PDB-7q8e: Crystal Structure of the MurT-GatD Enzyme Complex from Staphyloco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q8e

タイトル

Crystal Structure of the MurT-GatD Enzyme Complex from Staphylococcus aureus COL strain

要素

Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD
Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

キーワード

LIGASE / Essential Glutamine Amidotransferase / Glutaminase/Ligase / Bacterial Peptidoglycan Amidation.

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing) / carbon-nitrogen ligase activity on lipid II / acid-amino acid ligase activity / glutaminase / cobalamin biosynthetic process / glutaminase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.90001720351 Å

データ登録者

Leisico, F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.

資金援助

ポルトガル, 4件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	PD/BD/105737/2014	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDP/04378/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	UIDB/04378/2020	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	LA/P/0140/2020	ポルトガル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the MurT-GatD Enzyme Complex from Staphylococcus aureus COL strain
著者: Leisico, F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q8e.cif.gz	611.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q8e.ent.gz	423.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q8e_validation.pdf.gz	922 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q8e_full_validation.pdf.gz	929.5 KB	表示
XML形式データ	7q8e_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	7q8e_validation.cif.gz	59.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gs2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDM22associated SAS data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

C: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

B: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

D: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

B: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT

D: Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.094, 111.094, 112.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'A'	A	A	38 - 433	38 - 433
2	2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	chain 'C'	C	B	38 - 433	38 - 433
1	3	2	MET	MET	ARG	ARG	chain 'B'	B	C	1 - 243	1 - 243
2	4	2	MET	MET	ARG	ARG	chain 'D'	D	D	1 - 243	1 - 243

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit MurT 分子量: 49264.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: murT, SACOL1951 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2WZQ7, lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: タンパク質	Lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolyzing) subunit GatD / Lipid II isoglutaminyl synthase glutaminase subunit 分子量: 28539.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: gatD, SACOL1950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2WZ38, lipid II isoglutaminyl synthase (glutamine-hydrolysing), glutaminase
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 % (w/v) PEG 4,000, 100 mM Tris-HCl pH 8.5 and 200 mM MgCl2;

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.31 Å / Num. obs: 30388 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 62.9479579287 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 17 / Num. unique obs: 4366 / CC_1/2: 0.58 / R_pim(I) all: 0.696 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GS2

6gs2

解像度: 2.90001720351→49.3089437971 Å / SU ML: 0.442344360262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33648315019 / 位相誤差: 30.4477447237
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264522858175	1492	4.92539284299 %	Random selection
R_work	0.239532981111	28800	-	-
obs	0.2407687704	30292	99.7398834414 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.5780373074 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.90001720351→49.3089437971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10056	0	3	75	10134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00189648295016	10234
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.485692175315	13812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431131845102	1536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00437021896974	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4306144973	6168

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.90001720351-2.9936	0.395682099625	147	0.373500909402	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.70392302
2.9936-3.1006	0.433346645151	127	0.373963026892	2586	X-RAY DIFFRACTION	99.926335175
3.1006-3.2247	0.38623198422	115	0.332970485813	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.8903508772
3.2247-3.3714	0.327652217751	107	0.294058794241	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.7437774524
3.3714-3.5491	0.301374330838	169	0.266755050488	2543	X-RAY DIFFRACTION	99.9263080324
3.5491-3.7714	0.30753315531	165	0.252983689215	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.636627907
3.7714-4.0625	0.226286801653	141	0.234682985981	2597	X-RAY DIFFRACTION	99.8177178272
4.0625-4.4711	0.2448571071	94	0.208774184283	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.7464686708
4.4711-5.1175	0.23668146731	132	0.200818270557	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.5675675676
5.1175-6.4452	0.213696706521	141	0.227316364014	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.9287495547
6.4452-49.3089437971	0.208529165087	154	0.188473595469	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.31810433

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.16685300484	0.730924842503	0.322316357396	4.49757246277	0.743765019516	1.39271699818	0.0982107156907	0.243318345275	-0.399020912305	-0.387780522581	0.12865851149	-0.0219295676243	0.275913855177	0.0980260748818	-0.242836850437	0.45901733097	0.0220709387254	-0.104552283863	0.546139889366	-0.0824989196428	0.438214111636	43.0633960612	2.1321355802	1.7354449144
2	1.68455075131	1.05055020646	-0.253474117222	4.89245303552	-1.12297404953	1.03340701518	0.00754707588835	0.209136602398	0.277001137664	-0.354576702386	-0.0115326630367	1.02493668556	0.00932518829992	-0.0727689537616	0.0236855889776	0.443389685455	0.01824841325	-0.178505962332	0.568656850544	-0.0503364484011	0.832195608808	12.0166790723	-2.85883728025	3.91663369558
3	3.22216873245	-0.0551855803537	0.773528868597	3.69085844686	0.627315284881	3.65381419698	-0.0119977047627	-0.298873056589	0.0435976888713	0.562990996307	-0.339117933415	0.732004782955	0.213783691941	-0.510441838616	0.139641404661	0.53278221324	-0.074706817989	0.168716330844	0.451390037088	-0.122635674257	0.715491837248	31.1791296399	39.7694441053	26.8708801111
4	2.54953679936	-0.480666045887	0.100471383231	3.09823341662	0.698682949961	4.74813399914	-0.14744227291	-0.21338737091	0.204822591107	0.198866085787	0.00704669525074	0.154781037647	0.0422518869753	0.244677350172	0.176527578802	0.456391180208	0.0256395977064	0.00671901616716	0.417909025458	-0.0667837638243	0.732614494572	27.180566153	-40.5962909498	27.0000242424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 38 through 434)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'C' and resid 38 through 433)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'B' and resid 1 through 243)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 1 through 243)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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