+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qca | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Spraguea lophii ribosome | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME / Microsporidia | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosome binding ...translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spraguea lophii 42_110 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Gil Diez, P. / McLaren, M. / Isupov, M.N. / Daum, B. / Conners, R. / Williams, B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023 タイトル: CryoEM reveals that ribosomes in microsporidian spores are locked in a dimeric hibernating state 著者: McLaren, M. / Conners, R. / Isupov, M.N. / Gil-Diez, P. / Gambelli, L. / Gold, V.A.M. / Walter, A. / Connell, S.R. / Williams, B. / Daum, B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qca.cif.gz | 4.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7qca.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7qca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qca_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7qca_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qca_validation.xml.gz | 304.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qca_validation.cif.gz | 516.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qca | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13892MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 L50L70S60
#1: RNA鎖 | 分子量: 849039.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 38356.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#41: RNA鎖 | 分子量: 444812.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
+60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 LA0LB0LC0LCCLD0LDDLE0LEELF0LFFLG0LH0LIILJ0LL0LLLLOOLP0LPPLQ0LR0LS0LT0LU0LX0LY0LZ0
-タンパク質 , 14種, 14分子 LAALHHLI0LJJLM0LMMSB0SBBSCCSEESFFSGGSR0SX0
#4: タンパク質 | 分子量: 16609.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
---|---|
#17: タンパク質 | 分子量: 14183.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2194 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#18: タンパク質 | 分子量: 25142.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1601 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WBF8 |
#21: タンパク質 | 分子量: 10517.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#24: タンパク質 | 分子量: 14158.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1179 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVN9 |
#25: タンパク質 | 分子量: 14563.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2019 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XSQ3 |
#44: タンパク質 | 分子量: 25934.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#45: タンパク質 | 分子量: 9189.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#47: タンパク質 | 分子量: 7288.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#51: タンパク質 | 分子量: 6816.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#53: タンパク質 | 分子量: 16937.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2039 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W9X5 |
#55: タンパク質 | 分子量: 36182.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2232 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XVG3 |
#66: タンパク質 | 分子量: 14055.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
#72: タンパク質 | 分子量: 15822.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) |
-Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LGGLN0LO0LV0LW0SP0SV0
#15: タンパク質 | 分子量: 12020.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1567 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7C6 |
---|---|
#26: タンパク質 | 分子量: 24200.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1565 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7W7A2 |
#27: タンパク質 | 分子量: 22885.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1564 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XUD8 |
#36: タンパク質 | 分子量: 15239.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2233 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XLC4 |
#37: タンパク質 | 分子量: 15342.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1566 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XSY2 |
#64: タンパク質 | 分子量: 18514.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_1570 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7XKY9 |
#70: タンパク質 | 分子量: 7768.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 株: 42_110 / 遺伝子: SLOPH_2726 / 発現宿主: Spraguea lophii (菌類) / 参照: UniProt: S7WAC1 |
+40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 SA0SAASC0SD0SDDSE0SF0SG0SH0SI0SJ0SK0SL0SM0SN0SO0SQ0SS0ST0SU0SW0SY0SZ0
-非ポリマー , 3種, 368分子
#75: 化合物 | ChemComp-K / #76: 化合物 | ChemComp-MG / #77: 化合物 | ChemComp-ZN / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#74 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: Spraguea lophii 42_110 (菌類) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Solution with HEPES, Potassium Acetate and Magnesium acetate was autoclaved. DTT was added fresh just before sample preparation. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monomeric ribosomes from Spraguea lophii | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20 mA. Carbon coated grid / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K / 詳細: blot force -1 and blot time 4 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EM imaging | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Specimen-ID: 1
| ||||||||||||
撮影 |
|
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 977879 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285940 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6RM3 Accession code: 6RM3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.79→2.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / WRfactor Rwork: 0.256 / SU B: 9.074 / SU ML: 0.169 / Average fsc overall: 0.8886 / Average fsc work: 0.8886 / ESU R: 0.168 / 詳細: Hydrogens have not been used
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.767 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
|