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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qbt | |||||||||
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タイトル | B12-dependent radical SAM methyltransferase, Mmp10 with [4Fe-4S] cluster, cobalamin, and S-methyl-5'-thioadenosine bound. | |||||||||
![]() | Methyl coenzyme M reductase-arginine methyltransferase Mmp10 | |||||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Radical SAM / B12 binding / methyltransferase / sp3 carbon methylation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() iron-sulfur cluster binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fyfe, C.D. / Chavas, L.M.G. / Legrand, P. / Benjdia, A. / Berteau, O. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic snapshots of a B 12 -dependent radical SAM methyltransferase. 著者: Fyfe, C.D. / Bernardo-Garcia, N. / Fradale, L. / Grimaldi, S. / Guillot, A. / Brewee, C. / Chavas, L.M.G. / Legrand, P. / Benjdia, A. / Berteau, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 684.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 564.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 6.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 6.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 105.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 47964.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mmp10, HA338_00275 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A832SFM5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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-非ポリマー , 6種, 1288分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/COB.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/MTA.gif)
![](data/chem/img/COB.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-MTA / #5: 化合物 | ChemComp-COB / #6: 化合物 | ChemComp-NA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月21日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) single-crystal channel-cut プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.72 Å / Num. obs: 137077 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 37.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 13.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2742 / CC1/2: 0.512 / Rpim(I) all: 0.847 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7QBS 解像度: 1.9→44.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.179 / SU Rfree Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.147
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→44.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.92 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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