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- PDB-7qa0: Crystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qa0
タイトルCrystal structure of PqsR (MvfR) ligand-binding domain in complex with compound 1456
要素Multiple virulence factor regulator MvfR
キーワードGENE REGULATION / QUORUM SENSING / LYSR-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / PSEUDOMONAS / 2 QUINOLONE SIGNALING SYSTEM / LTTR / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transmembrane transport / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9ZL / Multiple virulence factor regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Schmelz, S. / Blankenfeldt, W.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Ssrn / 年: 2024
タイトル: Discovery and Optimization of Thiazole-Based Quorum Sensing Inhibitors as Potent Blockers of Pseudomonas Aeruginosa Pathogenicity
著者: Abdelsamie, A.S. / Hamed, M.M. / Schutz, C. / Rohrig, T. / Kany, A.M. / Schmelz, S. / Blankenfeldt, W. / Hirsch, A.K.H. / Hartmann, R.W. / Empting, M.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multiple virulence factor regulator MvfR
B: Multiple virulence factor regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3714
ポリマ－74,5152
非ポリマー8562
水1267
1
A: Multiple virulence factor regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6852
ポリマ－37,2571
非ポリマー4281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Multiple virulence factor regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6852
ポリマ－37,2571
非ポリマー4281
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.131, 119.824, 114.033
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 93 through 95 or (resid 96...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 93 through 152 or (resid 153...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGSERA1 - 107
d_12ens_1ASNPHEA114 - 149
d_13ens_1GLUARGA151 - 205
d_21ens_1ARGPHEB1 - 143
d_22ens_1GLUARGB145 - 199

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.239074388623, -0.967483884886, -0.0825734169725), (-0.967745331891, 0.230451389557, 0.101789634322), (-0.0794506721729, 0.104245333407, -0.991373038343)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.239074388623, -0.967483884886, -0.0825734169725), (-0.967745331891, 0.230451389557, 0.101789634322), (-0.0794506721729, 0.104245333407, -0.991373038343)
ベクター: -61.6998989668, -50.2557962088, 25.8316733819)

-
要素

#1: タンパク質 Multiple virulence factor regulator MvfR / Transcriptional regulator MvfR


分子量: 37257.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: mvfR, PA1003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X0
#2: 化合物 ChemComp-9ZL / ~{N}-[[2-(3-chloranyl-4-propan-2-yloxy-phenyl)-1,3-thiazol-5-yl]methyl]-2-(trifluoromethyl)pyridin-4-amine


分子量: 427.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17ClF3N3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.5 M LiCl 125 mM MgAcet 0.1 M MES pH 6.6 Protein: 6.5 mg/ml Compound: 2 mM Cryoprotectant: 20% 2,3-butanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→60.1 Å / Num. obs: 10949 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 71.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.67→2.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 547 / CC1/2: 0.43 / Rpim(I) all: 0.58

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROC20190301data processing
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
autoPROC20190301データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q7V

