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- PDB-7q6c: complement C6 FIM1-2 bound to CP010 antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q6c
タイトルcomplement C6 FIM1-2 bound to CP010 antibody
要素
  • CP010 heavy chain
  • CP010 light chain
  • Complement component C6
  • kappa specific nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement antibody terminal pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / innate immune response / extracellular space ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Complement component C6, KAZAL domain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Factor I / membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / factor I membrane attack complex / membrane-attack complex / perforin ...: / Complement component C6, KAZAL domain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Factor I / membrane attack complex / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / factor I membrane attack complex / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / EGF-like domain signature 1. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Complement component C6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29274 Å
データ登録者Olesen, H.G. / Andersen, G.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Innate Immun / 年: 2022
タイトル: Development, Characterization, and in vivo Validation of a Humanized C6 Monoclonal Antibody that Inhibits the Membrane Attack Complex.
著者: Gytz Olesen, H. / Michailidou, I. / Zelek, W.M. / Vreijling, J. / Ruizendaal, P. / de Klein, F. / Marquart, J.A. / Kuipers, T.B. / Mei, H. / Zhang, Y. / Ahasan, M. / Johnson, K.K. / Wang, Y. ...著者: Gytz Olesen, H. / Michailidou, I. / Zelek, W.M. / Vreijling, J. / Ruizendaal, P. / de Klein, F. / Marquart, J.A. / Kuipers, T.B. / Mei, H. / Zhang, Y. / Ahasan, M. / Johnson, K.K. / Wang, Y. / Morgan, B.P. / van Dijk, M. / Fluiter, K. / Andersen, G.R. / Baas, F.
履歴
登録2021年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component C6
H: CP010 heavy chain
K: kappa specific nanobody
L: CP010 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2545
ポリマ－79,1954
非ポリマー591
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)161.057, 63.527, 128.589
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.363, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Complement component C6


分子量: 18478.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13671

-
抗体 , 3種, 3分子 HKL

#2: 抗体 CP010 heavy chain


分子量: 23490.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 kappa specific nanobody


分子量: 13375.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 CP010 light chain


分子量: 23851.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 129分子

#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 112 mM calcium acetate, 56 mM sodium cacodylate pH 6.4, 8.5% PEG8000 and 16% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29274→100.826 Å / Num. obs: 45105 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.46 % / Biso Wilson estimate: 49.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 12.08
反射 シェル解像度: 2.29274→2.43 Å / Num. unique obs: 6899 / CC1/2: 0.399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AND

6and


解像度: 2.29274→44.45 Å / SU ML: 0.3214 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 25.6852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 1988 4.41 %
Rwork0.2081 43113 -
obs0.2092 45101 97.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29274→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5522 0 4 128 5654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00545643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87657652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0499846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047991
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.23253407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29274-2.350.33671330.34772826X-RAY DIFFRACTION89.4
2.35-2.410.32211370.32073031X-RAY DIFFRACTION98.51
2.41-2.480.31291400.29033060X-RAY DIFFRACTION97.77
2.48-2.560.28361430.28283088X-RAY DIFFRACTION98.75
2.56-2.660.3211450.26893082X-RAY DIFFRACTION98.53
2.66-2.760.25711420.25823075X-RAY DIFFRACTION98.68
2.76-2.890.29791410.24983110X-RAY DIFFRACTION98.78
2.89-3.040.24981400.23943066X-RAY DIFFRACTION99.01
3.04-3.230.25421460.24863115X-RAY DIFFRACTION99.15
3.23-3.480.25511450.21823115X-RAY DIFFRACTION98.64
3.48-3.830.23531450.2023058X-RAY DIFFRACTION98.31
3.83-4.380.19481400.16873147X-RAY DIFFRACTION99.1
4.38-5.520.18341440.15433136X-RAY DIFFRACTION98.47
5.52-44.450.20891470.18353204X-RAY DIFFRACTION98.21
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.58748961532-0.0990958533858-1.812418881170.510547184798-0.0632572546485.398658655010.0504719410294-0.2101855287080.0325955499330.127198849951-0.111524378443-0.01787654591510.007239594585360.07825886205590.09591965004580.3988583270180.00748906433036-0.04043775983110.3737398430840.02078125230250.41124416145433.925601494923.179860800232.714362382
21.20617057614-0.442103555043-0.01514537969584.23117442903-0.2408477316614.4605650336-0.03799077816320.119254954237-0.155604212809-0.121585990475-0.1189450391850.5290215260880.332602323036-0.1411044404910.07868271945520.3580832061350.04672948291250.03740731925890.1866570526440.02463539148230.2946615593653.8612203643911.195793626843.1356235774
31.956005415850.547525218038-0.447058737215-1.39440595593-0.3445334911891.34760275426-0.04863558199720.2103750425970.1196221675690.173493441620.187889681418-0.313226337612-0.0802105159394-0.44749540906-5.14090077039E-90.3194113899380.04194424366810.04423737736710.4174630322850.07016814919980.34133939334419.630844056131.843659081116.8972666479
41.31936109898-0.4699162389760.714087456809-0.0244708667441-0.1339511066441.12341716115-0.0437070226230.0716594163570.07182514548520.0942603518817-0.1161050427240.1832381477960.1362932290130.07286820338473.48956250281E-90.449592660433-0.02084926203430.0261865018480.3212013573570.02939870822170.408733826697-6.0210367479423.218207736643.3081608855
54.52745685659-0.6218345320030.4790194806771.86159693704-1.127291736253.492000593930.3117338714370.435576275321-0.558425015368-0.232581292247-0.281394431705-0.6000646645550.7964175543620.5159106777480.1150722776330.602999503670.01329677384120.02944650614860.5842454071720.05006664273570.61238315799340.722691370632.6064839259-13.5172556846
63.43294504974-0.7549808784571.068224084442.54772553329-2.317640152063.71337131352-0.302640473652-0.1637171162590.03228555282730.185472722796-0.0425500334905-0.738209564736-0.08386085217090.7218716963640.2043787492540.4121803532030.002912394250980.003881371670420.5960936356120.06753553819480.58205332431447.101888837830.279786690910.6744132317
70.585736780394-1.030630234731.860996122061.4435540137-1.015151271690.950714301730.1059109614760.2960157504010.1123094872720.161879632574-0.3856960117380.0039119972004-0.03358589363490.04318793650211.76163627668E-100.365884060540.03446134601890.009379809170030.456583952610.02469593504610.356012630702-16.73845443236.321041397219.6362216982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:119
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 120:230
3X-RAY DIFFRACTION3chain L and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain L and resid 114:230
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 772:839
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resid 840:950
7X-RAY DIFFRACTION7chain K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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