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万見
- PDB-7q8y: Crystal structure of TTBK2 in complex with VNG2.73 (compound 42) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q8y
タイトルCrystal structure of TTBK2 in complex with VNG2.73 (compound 42)
要素Tau-tubulin kinase 2
キーワードTRANSFERASE / kinase / TTBK2 / tau tubulin kinase / kinase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule binding / negative regulation of protein localization to microtubule / cerebellar granular layer development / cerebellar granule cell precursor tangential migration / ciliary transition zone / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / smoothened signaling pathway / tau-protein kinase activity / kinesin binding ...negative regulation of microtubule binding / negative regulation of protein localization to microtubule / cerebellar granular layer development / cerebellar granule cell precursor tangential migration / ciliary transition zone / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule plus-end binding / smoothened signaling pathway / tau-protein kinase activity / kinesin binding / cilium assembly / regulation of cell migration / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / cerebellum development / ciliary basal body / tau protein binding / microtubule cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9IV / PHOSPHATE ION / Tau-tubulin kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Nozal, V. / Martinez, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: TDP-43 Modulation by Tau-Tubulin Kinase 1 Inhibitors: A New Avenue for Future Amyotrophic Lateral Sclerosis Therapy.
著者: Nozal, V. / Martinez-Gonzalez, L. / Gomez-Almeria, M. / Gonzalo-Consuegra, C. / Santana, P. / Chaikuad, A. / Perez-Cuevas, E. / Knapp, S. / Lietha, D. / Ramirez, D. / Petralla, S. / Monti, B. ...著者: Nozal, V. / Martinez-Gonzalez, L. / Gomez-Almeria, M. / Gonzalo-Consuegra, C. / Santana, P. / Chaikuad, A. / Perez-Cuevas, E. / Knapp, S. / Lietha, D. / Ramirez, D. / Petralla, S. / Monti, B. / Gil, C. / Martin-Requero, A. / Palomo, V. / de Lago, E. / Martinez, A.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tau-tubulin kinase 2
B: Tau-tubulin kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9898
ポリマ－68,9352
非ポリマー1,0536
水13,313739
1
A: Tau-tubulin kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9944
ポリマ－34,4681
非ポリマー5273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tau-tubulin kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9944
ポリマ－34,4681
非ポリマー5273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.861, 114.745, 120.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 7 - 298 / Label seq-ID: 8 - 299

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Tau-tubulin kinase 2


分子量: 34467.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTBK2, KIAA0847 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: Q6IQ55, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-9IV / ~{N}-[4-(2-chloranylphenoxy)phenyl]-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 336.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13ClN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M Na/K phosphate pH 7, 5% Glycerol, 0.1M tris 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.36 Å / Num. obs: 102766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.6410.80.8922.575370.7880.2980.988100
7.16-46.369.60.03613060.9990.0120.03899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6u0k

6u0k


解像度: 1.6→46.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.982 / SU ML: 0.053 / SU R Cruickshank DPI: 0.0794 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 5014 4.9 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.179 97667 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.16 Å2 / Biso mean: 19.081 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→46.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4761 0 92 739 5592
Biso mean--29.68 34.72 -
残基数----587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.6396798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4481.59611069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3865611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00220.205293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28915914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8081553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021287
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9381 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 394 -
Rwork0.266 7133 -
all-7527 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09820.3287-0.67250.818-0.44471.7683-0.01120.0474-0.0802-0.0228-0.02160.07070.0563-0.05730.03280.00610.0051-0.0020.0139-0.00990.018725.4491-31.923140.9774
21.1141-0.0689-0.05822.11060.26671.0646-0.01570.10590.0316-0.1892-0.05520.1316-0.0542-0.04110.07090.04390.0320.00160.04440.01610.022232.1896-22.821822.6168
34.14850.3871-0.61043.9333-1.8423.7734-0.0625-0.1336-0.18550.09420.07560.06860.1292-0.2145-0.01310.02810.0119-0.00110.04290.00050.01262.786919.64366.066
40.7459-0.229-0.20051.46540.29670.96090.00960.0112-0.0641-0.00690.03440.02720.0958-0.0873-0.0440.017-0.0077-0.01750.01680.00280.026617.38960.8196-2.487
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2A177 - 299
3X-RAY DIFFRACTION3B7 - 58
4X-RAY DIFFRACTION4B59 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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