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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q83 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of S. cerevisiae Sso2 in complex with the pleckstrin homology domain of Sec3 | ||||||
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![]() | EXOCYTOSIS / exocyst / membrane trafficking / protein complex / yeast | ||||||
機能・相同性 | ![]() vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi vesicle fusion to target membrane / prospore membrane ...vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi vesicle fusion to target membrane / prospore membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / phosphatidic acid binding / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / endomembrane system / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Dong, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Double NPY motifs at the N-terminus of the yeast t-SNARE Sso2 synergistically bind Sec3 to promote membrane fusion. 著者: Peer, M. / Yuan, H. / Zhang, Y. / Korbula, K. / Novick, P. / Dong, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 358.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5m4yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28513.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SEC3, PSL1, YER008C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 31535.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be aligned ...詳細: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be aligned to position 10-18 of the sample sequence. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSO2, YMR183C, YM8010.13C / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.52 % 解説: Needle-shaped crystals by approximately 10, 10, and 100 micrometer |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.2 M ammonium acetate, and 30% (w/v) PEG 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→19.95 Å / Num. obs: 40853 / % possible obs: 96.08 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1641 / Rpim(I) all: 0.09332 / Rrim(I) all: 0.1894 / Net I/σ(I): 6.73 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.27 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3771 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.781 / Rpim(I) all: 0.636 / % possible all: 89.79 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5M4Y 解像度: 2.19→19.95 Å / SU ML: 0.3097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.8861 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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