PDB-7q9b: MHC Class I A02 Allele presenting EAAGIGILTV, in complex with Mel8 TCR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q9b

タイトル

MHC Class I A02 Allele presenting EAAGIGILTV, in complex with Mel8 TCR

要素

(Human T Cell Receptor Mel8, ...) x 2
Beta-2-microglobulin
GLU-ALA-ALA-GLY-ILE-GLY-ILE-LEU-THR-VAL
MHC class I antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Melanoma epitope / Autoimmunity

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.24 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. / Wall, A. / Fuller, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Targeting of multiple tumor-associated antigens by individual T cell receptors during successful cancer immunotherapy.
著者: Dolton, G. / Rius, C. / Wall, A. / Szomolay, B. / Bianchi, V. / Galloway, S.A.E. / Hasan, M.S. / Morin, T. / Caillaud, M.E. / Thomas, H.L. / Theaker, S. / Tan, L.R. / Fuller, A. / Topley, K. ...

履歴

登録	2021年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q9b.cif.gz	629.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q9b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/7q9b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q98C 7q99C 7q9aC 7zucC 3hg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: MHC class I antigen

BBB: Beta-2-microglobulin

CCC: GLU-ALA-ALA-GLY-ILE-GLY-ILE-LEU-THR-VAL

DDD: Human T Cell Receptor Mel8, Alpha Chain

EEE: Human T Cell Receptor Mel8, Beta Chain

FFF: MHC class I antigen

GGG: Beta-2-microglobulin

HHH: GLU-ALA-ALA-GLY-ILE-GLY-ILE-LEU-THR-VAL

III: Human T Cell Receptor Mel8, Alpha Chain

JJJ: Human T Cell Receptor Mel8, Beta Chain

ヘテロ分子

187 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.972, 53.645, 203.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.333, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	FFF
3	2	BBB
4	2	GGG
5	3	DDD
6	3	III
7	4	EEE
8	4	JJJ

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	AAA	A	1 - 275	1 - 275
2	2	1	GLY	GLY	GLU	GLU	FFF	F	1 - 275	1 - 275
3	3	2	MET	MET	MET	MET	BBB	B	0 - 99	1 - 100
4	4	2	MET	MET	MET	MET	GGG	G	0 - 99	1 - 100
5	5	3	GLN	GLN	PRO	PRO	DDD	D	1 - 189	1 - 189
6	6	3	GLN	GLN	PRO	PRO	III	I	1 - 189	1 - 189
7	7	4	ASN	ASN	ASP	ASP	EEE	E	1 - 245	1 - 245
8	8	4	ASN	ASN	ASP	ASP	JJJ	J	1 - 245	1 - 245

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AAAFFFBBBGGG

#1: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 31854.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5YJM1
#2: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CCCHHH

#3: タンパク質・ペプチド	GLU-ALA-ALA-GLY-ILE-GLY-ILE-LEU-THR-VAL 分子量: 943.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
Human T Cell Receptor Mel8, ... , 2種, 4分子 DDDIIIEEEJJJ

#4: タンパク質	Human T Cell Receptor Mel8, Alpha Chain 分子量: 21410.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質	Human T Cell Receptor Mel8, Beta Chain 分子量: 27563.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 55分子

#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.24→99.7 Å / Num. obs: 34992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.7 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.28 / R_pim(I) all: 0.22 / R_rim(I) all: 0.328 / Net I/σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 3.24→3.32 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.949 / Num. unique obs: 2579 / CC_1/2: 0.686 / R_pim(I) all: 0.719 / R_rim(I) all: 1.102 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HG1

