PDB-7q9x: Crystal structure of Chromobacterium violaceum aminotransferase i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q9x

タイトル

Crystal structure of Chromobacterium violaceum aminotransferase in complex with PLP-pyruvate adduct

要素

Probable aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Transaminase / inhibition / pyridoxal phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chromobacterium violaceum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Sayer, C. / Littlechild, J.A.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Aminotransferase from Chromobacterium violaceum in complex with PLP-pyruvate adduct.
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Sayer, C. / Littlechild, J.A.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q9x.cif.gz	440 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q9x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q9x_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q9x_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	7q9x_validation.xml.gz	89.5 KB	表示
CIF形式データ	7q9x_validation.cif.gz	135.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q9zC 4ba4S 4ah3 4ba5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Probable aminotransferase

BBB: Probable aminotransferase

CCC: Probable aminotransferase

DDD: Probable aminotransferase

ヘテロ分子

223 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Probable aminotransferase

BBB: Probable aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
112 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Probable aminotransferase

DDD: Probable aminotransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.330, 61.380, 116.480
Angle α, β, γ (deg.)	103.560, 89.380, 105.420
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 5 - 459 / Label seq-ID: 39 - 493

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	1	1	BBB	B
3	2	2	AAA	A
4	2	2	CCC	C
5	3	3	AAA	A
6	3	3	DDD	D
7	4	4	BBB	B
8	4	4	CCC	C
9	5	5	BBB	B
10	5	5	DDD	D
11	6	6	CCC	C
12	6	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Probable aminotransferase 分子量: 54832.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア) 株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757 遺伝子: CV_2025 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q7NWG4, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase

#1: タンパク質

Probable aminotransferase

分子量: 54832.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: CV_2025 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: Q7NWG4, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase

-
非ポリマー , 7種, 2121分子

#2: 化合物	ChemComp-AN7 / (3E)-4-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}-2-oxobut-3-enoic acid 分子量: 317.189 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	... ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.12 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 12.5% PEG 8000 and 50 mM HEPES pH 7.5 10 mM PLP, 5 mM pyruvate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.43 Å / Num. obs: 156999 / % possible obs: 76.1 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 3529 / CC_1/2: 0.861 / % possible all: 23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ba4

4ba4

解像度: 1.6→39.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2612	7878	5.018 %
R_work	0.2273	149118	-
all	0.229	-	-
obs	-	156996	76.103 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14296	0	213	2031	16540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	15572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	1.638	21238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.894	5	2037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.102	21.099	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.417	15	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.685	15	131
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12265
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	8550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	10435
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.29	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.326	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.225	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.01	3.989	7516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.667	6.712	9450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.254	4.488	8056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.043	7.388	11678
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.767	24.18	26573
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.071	0.05	15789
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.057	0.05	15972
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.07	0.05	15794
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.078	0.05	15835
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.066	0.05	15991
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	15899

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07059	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07059	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05674	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05674	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07047	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07047	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07793	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07793	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06626	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06626	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07051	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07051	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.346	172	0.367	3354	X-RAY DIFFRACTION	23.0397
1.642-1.687	0.356	208	0.358	4272	X-RAY DIFFRACTION	30.2539
1.687-1.736	0.342	275	0.339	5290	X-RAY DIFFRACTION	38.3793
1.736-1.789	0.317	334	0.318	6411	X-RAY DIFFRACTION	48.0071
1.789-1.848	0.343	435	0.326	7822	X-RAY DIFFRACTION	60.584
1.848-1.912	0.367	517	0.305	10230	X-RAY DIFFRACTION	81.8632
1.912-1.984	0.299	615	0.282	11629	X-RAY DIFFRACTION	96.2125
1.984-2.065	0.285	558	0.263	11211	X-RAY DIFFRACTION	96.5226
2.065-2.157	0.295	542	0.239	10836	X-RAY DIFFRACTION	96.8505
2.157-2.262	0.269	554	0.233	10298	X-RAY DIFFRACTION	97.1444
2.262-2.384	0.264	535	0.227	9862	X-RAY DIFFRACTION	97.3137
2.384-2.529	0.26	489	0.217	9345	X-RAY DIFFRACTION	97.5789
2.529-2.703	0.273	478	0.215	8759	X-RAY DIFFRACTION	97.6737
2.703-2.919	0.254	445	0.204	8216	X-RAY DIFFRACTION	97.8202
2.919-3.197	0.247	397	0.193	7560	X-RAY DIFFRACTION	98.1497
3.197-3.573	0.208	390	0.182	6807	X-RAY DIFFRACTION	98.2123
3.573-4.123	0.227	327	0.181	6017	X-RAY DIFFRACTION	98.1587
4.123-5.043	0.211	278	0.187	5098	X-RAY DIFFRACTION	97.9592
5.043-7.105	0.227	231	0.212	3930	X-RAY DIFFRACTION	98.8596
7.105-39.43	0.228	98	0.238	2171	X-RAY DIFFRACTION	95.8193

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