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Yorodumi- PDB-7q83: Crystal structure of S. cerevisiae Sso2 in complex with the pleck... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q83 | ||||||
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Title | Crystal structure of S. cerevisiae Sso2 in complex with the pleckstrin homology domain of Sec3 | ||||||
Components |
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Keywords | EXOCYTOSIS / exocyst / membrane trafficking / protein complex / yeast | ||||||
Function / homology | Function and homology information vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / Golgi vesicle fusion to target membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane ...vesicle fusion to plasma membrane / Disinhibition of SNARE formation / ascospore-type prospore assembly / exocyst assembly / exocyst localization / endoplasmic reticulum inheritance / exocyst / Golgi vesicle fusion to target membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / prospore membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / vesicle fusion / vesicle docking / SNARE complex / SNAP receptor activity / cellular bud neck / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidic acid binding / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis / exocytosis / endomembrane system / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / SNARE binding / cell periphery / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Zhang, Y. / Dong, G. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2022 Title: Double NPY motifs at the N-terminus of the yeast t-SNARE Sso2 synergistically bind Sec3 to promote membrane fusion. Authors: Peer, M. / Yuan, H. / Zhang, Y. / Korbula, K. / Novick, P. / Dong, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7q83.cif.gz | 358.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7q83.ent.gz | 240.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7q83.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7q83_validation.pdf.gz | 463.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7q83_full_validation.pdf.gz | 473.4 KB | Display | |
Data in XML | 7q83_validation.xml.gz | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7q83_validation.cif.gz | 42.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/7q83 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5m4yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28513.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SEC3, PSL1, YER008C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P33332 #2: Protein | Mass: 31535.662 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be ...Details: In chain B, the sequence "ANPYE" in the structure should be aligned to position 8-12 of the sample sequence. Similarly, in chain D, the sequence "AAAANNPYA" in the structure should be aligned to position 10-18 of the sample sequence. Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SSO2, YMR183C, YM8010.13C / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P39926 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.77 Å3/Da / Density % sol: 30.52 % Description: Needle-shaped crystals by approximately 10, 10, and 100 micrometer |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.2 M ammonium acetate, and 30% (w/v) PEG 4,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 22, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→19.95 Å / Num. obs: 40853 / % possible obs: 96.08 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1641 / Rpim(I) all: 0.09332 / Rrim(I) all: 0.1894 / Net I/σ(I): 6.73 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.27 Å / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 3771 / CC1/2: 0.438 / CC star: 0.781 / Rpim(I) all: 0.636 / % possible all: 89.79 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5M4Y Resolution: 2.19→19.95 Å / SU ML: 0.3097 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 25.8861 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 40.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→19.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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