408804956.9631482122.2105340574-45.3707449803
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 61 )2 - 612 - 61
22chain 'A' and (resid 62 through 175 )62 - 17562 - 176
33chain 'A' and (resid 176 through 270 )176 - 270177 - 274
44chain 'A' and (resid 271 through 314 )271 - 314275 - 319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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