2q7v


解像度: 2.67→54.57 Å / SU ML: 0.2363 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 497 4.54 %
Rwork0.2364 10446 -
obs0.2385 10943 50.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→54.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3078 0 56 7 3141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00753201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96954371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0578513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8118445
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.4887577927 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.940.5922230.4519467X-RAY DIFFRACTION9.24
2.94-3.370.3289490.34391248X-RAY DIFFRACTION24.28
3.37-4.240.31341690.25823460X-RAY DIFFRACTION67.52
4.24-54.570.26042560.21655271X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.705338282360.1528203991880.7853570252411.581771990560.06026048690121.30876630192-0.1116515346360.05344222957310.09965341870240.0977384925136-0.0535929605714-0.6092821682610.01350378989490.279413459027-0.226443310377-0.1111293301530.3866221682760.0839679763040.01684069066630.0752644427530.292724889223-18.995903907-9.818846471053.03865976441
22.538183968121.411765823260.5950309761232.662299780791.028425102622.53370634405-0.2096772138830.122544189341-0.6143461600580.06997370786180.13699839954-0.3163527490360.430708490351-0.358584536990.008626938812290.294269251030.0021861031890.09729490097060.1295990072310.1260129296130.194474408002-32.9895563539-26.71861813271.16824941441
31.340703328021.73858608717-0.147516532473.89905742415-2.602830747083.577801216610.0651536868315-0.330996028189-0.2611531023740.505963913409-0.0774419138868-0.6162623505050.1069534158590.156822600420.1215523630760.720309750409-0.08404732732480.2618149753570.505430599491-0.04065297061870.499811970987-27.0234768103-31.0869022412-1.84943436975
40.3855712239320.445122484753-0.3708972132761.561445262650.06958019709850.992436938787-0.129920285810.34837532620.08815678904370.1125806486370.285228024796-0.0132943123992-0.430122522149-0.12055580031-0.01021425711310.1498253361660.0584682020459-0.06878627421660.3501752701340.0782701469216-0.0156727544689-32.3815559433-15.17093708882.62604683219
52.920943433390.57709433804-0.8396686566480.78321983647-0.07929396904371.745525728680.19869743436-0.116435717970.487348889310.0159317497489-0.2611134205760.378521620756-0.267570221218-0.838342434888-0.1199391818690.4700213818540.1020848247710.3327368639970.890752465899-0.08431697931520.357287529063-51.6038352684-29.070672488723.7655496783
61.945552783120.672817762711-1.152786240770.6461862758140.005064689870641.200926112150.06363664118540.2568837229810.0211450099784-0.0572472765582-0.09798309644340.08418109785150.0331058280625-0.6445234106310.06354510093640.0990294956833-0.08812763730460.3528586151740.740214055953-0.1941886266740.145133359744-45.4436340505-36.641867688624.4145071712
70.34920680896-0.161829699099-0.05767728264890.892409862835-0.410845030181.97048898889-0.2564737686540.144783403795-0.05687501434270.3241537132660.146745917113-0.183064712073-0.18860191250.0603753138252-0.1250604018330.277345537460.02373709894650.1331372576030.241267175324-0.170473274705-0.29041048321-36.1458998365-28.789727450821.4945403977
82.256114683511.44187930633-0.3218959056321.51732283996-0.811833103221.55467033268-0.026588641830.2282458351790.2678095125820.150560043247-0.330445090663-0.59560856132-0.5144353992740.5141939511420.174334303460.567850440742-0.0511963325027-0.3230812979240.8092077060820.2613860337140.524334175143-20.6304121127-23.971326115426.0524224038
90.799145829027-0.6996151436470.7839716231850.849552324704-1.04143704762.12680380284-0.01884419009610.003331032009250.1009534856780.124202787449-0.152911956321-0.178803853485-0.1603223982270.2601466336030.1365491118850.67178580692-0.104853150544-0.5344006343090.09831488677670.444056941642-0.00317042016194-28.5946419085-27.235547992536.6823308894
100.7088303036280.0650164207683-0.001828222749361.21293698131-0.9156387729440.6916895750160.1707259137-0.190690536220.2021456608910.67359722268-0.177827881033-0.0698494503012-0.3997987394710.00408568067444-0.06172450374691.08655513533-0.0256342674516-0.0658475727060.1980450603510.03244043360340.151836374527-32.0187731525-15.745799742529.3712757068
112.87092952235-1.49106309096-0.7547849110793.69117540816-2.100889090563.38957407130.3863753840310.280890706557-0.0678744034056-0.594758265522-0.202348939460.7441491473690.0710443512163-1.387150751150.1140070300280.3260578739950.164008173391-0.03611373886320.916513808132-0.140037770490.168465409099-49.4911586489-27.437464541414.1565620185
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 93 through 148 )AA93 - 1481 - 56
22chain 'A' and (resid 149 through 202 )AA149 - 20257 - 110
33chain 'A' and (resid 203 through 220 )AA203 - 220111 - 128
44chain 'A' and (resid 221 through 298 )AA221 - 298129 - 206
55chain 'B' and (resid 93 through 118 )BB93 - 1181 - 26
66chain 'B' and (resid 119 through 137 )BB119 - 13727 - 45
77chain 'B' and (resid 138 through 180 )BB138 - 18046 - 88
88chain 'B' and (resid 181 through 214 )BB181 - 21489 - 116
99chain 'B' and (resid 215 through 233 )BB215 - 233117 - 135
1010chain 'B' and (resid 234 through 264 )BB234 - 264136 - 166
1111chain 'B' and (resid 265 through 297 )BB265 - 297167 - 199

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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