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万見
- PDB-7qc2: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qc2
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with MAT334 and L-Proline
要素Proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Proline / Aminoacyl-tRNA synthetase / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II ...YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain / Aminoacyl-tRNA editing domain / YbaK/aminoacyl-tRNA synthetase-associated domain superfamily / Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AJT / PROLINE / Proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Oppermann, U.C.T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with MAT334 and L-Proline
著者: Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Oppermann, U.C.T.
履歴
登録2021年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3066
ポリマ－58,5271
非ポリマー7795
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area21710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.500, 103.500, 127.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS


分子量: 58526.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-AJT / ~{N}-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-yl)-3-[[4-[[(2~{S})-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]piperidin-1-yl]carbonylamino]pyrazine-2-carboxamide


分子量: 477.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M L-Pro, 10 % PEG3350, 0.1 M Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→51.95 Å / Num. obs: 36445 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 62.64 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 372214 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.28-2.3410.21.6522712826620.7070.5441.7411.399.2
10.2-51.958.70.02641494760.9990.0090.02857.999.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.07 Å51.95 Å
Translation5.07 Å51.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6T7K

6t7k


解像度: 2.28→51.95 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1740 4.78 %
Rwork0.2277 34656 -
obs0.2289 36396 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.57 Å2 / Biso mean: 84.5212 Å2 / Biso min: 38.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→51.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3848 0 55 45 3948
Biso mean--66.26 70.15 -
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.28-2.350.37561490.33072846299599
2.35-2.420.35441200.31822856297699
2.42-2.510.33531200.31442851297199
2.51-2.610.32811640.29142835299999
2.61-2.730.36631420.33152870301299
2.73-2.870.35221440.28122853299799
2.87-3.050.34081490.28572859300899
3.05-3.290.28671410.266628733014100
3.29-3.620.26721240.247529143038100
3.62-4.140.26211530.208129283081100
4.14-5.220.1661550.178929263081100
5.22-51.950.23821790.198730453224100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5198-0.6064-0.1372.6223-0.90024.39090.01190.1804-0.1495-0.2829-0.14220.01710.0390.43810.11830.4917-0.0435-0.02620.4133-0.0270.3181-16.2295-40.3863-6.5205
21.6135-0.57440.15921.6451-0.15673.8768-0.01950.21010.1453-0.4144-0.1436-0.0032-0.65050.5650.2230.6275-0.0921-0.03420.4040.04370.4096-19.0709-31.5257-15.3706
31.38420.0281-1.13136.43050.23931.11590.2030.04350.02990.6407-0.4726-0.86370.08880.2170.28740.8202-0.3737-0.15491.59460.20060.953116.2727-27.27770.1295
44.79060.94031.50933.22981.0363.79730.44961.1667-0.1878-0.7776-0.3842-0.2522-0.07621.114-0.13550.78740.08050.10651.03530.08960.4768-7.8954-40.1681-32.0558
55.16461.0421-3.17761.99997.12787.4633-2.72744.4470.556-2.1920.41036.3077-2.71571.08312.35370.585-0.033-0.16290.57960.01320.6539-23.3817-35.2439-15.6641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 250 through 353 )A250 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 354 through 551 )A354 - 551
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 552 through 628 )A552 - 628
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 629 through 746 )A629 - 746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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