3hg1

解像度: 3.24→99.686 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 89.445 / SU ML: 0.636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.575 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2765	1742	4.98 %
R_work	0.2264	33241	-
all	0.229	-	-
obs	-	34983	99.894 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.525 Å²	0 Å²	-0.611 Å²
2-	-	-1.764 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.355 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.24→99.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13160	0	8	53	13221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	13521
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	12057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.651	18371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.126	1.582	27796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.226	5	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.518	22.277	786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.074	15	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.531	15	94
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	15588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	12088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	5975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	7043
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.034	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.043	0.402	6562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.043	0.401	6561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.081	0.602	8185
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.081	0.602	8186
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.022	0.402	6959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.022	0.402	6960
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.042	0.6	10186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.042	0.601	10187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.266	4.435	14405
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.266	4.434	14403
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	8481
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.111	0.05	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.166	0.05	4795
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.147	0.05	6958

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10355	0.05009
1	2	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10355	0.05009
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11086	0.05008
2	4	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11086	0.05008
3	5	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16554	0.05008
3	6	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.16554	0.05008
4	7	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14714	0.05009
4	8	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14714	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.24-3.324	0.333	103	0.334	2459	0.334	2575	0.716	0.705	99.4951	0.333
3.324-3.415	0.358	116	0.301	2330	0.304	2449	0.704	0.782	99.8775	0.299
3.415-3.514	0.368	135	0.302	2290	0.306	2425	0.786	0.784	100	0.298
3.514-3.622	0.312	114	0.285	2237	0.286	2351	0.772	0.805	100	0.283
3.622-3.741	0.311	100	0.26	2176	0.262	2277	0.853	0.868	99.9561	0.255
3.741-3.872	0.32	89	0.242	2156	0.245	2245	0.83	0.88	100	0.239
3.872-4.018	0.312	114	0.234	2005	0.238	2119	0.86	0.881	100	0.232
4.018-4.181	0.219	91	0.208	1996	0.208	2087	0.915	0.91	100	0.207
4.181-4.367	0.253	96	0.188	1877	0.191	1974	0.901	0.92	99.9493	0.189
4.367-4.58	0.226	96	0.176	1795	0.179	1891	0.926	0.93	100	0.179
4.58-4.827	0.199	95	0.165	1699	0.166	1795	0.934	0.948	99.9443	0.168
4.827-5.119	0.28	108	0.191	1604	0.197	1713	0.895	0.923	99.9416	0.199
5.119-5.471	0.316	70	0.196	1556	0.201	1626	0.897	0.923	100	0.201
5.471-5.908	0.279	72	0.206	1457	0.21	1529	0.91	0.922	100	0.208
5.908-6.47	0.272	63	0.215	1296	0.218	1362	0.897	0.914	99.7797	0.213
6.47-7.23	0.273	62	0.198	1210	0.202	1272	0.916	0.929	100	0.198
7.23-8.341	0.248	75	0.176	1047	0.181	1125	0.938	0.946	99.7333	0.18
8.341-10.197	0.235	57	0.186	913	0.189	974	0.938	0.953	99.5893	0.194
10.197-14.346	0.225	44	0.191	721	0.193	765	0.951	0.955	100	0.207
14.346-99.686	0.235	42	0.33	416	0.321	458	0.918	0.875	100	0.441

