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- PDB-7qaz: Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qaz
タイトルPrim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinitoga sp. 1137 - Primer Initiation Complex
要素
  • TPR_REGION domain-containing protein
  • Templating strand
キーワードTRANSFERASE / AEP / Prim-Pol / Primase-Polymerase / Primase / Polymerase / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / TOTE conflict system, Archaeo-Eukaryotic Primase domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-DZ4 / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / TOTE conflict system primase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marinitoga sp. 1137 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S008691/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M008800/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P007031/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis.
著者: Li, A.W.H. / Zabrady, K. / Bainbridge, L.J. / Zabrady, M. / Naseem-Khan, S. / Berger, M.B. / Kolesar, P. / Cisneros, G.A. / Doherty, A.J.
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42022年11月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.52024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPR_REGION domain-containing protein
B: TPR_REGION domain-containing protein
C: TPR_REGION domain-containing protein
D: Templating strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,11116
ポリマ－80,2154
非ポリマー2,89612
水7,116395
1
B: TPR_REGION domain-containing protein
D: Templating strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3059
ポリマ－28,5662
非ポリマー1,7397
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: TPR_REGION domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3743
ポリマ－25,8251
非ポリマー5492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TPR_REGION domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4334
ポリマ－25,8251
非ポリマー6083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)227.910, 39.620, 79.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 TPR_REGION domain-containing protein


分子量: 25824.678 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1137 (バクテリア)
遺伝子: Marpi_0402 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: H2J4R1
#2: DNA鎖 Templating strand


分子量: 2740.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 407分子

#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DZ4 / 2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine


分子量: 490.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O11P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) 20% v/v Ethylene glycol; 10% w/v PEG 8000 0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol 400uM DNA; ...詳細: 0.1M Sodium HEPES; MOPS (acid) 20% v/v Ethylene glycol; 10% w/v PEG 8000 0.03M Diethylene glycol; 0.03M Triethylene glycol; 0.03M Tetraethylene glycol; 0.03M Pentaethylene glycol 400uM DNA; 500uM AMPNPP; 4mM GTP; 2mM CoCl2; 130mM Monopotassium Glutamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→56.98 Å / Num. obs: 40376 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.36 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 1.042 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1427 / CC1/2: 0.298 / Rpim(I) all: 0.896 / Rrim(I) all: 1.382 / % possible all: 69.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia23.4.2データ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NQE

7nqe


解像度: 2.11→56.98 Å / SU ML: 0.2847 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.4809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1983 4.92 %
Rwork0.2097 38288 -
obs0.2123 40271 94.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→56.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 187 159 395 6179
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00735978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97878115
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.53512256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.160.3578950.33611994X-RAY DIFFRACTION69.7
2.16-2.220.41191040.31812233X-RAY DIFFRACTION77.67
2.22-2.290.32261260.29282365X-RAY DIFFRACTION83.62
2.29-2.360.31431320.28632643X-RAY DIFFRACTION92.47
2.36-2.440.33611290.27432846X-RAY DIFFRACTION98.94
2.44-2.540.31581410.24962868X-RAY DIFFRACTION99.7
2.54-2.660.28411550.24022874X-RAY DIFFRACTION99.61
2.66-2.80.27371540.22572840X-RAY DIFFRACTION99.34
2.8-2.970.28881740.22812857X-RAY DIFFRACTION99.7
2.97-3.20.25011360.20822890X-RAY DIFFRACTION99.38
3.2-3.530.25681400.19812920X-RAY DIFFRACTION99.74
3.53-4.040.23091570.17422929X-RAY DIFFRACTION99.07
4.04-5.080.2071570.15422934X-RAY DIFFRACTION99.01
5.08-56.980.23731830.19043095X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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