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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q89 | ||||||
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タイトル | OleP mutant G92W in complex with 6DEB | ||||||
要素 | Cytochrome P-450 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / Oleandomicine / OleP / mutant / 6DEB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces antibioticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Vallone, B. / Exertier, C. / Freda, I. / Gugole, E. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021 タイトル: Point Mutations at a Key Site Alter the Cytochrome P450 OleP Structural Dynamics. 著者: Montemiglio, L.C. / Gugole, E. / Freda, I. / Exertier, C. / D'Auria, L. / Chen, C.G. / Nardi, A.N. / Cerutti, G. / Parisi, G. / D'Abramo, M. / Savino, C. / Vallone, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q89.cif.gz | 536.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q89.ent.gz | 447.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q89.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q89 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 45279.375 Da / 分子数: 6 / 変異: G92W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cytochrome P450 OleP mutant G92W 由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア) 遺伝子: oleP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59819 |
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-非ポリマー , 6種, 1507分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-DEB / #4: 化合物 | ChemComp-FMT / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium Formate 4.4M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→48.1 Å / Num. obs: 462764 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.08 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 227594 / CC1/2: 0.323 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5mns 解像度: 2.08→48.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.565 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.005 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.08→48.03 Å
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拘束条件 |
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