[日本語] English
万見
- PDB-7qbf: TC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qbf
タイトルTC:CD320 in complex with nanobody TC-Nb34
要素
  • Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34
  • CD320 antigen
  • Transcobalamin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transcobalamin / TC2 / CD320 / TCblR / B12 / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / Transport of RCbl within the body / cobalamin transport / cobalt ion transport / molecular carrier activity / cobalamin binding ...regulation of vitamin metabolic process / Defective TCN2 causes TCN2 deficiency / Defective CD320 causes MMATC / cargo receptor ligand activity / B cell costimulation / Transport of RCbl within the body / cobalamin transport / cobalt ion transport / molecular carrier activity / cobalamin binding / cargo receptor activity / positive regulation of B cell proliferation / lysosomal lumen / growth factor activity / external side of plasma membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...: / Domain of unknown function DUF4430 / Domain of unknown function (DUF4430) / Cobalamin (vitamin B12)-binding protein / : / Eukaryotic cobalamin-binding protein / Eukaryotic cobalamin-binding proteins signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANOCOBALAMIN / IODIDE ION / Transcobalamin-2 / CD320 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bloch, J.S. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2022
タイトル: Generation of nanobodies targeting the human, transcobalamin-mediated vitamin B 12 uptake route.
著者: Bloch, J.S. / Sequeira, J.M. / Ramirez, A.S. / Quadros, E.V. / Locher, K.P.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcobalamin-2
C: CD320 antigen
B: Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,33449
ポリマ－76,1913
非ポリマー5,14346
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14480 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.822, 104.822, 167.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21A-868-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Transcobalamin-2 / TC-2 / Transcobalamin II / TC II / TCII


分子量: 45679.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCN2, TC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20062
#2: タンパク質 CD320 antigen / 8D6 antigen / FDC-signaling molecule 8D6 / FDC-SM-8D6 / Transcobalamin receptor / TCblR


分子量: 15613.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD320, 8D6A, UNQ198/PRO224
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NPF0

-
抗体 , 1種, 1分子 B

#3: 抗体 Anti-transcobalamin-2 nanobody TC-Nb34


分子量: 14898.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 453分子

#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CNC / CYANOCOBALAMIN


分子量: 1356.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H89CoN14O14P
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM Ammonium Iodide, 16% w/v PEG 3350 and 1.4 x 105-fold diluted seed stocks from crystals of the same protein, grown in similar conditions

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→49.27 Å / Num. obs: 158598 / % possible obs: 98.15 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 31.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0272 / Net I/σ(I): 1.89
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Num. unique obs: 15319 / CC1/2: 0.4422

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRP

4zrp


解像度: 1.85→49.27 Å / SU ML: 0.2011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 20.657
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2048 7523 4.99 %
Rwork0.1744 143256 -
obs0.1759 150779 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→49.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4736 0 219 407 5362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01195226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.57717099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2129759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.11131914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.870.33122350.31294504X-RAY DIFFRACTION93.42
1.87-1.90.29012540.29424774X-RAY DIFFRACTION100
1.9-1.920.30812510.27254781X-RAY DIFFRACTION99.96
1.92-1.940.27462560.25434801X-RAY DIFFRACTION99.98
1.94-1.970.27722550.25294766X-RAY DIFFRACTION100
1.97-20.25512560.24374813X-RAY DIFFRACTION99.98
2-2.030.26192530.23254736X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.28372520.22934841X-RAY DIFFRACTION99.9
2.06-2.090.25122530.22534780X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.120.26572560.2224762X-RAY DIFFRACTION99.9
2.12-2.160.252460.20384757X-RAY DIFFRACTION99.92
2.16-2.20.2192560.1894826X-RAY DIFFRACTION99.92
2.2-2.240.23022460.18384780X-RAY DIFFRACTION99.84
2.24-2.290.2192530.18084779X-RAY DIFFRACTION99.72
2.29-2.340.20522540.17394764X-RAY DIFFRACTION99.92
2.34-2.390.21072530.16634804X-RAY DIFFRACTION99.98
2.39-2.450.20542440.16644754X-RAY DIFFRACTION99.98
2.45-2.520.22292510.16914786X-RAY DIFFRACTION99.98
2.52-2.590.19242600.164786X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.670.20322500.16624798X-RAY DIFFRACTION99.98
2.67-2.770.19732490.1634809X-RAY DIFFRACTION99.96
2.77-2.880.17052520.16054797X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.010.22312490.17394767X-RAY DIFFRACTION99.98
3.01-3.170.23492460.18494802X-RAY DIFFRACTION99.96
3.17-3.370.21912470.17624777X-RAY DIFFRACTION99.9
3.37-3.630.19112470.15774788X-RAY DIFFRACTION99.9
3.63-3.990.17882500.14714802X-RAY DIFFRACTION99.59
3.99-4.570.15312530.12894734X-RAY DIFFRACTION99.42
4.57-5.760.1712490.14794796X-RAY DIFFRACTION100
5.76-49.270.20112470.20134792X-RAY DIFFRACTION99.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る