PDB-7qc1: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qc1

タイトル

Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with MAT436

要素

Proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Proline / Aminoacyl-tRNA synthetase / Protein biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

Ala-tRNA(Pro) hydrolase activity / proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Oppermann, U.C.T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA synthetase (ProRS, Proline-tRNA ligase) from Plasmodium falciparum in complex with MAT436
著者: Johansson, C. / Tye, M. / Payne, N.C. / Mazitschek, R. / Oppermann, U.C.T.

履歴

登録	2021年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qc1.cif.gz	596.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qc1.ent.gz	496.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7qc1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qc1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7qc1_validation.xml.gz	48.1 KB	表示
CIF形式データ	7qc1_validation.cif.gz	67 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/7qc1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6t7kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7qc1-3 7qc1-2 7qb7-d 6t7k-d 1nj1-d 1nj5-d 1nj2-d 1nj6-d 4q15-2 4q15-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Proline--tRNA ligase

D: Proline--tRNA ligase

I: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

179 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
59.7 kDa, 1 ポリマー
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2

D: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.5 kDa, 1 ポリマー
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3

I: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	207.210, 207.210, 115.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Proline--tRNA ligase / Prolyl-tRNA synthetase / ProRS 分子量: 58526.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: proRS, PFL0670c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R7, proline-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-9XM / [(2~{R},3~{S})-2-[3-(7-bromanyl-6-chloranyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)-2-oxidanylidene-propyl]piperidin-3-yl] ~{N}-[4-[[3-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-ylcarbamoyl)pyrazin-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]sulfonylcarbamate 分子量: 886.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₃₈BrClN₁₀O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.27 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Malic acid

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→65.53 Å / Num. obs: 86283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.7 % / B_iso Wilson estimate: 69.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2.51→2.51 Å / R_merge(I) obs: 5.81 / Num. unique obs: 4261 / CC_1/2: 0.359

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位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.61 Å	65.53 Å
Translation	5.61 Å	65.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6T7K

6t7k

解像度: 2.51→65.53 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	4283	4.97 %
R_work	0.1914	81878	-
obs	0.1935	86161	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.72 Å² / B_iso mean: 75.5099 Å² / B_iso min: 40.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.51→65.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11624	0	211	73	11908
B_iso mean	-	-	68.14	66.76	-
残基数	-	-	-	-	1455

