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万見
- PDB-7q80: Crystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1, no Magnesi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q80
タイトルCrystal structure of the methyltransferase-ribozyme 1, no Magnesium condition (with 1-methyl-adenosine)
要素
  • RNA 1
  • RNA 2
  • RNA 3
キーワードRNA / MTR1 / methyltransferase ribozyme / ribozyme
機能・相同性GUANINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Mieczkowski, M. / Hoebartner, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structure and mechanism of the methyltransferase ribozyme MTR1.
著者: Scheitl, C.P.M. / Mieczkowski, M. / Schindelin, H. / Hobartner, C.
履歴
登録2021年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 1
B: RNA 2
C: RNA 3
D: RNA 1
E: RNA 2
F: RNA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9939
ポリマ－39,6686
非ポリマー3253
水00
1
A: RNA 1
B: RNA 2
C: RNA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0085
ポリマ－19,8343
非ポリマー1742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
2
D: RNA 1
E: RNA 2
F: RNA 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9854
ポリマ－19,8343
非ポリマー1511
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.867, 120.867, 82.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: RNA鎖 RNA 1


分子量: 4436.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA 2


分子量: 7641.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA 3


分子量: 7755.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 36-42% MPD, 50mM MES pH 6.4-6.7, 100mM NaCl, 100mM LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月30日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→45.17 Å / Num. obs: 11036 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 25.3 % / Biso Wilson estimate: 126.52 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 1054 / CC1/2: 0.258

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Q7X

7q7x


解像度: 3.14→45.17 Å / SU ML: 0.4418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.58 / 位相誤差: 31.4466
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1015 5.03 %
Rwork0.1756 19160 -
obs0.177 20175 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 151.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.14→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2624 23 0 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012954
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.26334590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0147612
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0011126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.21311448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.14-3.310.37951620.35042572X-RAY DIFFRACTION94.67
3.31-3.510.3191350.29352780X-RAY DIFFRACTION100
3.51-3.780.29631730.2642729X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.170.24761210.23112809X-RAY DIFFRACTION100
4.17-4.770.27021330.20052748X-RAY DIFFRACTION100
4.77-60.22871470.17512754X-RAY DIFFRACTION99.97
6.01-45.170.13841440.12272768X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7161107677 Å / Origin y: -42.4562497196 Å / Origin z: -8.96222318224 Å
111213212223313233
T0.822333321246 Å2-0.112334522766 Å20.0149596858747 Å2-0.830384066887 Å20.0806748741068 Å2--1.10667491909 Å2
L2.545292653 °2-0.778318435243 °20.886395736435 °2-3.7111039384 °2-0.544430095609 °2--2.37828275223 °2
S-0.149926006974 Å °0.317733843524 Å °0.104636445019 Å °0.0378178982757 Å °-0.00570184416081 Å °0.0301026470962 Å °-0.379068596158 Å °0.0858401280529 Å °0.143546698691 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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