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- PDB-7q83: Crystal structure of S. cerevisiae Sso2 in complex with the pleck... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q83
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Sso2 in complex with the pleckstrin homology domain of Sec3
要素
  • Exocyst complex component SEC3
  • Protein SSO2
キーワードEXOCYTOSIS / exocyst / membrane trafficking / protein complex / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi vesicle fusion to target membrane / prospore membrane ...vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi vesicle fusion to target membrane / prospore membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / phosphatidic acid binding / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / endomembrane system / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain ...Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component Sec3, PIP2-binding N-terminal domain / : / Exocyst complex component Sec3, coiled-coil / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Exocyst complex component Sec3, C-terminal / Exocyst complex component SEC3 N-terminal PIP2 binding PH / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Exocyst complex component SEC3 / Protein SSO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Zhang, Y. / Dong, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号
Austrian Science FundP28231-B28 オーストリア
引用ジャーナル: Elife / : 2022
タイトル: Double NPY motifs at the N-terminus of the yeast t-SNARE Sso2 synergistically bind Sec3 to promote membrane fusion.
著者: Peer, M. / Yuan, H. / Zhang, Y. / Korbula, K. / Novick, P. / Dong, G.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exocyst complex component SEC3
B: Protein SSO2
C: Exocyst complex component SEC3
D: Protein SSO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0984
ポリマ-120,0984
非ポリマー00
7,530418
1
A: Exocyst complex component SEC3
B: Protein SSO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0492
ポリマ-60,0492
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
2
C: Exocyst complex component SEC3
D: Protein SSO2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0492
ポリマ-60,0492
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.961, 58.402, 83.286
Angle α, β, γ (deg.)104.284, 98.494, 113.198
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 Exocyst complex component SEC3 / Protein PSL1


分子量: 28513.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC3, PSL1, YER008C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33332
#2: タンパク質 Protein SSO2


分子量: 31535.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be aligned ...詳細: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be aligned to position 10-18 of the sample sequence.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSO2, YMR183C, YM8010.13C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39926
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.52 %
解説: Needle-shaped crystals by approximately 10, 10, and 100 micrometer
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.2 M ammonium acetate, and 30% (w/v) PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→19.95 Å / Num. obs: 40853 / % possible obs: 96.08 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1641 / Rpim(I) all: 0.09332 / Rrim(I) all: 0.1894 / Net I/σ(I): 6.73
反射 シェル解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3771 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.781 / Rpim(I) all: 0.636 / % possible all: 89.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M4Y
解像度: 2.19→19.95 Å / SU ML: 0.3097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.8861
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 2008 4.95 %
Rwork0.1967 38581 -
obs0.1988 40589 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5419 0 0 418 5837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00245507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4897414
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.6688714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.250.34931320.28882522X-RAY DIFFRACTION87.25
2.25-2.310.31381400.27072748X-RAY DIFFRACTION96.72
2.31-2.370.3031470.26182771X-RAY DIFFRACTION96.59
2.37-2.450.3091440.25332785X-RAY DIFFRACTION96.86
2.45-2.540.291490.24972772X-RAY DIFFRACTION96.18
2.54-2.640.32651430.23492740X-RAY DIFFRACTION96.78
2.64-2.760.27441390.22512744X-RAY DIFFRACTION95.5
2.76-2.910.25251470.212776X-RAY DIFFRACTION97.17
2.91-3.090.24011460.20452786X-RAY DIFFRACTION97.64
3.09-3.320.21521440.19282775X-RAY DIFFRACTION96.82
3.32-3.660.21411390.17462777X-RAY DIFFRACTION96.59
3.66-4.180.20711480.16122803X-RAY DIFFRACTION97.65
4.18-5.250.20961400.15462772X-RAY DIFFRACTION97.07
5.25-19.950.2071500.18072810X-RAY DIFFRACTION98.08
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.633796158722.751692341251.782879655393.713879800961.389375259943.30992900078-0.09353425473830.4090850646970.060918147395-0.3969206554880.0622350635006-0.100052045460.1731927008480.3061917090040.03512752121570.2589700304410.03642927518650.03823402217580.368197021018-0.03997572299040.30732892199816.9201918359-32.1361873799-60.6143324307