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1019	1.3834	0.4988	3.9588	1.3354	3.0616	0.1259	0.005	0.2	-0.104	-0.1757	-0.2432	-0.0533	0.0474	0.0498	0.9606	0.0102	-0.3196	0.0138	0.0224	0.1761	18.5384	29.3377	24.4178
2	7.0277	-0.3031	-4.3248	2.6492	-1.364	6.8289	0.1455	1.0007	0.2265	-0.3604	-0.0859	-0.7717	-0.088	0.3582	-0.0596	1.0674	0.0635	-0.179	0.4292	-0.0943	0.4019	25.2513	36.6993	-9.8145
3	5.3211	-0.8072	4.5689	4.3256	-0.7343	7.0914	0.1199	0.0086	0.0766	0.2226	-0.0815	0.1198	-0.1688	-0.1019	-0.0384	0.7901	0.0232	-0.2026	0.0088	-0.0227	0.1868	12.3984	47.9468	5.2698
4	0.8079	1.146	-1.8099	2.7534	-4.2261	8.4644	0.0431	0.0645	-0.123	-0.336	-0.1234	0.0379	0.4035	-0.1777	0.0804	0.8596	0.0315	-0.2809	0.1135	-0.0678	0.3376	13.9103	6.3199	45.1598
5	9.1599	-1.6124	-0.1379	3.1023	0.9499	3.9143	-0.0478	-0.2483	-0.485	0.3124	-0.077	0.7262	0.1405	-0.6776	0.1248	1.0499	-0.0559	-0.1646	0.3116	0.1089	0.4719	1.3478	-6.4651	71.7544
6	7.4642	0.6372	-3.3626	3.5718	-0.1719	3.9056	-0.0688	-0.1004	0.0488	0.1615	0.1152	0.4196	-0.1985	-0.3012	-0.0465	0.9209	0.0699	-0.2987	0.1403	0.021	0.2032	2.4869	26.0935	48.65
7	5.3788	-2.656	1.4349	3.8675	-2.355	2.1897	-0.0834	-0.3147	0.2654	0.3284	0.0999	0.2161	-0.0904	-0.5289	-0.0165	1.2721	-0.0027	-0.1655	0.3367	-0.0943	0.324	-0.0093	9.838	74.2899
8	2.3973	-0.4106	-0.7797	4.5978	-0.9591	3.1851	0.0631	0.1003	0.219	-0.0357	-0.1969	0.0058	0.0243	-0.0619	0.1339	0.9978	0.0189	-0.3378	0.0258	-0.0184	0.175	33.8144	19.2993	72.043
9	7.2331	-0.738	-2.8295	4.2909	0.9401	3.5708	-0.3222	-0.7239	0.0367	0.9037	0.0871	1.3202	0.3157	-1.1817	0.2351	1.2739	-0.1444	-0.0876	1.0032	0.0177	0.5554	15.103	26.51	101.9421
10	1.5966	-0.6048	1.7653	1.9781	1.0882	7.8821	0.0671	-0.2211	0.2094	-0.1212	-0.1144	-0.1676	-0.1225	0.1567	0.0473	0.8193	-0.0532	-0.2038	0.1472	0.0151	0.3273	32.6364	37.8032	92.2072
11	3.1299	-1.8214	-4.887	4.5933	3.3495	7.9184	-0.2252	0.0917	-0.513	0.1432	-0.2551	-0.0996	0.336	0.0078	0.4803	0.9427	-0.1021	-0.2553	0.2294	-0.1341	0.5671	44.3692	-4.0799	53.9103
12	6.7522	4.4737	2.416	4.8023	0.4447	4.8346	-0.3813	-0.0002	-0.7237	0.0933	0.0128	-0.2355	0.5931	0.2365	0.3684	1.4576	0.0504	0.1479	0.6351	-0.0492	1.0499	65.5554	-17.5711	34.5922
13	8.7238	-0.9912	-1.7336	0.7019	0.2549	2.9017	0.0112	-0.0194	0.5187	-0.0492	-0.01	-0.2993	-0.0226	0.2848	-0.0012	0.792	-0.0502	-0.1236	0.3316	-0.0009	0.524	57.3171	15.0195	54.8869
14	3.2445	0.5773	1.1838	2.8278	3.6142	5.3687	-0.2266	0.1607	-0.2236	-0.1336	0.1422	-0.1968	0.3419	0.5239	0.0843	1.2041	-0.0431	-0.0664	0.4799	0.171	0.7399	69.138	-1.9589	32.2153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	CCC	1 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	181 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	BBB	1 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	1 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	DDD	114 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	EEE	1 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	EEE	113 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	FFF	1 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	HHH	1 - 10
11	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	FFF	181 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	GGG	1 - 99
13	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	III	1 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	III	114 - 190
15	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	JJJ	1 - 112
16	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	JJJ	113 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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