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- PDB-7q8t: Crystal structure of NAMPT bound to ligand TSY535(compound 9a) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q8t
タイトルCrystal structure of NAMPT bound to ligand TSY535(compound 9a)
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Activator / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / cell junction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade ...: / nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / circadian rhythm / cell junction / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9IY / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kraemer, A. / Tang, S. / Butterworth, S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
The Structural Genomics Consortium (SGC) カナダ
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2023
タイトル: Chemistry-led investigations into the mode of action of NAMPT activators, resulting in the discovery of non-pyridyl class NAMPT activators.
著者: Tang, S. / Garzon Sanz, M. / Smith, O. / Kramer, A. / Egbase, D. / Caton, P.W. / Knapp, S. / Butterworth, S.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6546
ポリマ－112,3052
非ポリマー1,3494
水13,529751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.101, 108.253, 83.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 483 / Label seq-ID: 14 - 489

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 homolog / PBEF / Visfatin


分子量: 56152.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nampt, Pbef1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99KQ4, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-9IY / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-3,4-bis(oxidanyl)-5-[4-[[[4-(phenylsulfonyl)phenyl]carbamoylamino]methyl]phenyl]oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 578.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N2O10PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 22% PEG 3350 0.1M NaCl 0.1M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.99 Å / Num. obs: 54298 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 148915 / Scaling rejects: 587
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Num. unique obs: 4629 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.314 / Rrim(I) all: 0.546 / % possible all: 96.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GVL

2gvl


解像度: 2.15→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 7.592 / SU ML: 0.194 / SU R Cruickshank DPI: 0.3377 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 2659 4.9 %RANDOM
Rwork0.2277 ---
obs0.2296 51615 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.92 Å2 / Biso mean: 16.858 Å2 / Biso min: 3.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.62 Å2-0 Å20.16 Å2
2---2.46 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→47.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7365 0 88 751 8204
Biso mean--26.64 24.64 -
残基数----930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0137631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.64110369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1161.58616177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4645926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69523.678367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.214151278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5251527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021565
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15160 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 198 -
Rwork0.264 4018 -
all-4216 -
obs--96.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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