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.51-2.54	0.4209	152	0.436	2663	2815	99
2.54-2.57	0.4468	136	0.4162	2706	2842	100
2.57-2.6	0.3906	159	0.4128	2665	2824	100
2.6-2.63	0.4272	145	0.4032	2725	2870	100
2.63-2.67	0.4238	132	0.3975	2681	2813	100
2.67-2.7	0.4294	133	0.3571	2679	2812	100
2.7-2.74	0.3918	140	0.3147	2689	2829	100
2.74-2.78	0.2981	142	0.2975	2691	2833	100
2.78-2.83	0.3566	137	0.2851	2738	2875	100
2.83-2.87	0.3366	144	0.2736	2676	2820	100
2.87-2.92	0.2795	128	0.2517	2708	2836	100
2.92-2.98	0.3131	138	0.26	2727	2865	100
2.98-3.03	0.2933	137	0.256	2700	2837	100
3.03-3.1	0.2879	139	0.2673	2706	2845	100
3.1-3.16	0.3202	133	0.2673	2717	2850	100
3.16-3.24	0.2969	153	0.24	2705	2858	100
3.24-3.32	0.2747	126	0.2292	2741	2867	100
3.32-3.41	0.2443	137	0.2019	2738	2875	100
3.41-3.51	0.2427	162	0.1858	2677	2839	100
3.51-3.62	0.2265	160	0.1813	2735	2895	100
3.62-3.75	0.1955	144	0.18	2698	2842	100
3.75-3.9	0.2245	140	0.1744	2728	2868	100
3.9-4.08	0.2237	149	0.1707	2723	2872	100
4.08-4.29	0.2068	137	0.1526	2772	2909	100
4.29-4.56	0.1865	126	0.1332	2761	2887	100
4.56-4.91	0.152	163	0.1327	2752	2915	100
4.91-5.41	0.2078	139	0.1455	2778	2917	100
5.41-6.19	0.2228	167	0.1709	2761	2928	100
6.19-7.79	0.1893	147	0.1673	2842	2989	100
7.8-65.53	0.1941	138	0.156	2996	3134	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6638	0.1455	-0.0797	0.8795	0.0042	0.915	-0.0397	-0.0899	0.0034	0.0382	-0.0231	-0.1797	0.1411	0.0467	0.083	0.6431	-0.0166	0.0119	0.5283	-0.0242	0.6245	67.7983	185.3011	26.0569
2	2.3798	-0.2982	-0.2537	1.2043	0.1945	1.7195	0.0695	-0.0042	-0.1144	-0.006	-0.0684	0.098	0.279	-0.2115	0.004	0.5263	-0.0589	0.0028	0.4554	-0.037	0.4337	50.6834	183.5155	23.3551
3	3.5247	-0.2099	0.3318	2.2546	0.0482	3.5004	-0.0949	0.416	1.088	-0.1144	-0.0951	-0.6848	-0.2913	0.2659	0.1606	0.5513	0.0152	0.1881	0.5258	0.1482	1.0655	86.0446	201.5373	11.1079
4	2.9426	1.6562	0.4269	4.1955	0.1852	0.7792	0.0633	0.5116	-0.2371	-0.2409	-0.0165	-0.1798	0.3948	0.0156	-0.0321	0.8093	0.1169	0.0488	0.7213	-0.0589	0.4803	61.4976	173.7286	4.6321
5	0.9672	-0.1884	0.6332	1.2328	0.2708	2.2579	0.066	0.0624	0.0401	0.0146	0.0648	-0.1871	0.2146	0.37	-0.124	0.6165	-0.0905	0.0101	0.7188	-0.0138	0.5565	43.5301	174.316	-22.6409
6	1.2127	0.2751	0.0947	1.3742	-0.0603	2.3616	-0.0457	0.296	0.0802	-0.1462	0.0858	-0.1394	-0.2127	0.5812	-0.0397	0.4971	-0.1211	0.0007	0.6603	-0.0219	0.4258	46.1643	183.0791	-37.918
7	3.6627	-0.4205	1.0374	4.0425	-0.5382	2.3833	-0.1398	-0.3526	-0.0669	0.1348	0.2808	0.2482	-0.3201	-0.6398	-0.1573	0.6804	0.0157	0.0067	0.8085	0.003	0.5443	25.9434	192.2265	-2.9666
8	1.7812	0.2845	-0.9978	0.6834	0.4785	2.6368	0.0202	-0.029	0.1246	0.0946	0.2445	-0.3444	-0.4968	0.6741	-0.2467	0.7439	-0.2245	-0.0662	0.7826	-0.0445	0.63	56.8585	197.4042	-24.1874
9	2.1494	-0.8911	-0.6935	2.1215	0.3923	0.7431	0.0597	-0.2794	0.2468	0.1334	-0.0159	0.081	0.0619	0.0318	-0.0316	0.5674	-0.0981	0.006	0.5431	-0.086	0.5442	55.2725	198.5371	40.2904
10	1.8776	-0.3962	-0.2911	1.7947	0.1808	1.4125	0.0589	-0.2899	0.176	0.1554	0.0602	-0.1642	0.1251	0.1603	-0.114	0.5598	-0.0433	-0.0337	0.4467	-0.0732	0.5463	69.5666	198.5185	42.442
11	4.0469	-1.9038	0.5996	2.4717	0.5022	1.6504	0.0832	-0.2882	0.7109	0.1896	-0.0225	-0.2657	0.1813	0.0514	-0.06	0.5401	-0.0611	0.0309	0.4274	-0.039	0.59	67.5121	205.1518	43.4306
12	2.0047	0.2084	1.0016	4.8388	-1.0539	5.521	-0.1871	0.2464	0.0973	-1.0446	-0.0184	1.2742	-0.5877	-0.7088	0.1859	0.8508	0.1478	-0.2581	0.8069	0.0294	0.926	35.2982	214.5657	18.6989
13	1.4257	0.5464	0.2702	1.5033	0.4189	2.2919	0.0951	-0.0731	0.5159	-0.1409	-0.1107	0.4481	-0.5672	-0.3636	0.0289	0.5881	0.0833	0.0628	0.5651	-0.0892	0.866	47.5327	220.7882	39.6851
14	3.4749	0.1835	-0.999	2.0197	-0.6991	4.8955	0.4689	-0.1878	-0.1023	0.5017	-0.296	0.3126	0.553	-0.369	-0.175	0.7446	-0.1839	-0.0397	0.6308	-0.126	0.6799	63.0581	209.903	64.4928
15	6.3531	1.7379	0.704	2.5632	0.1181	2.471	0.3351	-1.2478	0.3943	-0.1165	-0.3645	-0.2452	-0.3422	0.3502	0.0604	0.7203	-0.1648	0.0666	0.7909	-0.263	0.7048	69.6237	218.6673	63.7202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 244 through 343 )	A	244 - 343
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 344 through 523 )	A	344 - 523
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 524 through 620 )	A	524 - 620
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 621 through 746 )	A	621 - 746
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 244 through 360 )	D	244 - 360
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 361 through 523 )	D	361 - 523
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 524 through 620 )	D	524 - 620
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 621 through 746 )	D	621 - 746
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'I' and (resid 252 through 343 )	I	252 - 343
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'I' and (resid 344 through 458 )	I	344 - 458
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 459 through 539 )	I	459 - 539
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'I' and (resid 540 through 582 )	I	540 - 582
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 583 through 682 )	I	583 - 682
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'I' and (resid 683 through 720 )	I	683 - 720
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'I' and (resid 721 through 746 )	I	721 - 746

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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