22.922136398012.86168910151.026592726635.911415327161.533921990631.0205840563-0.0485124466802-0.6176407161431.12391707834-0.0665740055682-0.129941930798-0.031588080962-0.8741339918750.3910525211080.2491999694140.466664843374-0.141814770382-0.08170237281330.595513638495-0.1132028665220.50430399774126.9628216415-18.6847631456-49.0177812826
32.075550271050.102583485897-0.09731291633351.83261346016-0.8225067761933.29067386756-0.07631686233810.2802971466750.1535315050060.008960788071790.1799874349860.154608013021-0.437770742965-0.582020252971-0.08879008171590.3070071474050.03388358533820.004189558323110.308055299020.02371809808360.2087376244713.10171566195-22.317458253-56.556979628
41.719464742080.0886155139851-0.5535636473921.30747375176-0.2367650732473.502076685720.148801240448-0.1461358327170.1662679385220.144777045985-0.228256838214-0.0606248242704-0.6328628642040.5696727074540.05993994975790.338816083076-0.05805699298270.01252908662440.28195390245-0.009351797956180.28994997478714.5303857489-21.4982010048-49.3997407021
51.8744220794-0.03190851695970.1474055795112.45900528805-0.5704647800113.22553472618-0.03820129839180.134207957217-0.147134301292-0.03437730940810.1093209363960.204774415944-0.0905535100666-0.487901260528-0.05970117214270.185274853154-0.01284116105810.01538717447340.2546629992760.04497372178490.2289393066081.10914394641-29.6569249406-48.5305020981
62.555623056420.881939670432-0.2357324867164.0038681616-0.9959039191313.271995770660.0533987823805-0.344159616313-0.5707546117830.165379396855-0.10110057619-0.05772167457180.3878280159-0.06466829762270.09671963488080.2745809881910.003621131802220.03470793540040.2787364755620.06010523811360.3313202464931.31776428615-36.5571591401-39.4542700861
75.328935581630.04380844772920.2652117460826.8701476252-2.049247162344.91552782307-0.08571797516640.0866119929933-0.2360159359511.03504692332-0.195043665630.6083226999590.194684980539-0.5459287595140.3534595592920.4366129574330.0589796280270.1292850179460.3712389031160.001293062390990.423550453456-1.65817784334-36.3457647325-31.3933982259
80.1185618963920.573046197927-0.4525513700752.59368605076-1.898725104661.38191879264-0.3919763170840.157691143224-0.07518925791110.2038092077990.541087890695-1.50357169092-0.139992526694-0.326941286704-0.1431036378050.398936889674-0.016256191638-0.03436990485250.433831411299-0.06912943351230.53272594783411.9595660873-51.250423208-54.09607218
91.15686880924-0.373681994653-0.7337150969813.232665085343.861361595124.678290504170.1584405889270.0281120078885-0.003024057461920.0155491990008-0.177243038295-0.071090480338-0.057491204519-0.306182302239-0.01269759094410.282348527069-0.003630028604060.008263523140810.216307811680.05669810673610.2886805590927.49914348573-54.7637186206-29.1480703897
101.84238605098-0.443259363409-0.6574624190142.241805722230.6764513450123.279891069550.1516512597980.00857961295405-0.02412474905560.0148406128393-0.0693754923904-0.254370610451-0.009413567400910.0559151871358-0.08855031714030.2474082875-0.00970928862628-0.01923431217980.2125532540070.06732214188080.31492683808111.5536449051-49.2012990737-31.3153876105
111.94238804757-0.475215272672-0.8160164030643.109258047220.5542445307071.5202139893-0.129586373347-0.1676432908710.36283912491-0.2014917079710.0372382781809-0.155919979411-0.6469525211020.273920557068-0.1181248616870.418553019568-0.0282525953882-0.001609134947030.3049205571680.06843146991910.47331965878917.9786915822-40.6244046773-30.0218870599
121.350258815010.471162257965-0.1576977061495.84869250517-3.092464294055.41019817799-0.0618548771672-0.456361328745-0.4514566323630.418002507842-0.02066801131410.191185953831-0.486955489082-0.5294748966050.04744427095540.3321993850440.1279129290570.06925117296560.3723275163440.0604082168230.371908541530.153287168772-23.3261344809-72.9044494165
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 76 through 93 )AA76 - 931 - 18
22chain 'A' and (resid 94 through 106 )AA94 - 10619 - 31
33chain 'A' and (resid 107 through 144 )AA107 - 14432 - 69
44chain 'A' and (resid 145 through 174 )AA145 - 17470 - 99
55chain 'A' and (resid 175 through 220 )AA175 - 220100 - 145
66chain 'A' and (resid 221 through 239 )AA221 - 239146 - 164
77chain 'A' and (resid 240 through 250 )AA240 - 250165 - 175
88chain 'B' and (resid 4 through 35 )BB4 - 351 - 8
99chain 'B' and (resid 36 through 73 )BB36 - 739 - 46
1010chain 'B' and (resid 74 through 148 )BB74 - 14847 - 121
1111chain 'B' and (resid 149 through 226 )BB149 - 226122 - 152
1212chain 'C' and (resid 76 through 93 )CC76 - 931 - 18
1313chain 'C' and (resid 94 through 106 )CC94 - 10619 - 31
1414chain 'C' and (resid 107 through 144 )CC107 - 14432 - 69
1515chain 'C' and (resid 145 through 191 )CC145 - 19170 - 116
1616chain 'C' and (resid 192 through 202 )CC192 - 202117 - 127
1717chain 'C' and (resid 203 through 232 )CC203 - 232128 - 157
1818chain 'C' and (resid 233 through 250 )CC233 - 250158 - 175
1919chain 'D' and (resid 6 through 33 )DD6 - 331 - 10
2020chain 'D' and (resid 34 through 69 )DD34 - 6911 - 46
2121chain 'D' and (resid 70 through 145 )DD70 - 14547 - 122
2222chain 'D' and (resid 146 through 226 )DD146 - 226123 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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