PDB-7qao: Three-dimensional structure of the PGAM5 C12S mutant TMD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qao

タイトル

Three-dimensional structure of the PGAM5 C12S mutant TMD

要素

Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PARL / MITOCHONDRIA

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cold-induced thermogenesis / Receptor Mediated Mitophagy / positive regulation of mitochondrial fission / protein-serine/threonine phosphatase / necroptotic process / protein serine/threonine phosphatase activity / Regulation of pyruvate metabolism / macroautophagy / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Silber, M. / Muhle-Goll, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Cleavage of mitochondrial homeostasis regulator PGAM5 by the intramembrane protease PARL is governed by transmembrane helix dynamics and oligomeric state.
著者: Siebert, V. / Silber, M. / Heuten, E. / Muhle-Goll, C. / Lemberg, M.K.

履歴

登録	2021年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年9月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qao.cif.gz	212.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qao.ent.gz	179.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qao_validation.pdf.gz	370.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qao_full_validation.pdf.gz	382.8 KB	表示
XML形式データ	7qao_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	7qao_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/7qao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qalC 7qamC 7qapC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34682Three-dimensional structure of the PGAM5 C12S mutant TMD

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (4)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (4)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial

3.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial / Bcl-XL-binding protein v68 / Phosphoglycerate mutase family member 5 分子量: 3288.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q96HS1, protein-serine/threonine phosphatase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.5 mM PGAM5 C12S, trifluoroethanol/water / Label: C12S / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: PGAM5 C12S / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 1 Not defined / Label: C12S / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger A. T. et.al.	精密化
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	CCPN	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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