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万見
- PDB-7qcb: Williams-Beuren syndrome related methyltransferase WBSCR27 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qcb
タイトルWilliams-Beuren syndrome related methyltransferase WBSCR27 in complex with SAH
要素Methyltransferase-like 27
キーワードTRANSFERASE / Williams-Beuren syndrome / SAM-dependent methyltransferase / Rossman fold / Class I methyltransferases
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase like 27
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Polshakov, V.I. / Mariasina, S.S. / Chang, C.-F. / Efimov, S.V.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research20-04-00318 ロシア
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Williams-Beuren Syndrome Related Methyltransferase WBSCR27: From Structure to Possible Function.
著者: Mariasina, S.S. / Chang, C.F. / Navalayeu, T.L. / Chugunova, A.A. / Efimov, S.V. / Zgoda, V.G. / Ivlev, V.A. / Dontsova, O.A. / Sergiev, P.V. / Polshakov, V.I.
履歴
登録2021年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase-like 27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3732
ポリマ－25,9881
非ポリマー3841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, NOE from the sample containing {13C,15N}-labeled SAH and {15N}-labeles WBSCR27.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase-like 27 / Williams-Beuren syndrome critical region protein 27 / Williams-Beuren syndrome critical region ...Williams-Beuren syndrome critical region protein 27 / Williams-Beuren syndrome critical region protein 27 isoform alpha / Williams-Beuren syndrome critical region protein 27 isoform beta


分子量: 25988.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mettl27, BC002286, Wbscr27 / プラスミド: pET30aTEV-WBSCR27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BGM4
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
125isotropic22D 1H-15N HSQC
134isotropic23D HNCO
144isotropic23D HN(CA)CO
154isotropic23D HN(CO)CA
164isotropic23D HNCA
174isotropic23D CBCA(CO)NH
184isotropic23D HN(CA)CB
194isotropic23D HBHA(CO)NH
1104isotropic23D HNHAHB
1114isotropic23D 1H-15N TOCSY
1125isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1135isotropic23D 1H-13C NOESY
1144isotropic53D 1H-13C NOESY
1154isotropic23D 15N-1H NOESY
1163anisotropic3IPAP
1177isotropic33D 15N-1H NOESY
1186isotropic42D 1H-13C HSQC
1191isotropic12D DQF-COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM [U-15N] WBSCR27, 10 mM SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N-wb27_sah_195% H2O/5% D2O
solution30.2 mM [U-15N] WBSCR27, 10 mM SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.225 % v/v phage Pf1 stock solution, 95% H2O/5% D2O15N-wb27_sah_RDC_Pf195% H2O/5% D2O
solution40.6 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] WBSCR27, 0.6 mM SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N_13C_wb27_sah_h2o95% H2O/5% D2O
solution50.6 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] WBSCR27, 0.6 mM SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O15N_13C_wb27_sah_d2o100% D2O
solution60.3 mM [U-95% 15N] WBSCR27, 0.3 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O15N-wb27_13C-SAH100% D2O
solution70.3 mM [U-95% 15N] WBSCR27, 0.3 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] SAH, 5 mM DTT, 0.2 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O15N-wb27_13CH3-Met-Thr95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMWBSCR27[U-15N]1
10 mMSAHnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.2 mMWBSCR27[U-15N]3
10 mMSAHnatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
0.225 % v/vphage Pf1 stock solutionnatural abundance3
0.6 mMWBSCR27[U-95% 13C; U-99% 15N]4
0.6 mMSAHnatural abundance4
5 mMDTTnatural abundance4
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance4
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
0.6 mMWBSCR27[U-95% 13C; U-99% 15N]5
0.6 mMSAHnatural abundance5
5 mMDTTnatural abundance5
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance5
50 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
0.3 mMWBSCR27[U-95% 15N]6
0.3 mMSAH[U-95% 13C; U-99% 15N]6
5 mMDTTnatural abundance6
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance6
50 mMsodium phosphatenatural abundance6
50 mMsodium chloridenatural abundance6
0.3 mMWBSCR27[U-95% 15N]7
0.3 mMSAH[U-95% 13C; U-99% 15N]7
5 mMDTTnatural abundance7
0.2 % w/vsodium azidenatural abundance7
50 mMsodium phosphatenatural abundance7
50 mMsodium chloridenatural abundance7
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition1 / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Lomonosov MSU
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8502Academia Sinica
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003Academia Sinica
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7005Kazan Federal University
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7004RUDN

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBrunger A. T. et.al.collection
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
PINE-SPARKYLee Wchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS2.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRestPolshakov V.データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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