PDB-7qar: Serial crystallography structure of cofactor-free urate oxidase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qar

タイトル

Serial crystallography structure of cofactor-free urate oxidase in complex with the 5-peroxo derivative of 9-methyl uric acid at room temperature

要素

Uricase

尿酸オキシダーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / COFACTOR-FREE OXIDASE /

REACTION INTERMEDIATE (反応中間体) / SERIAL CRYSTALLOGRAPHY /

DIOXYGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleobase catabolic process /

urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process /

ペルオキシソーム
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bui, S. / Catapano, L. / Zielinski, K. / Yefanov, O. / Murshudov, G.N. / Oberthuer, D. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Rapid and efficient room-temperature serial synchrotron crystallography using the CFEL TapeDrive.
著者: Zielinski, K.A. / Prester, A. / Andaleeb, H. / Bui, S. / Yefanov, O. / Catapano, L. / Henkel, A. / Wiedorn, M.O. / Lorbeer, O. / Crosas, E. / Meyer, J. / Mariani, V. / Domaracky, M. / White, ...

履歴

登録	2021年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qar.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qar.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zpvC 7zq0C 8af4C 8af5C 8af6C 8af7C 8af8C 4cw2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6)

登録構造単位

AAA: Uricase

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Uricase

ヘテロ分子

AAA: Uricase

ヘテロ分子

AAA: Uricase

ヘテロ分子

AAA: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
138 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.790, 96.030, 105.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-626- HOH
2	1	AAA-627- HOH

#1: タンパク質	Uricase / 尿酸オキシダーゼ / Urate oxidase 分子量: 34288.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-XDS / (5S)-5-(dioxidanyl)-9-methyl-7H-purine-2,6,8-trione 分子量: 214.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆N₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7.6 / 詳細: TRIS-ACETATE, PEG 8000, MUA,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→17.07 Å / Num. obs: 18280 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 28.2 % / CC_1/2: 0.849 / CC star: 0.958 / R split: 0.3668 / Net I/σ(I): 2.44
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 20.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 1796 / CC_1/2: 0.225 / CC star: 0.606 / R split: 1.9369 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CW2

4cw2

解像度: 2.3→17.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 14.576 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2661	919	5.027 %
R_work	0.2182	17361	-
all	0.221	-	-
obs	-	18280	99.64 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.703 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.332 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.446 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.886 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→17.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2359	0	15	127	2501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.009	0.01	3299
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.388	1.647	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.438	1.584	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.931	5	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.473	23.015	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.087	15	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.027	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	374
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.123	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.612	3.834	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.611	3.83	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.809	5.749	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.81	5.755	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.522	3.99	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.522	3.99	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.67	5.892	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.67	5.892	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.195	73.501	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.194	73.521	4968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.359	0.348	60	0.366	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.9251
2.359-2.423	0.394	77	0.369	1193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.492	0.417	58	0.359	1204	X-RAY DIFFRACTION	99.9208
2.492-2.567	0.389	69	0.351	1144	X-RAY DIFFRACTION	100
2.567-2.65	0.401	57	0.352	1132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.741	0.417	54	0.316	1087	X-RAY DIFFRACTION	100
2.741-2.843	0.343	65	0.325	1042	X-RAY DIFFRACTION	99.9097
2.843-2.956	0.286	45	0.281	1014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.956-3.085	0.31	60	0.258	969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.085-3.231	0.301	51	0.23	932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.231-3.401	0.231	45	0.192	910	X-RAY DIFFRACTION	100
3.401-3.601	0.241	36	0.179	837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.601-3.841	0.227	42	0.166	803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.841-4.136	0.203	37	0.149	750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.136-4.511	0.191	38	0.129	711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.511-5.012	0.151	31	0.124	628	X-RAY DIFFRACTION	100
5.012-5.727	0.18	33	0.14	571	X-RAY DIFFRACTION	100
5.727-6.875	0.233	20	0.169	504	X-RAY DIFFRACTION	100
6.875-9.193	0.201	27	0.158	397	X-RAY DIFFRACTION	100
9.193-17.07	0.243	14	0.185	259	X-RAY DIFFRACTION	91.9192

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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