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- PDB-7nqd: Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nqd | ||||||||||||
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Title | Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinitoga sp. 1137 | ||||||||||||
![]() | TPR_REGION domain-containing protein | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / AEP Archaeo-Eukaryotic Primase Apo Prim-Pol Primase-Polymerase Primase Polymerase | ||||||||||||
Function / homology | Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / GTP binding / metal ion binding / Uncharacterized protein![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, A.W.H. / Doherty, A.J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis. Authors: Li, A.W.H. / Zabrady, K. / Bainbridge, L.J. / Zabrady, M. / Naseem-Khan, S. / Berger, M.B. / Kolesar, P. / Cisneros, G.A. / Doherty, A.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 144.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 432.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nqeC ![]() 7nqfC ![]() 7p9jC ![]() 7qazC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.161212573714, -0.949905996525, 0.267748209783), (-0.904488166652, -0.250749387892, -0.345001305589), (0.394856508701, -0.186556538982, -0.899602687468)Vector: 40. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.161212573714, -0.949905996525, 0.267748209783), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 26197.076 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 0.1M PCTP 25% PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 4, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.97→45.79 Å / Num. obs: 12181 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.75 % / Biso Wilson estimate: 79.5 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.237 / Net I/σ(I): 8.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.97→3.02 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.752 / Num. unique obs: 605 / CC1/2: 0.3 / Rpim(I) all: 0.717 / Rrim(I) all: 1.896 / % possible all: 99.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 73.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.97→45.79 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.932048685477 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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