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- PDB-7q82: Crystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1, Thallium d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q82
タイトルCrystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1, Thallium derivative (with 1-methyl-adenosine)
要素
  • RNA 1
  • RNA 2
  • RNA 3
キーワードRNA / MTR1 / methyltransferase ribozyme / ribozyme
機能・相同性GUANINE / THALLIUM (I) ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Mieczkowski, M. / Hoebartner, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of the methyltransferase ribozyme MTR1.
著者: Scheitl, C.P.M. / Mieczkowski, M. / Schindelin, H. / Hobartner, C.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 1
B: RNA 2
C: RNA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,05315
ポリマ－19,8343
非ポリマー2,21912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area10030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.983, 71.983, 84.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 RNA 1


分子量: 4436.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA 2


分子量: 7641.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA 3


分子量: 7755.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 12分子

#4: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#5: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 36-42% MPD, 50mM MES (pH 6.5), 10mM sodium acetate, 100mM lithium acetate, 10mM magnesium acetate, 25mM thallium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9751 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9751 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→43.59 Å / Num. obs: 5037 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24.9 % / Biso Wilson estimate: 118.74 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 18.01
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 26.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 487 / CC1/2: 0.366 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q7X

7q7x


解像度: 2.95→43.59 Å / SU ML: 0.3924 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.1485
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 468 5.24 %
Rwork0.2092 8460 -
obs0.21 5037 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→43.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1312 22 0 1334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.312295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0167306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3737724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.380.38131510.31832834X-RAY DIFFRACTION99.9
3.38-4.250.32551580.27792820X-RAY DIFFRACTION99.97
4.26-43.590.18031590.17412806X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.0646783124 Å / Origin y: 13.5021787497 Å / Origin z: 42.8249597586 Å
111213212223313233
T0.779796032173 Å20.10522074896 Å20.0261799227791 Å2-0.695435395997 Å20.0542545445829 Å2--0.727784641811 Å2
L6.54147318052 °23.89382836863 °2-0.903103833203 °2-3.92791642075 °2-1.32107601128 °2--3.36306047505 °2
S0.432918043996 Å °-0.0643127756804 Å °0.00358361653766 Å °0.128503423324 Å °-0.382414068448 Å °-0.268978883696 Å °-0.139487956072 Å °0.625749793597 Å °-0.00824644564304 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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